원산지·FTA

FTA 원산지증빙서류, 수출입 후 몇 년 동안 보관해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

FTA 원산지증빙서류는 원칙적으로 5년간 보관해야 하고, 한-중 FTA 수출자·생산자만 3년입니다. FTA 특례법 시행령은 수입자는 협정관세를 신청한 다음 날부터, 수출자·생산자는 원산지증명서 작성일이나 발급일부터 기간을 센다고 정합니다. 지금은 회사가 거래마다 수입자·수출자·생산자 중 누구인지부터 확인해야 합니다.

종이 원본을 창고에 쌓아 둘 필요는 없습니다. 관세청장이 고시한 방법에 따라 광디스크나 서버 같은 전자 매체로 보관해도 보관의무를 지킨 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

자동차부품을 만들어 수출하는 A사는 2026년 9월 사무실을 옮기면서 오래된 수출 서류를 정리하려 했습니다. 2023년 3월 중국 바이어에게 발급받아 준 한-중 FTA 원산지증명서 관련 서류와 2022년 11월 베트남으로 수출한 물품의 원재료 구매내역, 원가계산서가 섞여 있었습니다. A사는 수출하고 3년이 지났으면 모두 버려도 되는지 물어 왔습니다. 중국 수출분은 발급일부터 3년이 지나 폐기할 수 있지만, 베트남 수출분은 2027년 11월까지 남겨 두어야 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 원산지증빙서류 보관을 어떻게 안내하나요?

관세청은 수입자·수출자·생산자 모두 원산지 확인과 사후검증에 대비해 원산지증명서 사본과 그 내용을 뒷받침하는 서류를 원칙적으로 5년간 보관해야 한다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 수입자는 협정관세를 신청한 다음 날부터, 수출자와 생산자는 원산지증명서를 작성하거나 발급받은 날부터 기간을 센다고 설명합니다. 보관 대상 서류의 종류는 시행령이 사람별로 나누어 정하고 있으니 그 목록을 기준으로 챙기라는 것이 안내의 요지입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(이하 FTA 특례법)과 시행령도 같은 구조입니다. 법률은 5년의 범위에서 시행령이 기간을 정하도록 하고, 협정이 5년보다 긴 기간을 정하면 그 기간을 따르도록 합니다.

수입자·수출자·생산자는 각각 어떤 서류를 보관하나요?

보관 서류는 원산지증명서 사본 하나로 끝나지 않고, 원산지 판단의 근거가 된 거래·생산 기록까지 포함합니다. 시행령이 정한 목록은 다음과 같습니다.

• 수입자 - 원산지증명서 사본, 수입신고필증, 수입거래 계약서, 지식재산권 거래 계약서, 과세가격 결정 자료, 국제운송 서류, 사전심사서를 받았다면 그 사본과 증빙서류입니다.
• 수출자 - 수입자에게 준 원산지증명서 사본과 발급 신청서류, 수출신고필증, 수출거래 계약서, 물품 구입 증빙과 출납·재고관리대장, 생산자나 재료 공급자가 원산지증명을 위해 작성해 준 서류입니다.
• 생산자 - 원산지증명을 위해 작성·제공한 서류, 자기 명의로 수입한 원재료의 수입신고필증, 수출자와의 물품공급계약서, 재료 공급자가 준 원산지 서류, 생산·구입 증빙, 원가계산서·원재료내역서·공정명세서, 출납·재고관리대장입니다.

검증에서 실제로 문제가 되는 것은 대개 원가계산서와 원재료 구입 기록입니다. 부가가치기준이나 세번변경기준을 충족했다는 계산이 이 서류로만 증명되기 때문입니다.

보관기간은 언제부터 세고, 중국·필리핀은 다른가요?

보관기간은 수입자는 협정관세 적용을 신청한 날의 다음 날부터, 수출자와 생산자는 원산지증명서의 작성일 또는 발급일부터 5년입니다. 수입신고 수리 뒤 사후적용을 신청했다면 그 신청한 날의 다음 날이 기준입니다. 체약상대국이 중국이면 한-중 FTA에 따라 수출자와 생산자의 보관기간이 3년으로 줄어듭니다.

사례집은 필리핀도 3년이라고 안내합니다. 그러나 2026. 10. 7. 기준 현행 시행령 제10조 제2항 제2호 단서에는 중국만 적혀 있습니다. 필리핀으로 수출한 물품의 서류는 국내 법령 기준인 5년을 지켜 두는 편이 안전합니다. 수입자의 보관기간은 상대국이 어디든 5년입니다.

원산지인증수출자도 서류를 보관해야 하나요?

네, 원산지인증수출자로 인증받았더라도 서류 보관의무는 그대로 남습니다. 인증으로 줄어드는 것은 원산지증명서 발급을 신청할 때 첨부서류를 내는 부담이지, 보관할 의무가 아닙니다. 자율발급 방식으로 원산지증명서를 직접 작성할 때도 근거 서류를 같은 기간 보관해야 합니다.

오히려 인증수출자에게는 보관의무 위반의 불이익이 더 큽니다. 업체별 원산지인증수출자가 수출자·생산자 보관의무를 어기면 인증이 취소되고, 최근 2년간 보관의무 위반이 없어야 새로 인증받을 수 있습니다.

서류를 보관하지 않으면 어떤 불이익이 있나요?

정당한 사유 없이 서류를 보관하지 않으면 2천만원 이하의 벌금 대상이 됩니다. 수입자는 그보다 세금 문제가 먼저 생깁니다. 세관이 요구한 서류를 기간 안에 내지 못하면 협정관세 적용이 배제되고, 일반세율과의 차액을 추징당할 수 있습니다. 서류 제출 요구를 정당한 사유 없이 지키지 못한 것만으로 1천만원 이하의 과태료도 부과될 수 있습니다.

수출자 쪽 서류가 없으면 상대국 수입자가 그 나라에서 특혜관세를 잃게 되고, 거래처와의 손해배상 문제로 번지기도 합니다.

원산지증빙서류 보관 대응 순서

• 역할 확인 - 거래마다 회사가 수입자인지, 수출자인지, 생산자인지 먼저 정합니다. 역할에 따라 보관할 서류 목록이 달라집니다.
• 기산일 기록 - 수입은 협정관세 신청일, 수출은 원산지증명서 작성일이나 발급일을 대장에 적어 둡니다. 폐기 가능 시점이 이 날짜로 정해집니다.
• 상대국별 기간 구분 - 중국 수출분만 3년이고 나머지는 5년으로 관리합니다. 필리핀 수출분도 5년으로 두는 것이 안전합니다.
• 전자 보관 정리 - 종이 서류는 스캔해 서버에 보관해도 됩니다. 원가계산서와 원재료 구입 기록이 빠지지 않았는지 함께 확인합니다.
• 제출 요구 대응 - 세관의 서류 제출 요구서를 받으면 기한부터 확인하고, 기간 안에 준비가 어려우면 바로 사유를 정리해 협의합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상대국 관세당국의 검증 요청이 이미 와 있거나 협정관세가 배제되어 추징 통지를 받았다면 거래 서류와 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 FTA 원산지 검증 대응과 협정관세 배제에 따른 과세전적부심사·조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수입자의 보관기간은 언제부터 세나요?
  협정관세 적용을 신청한 날의 다음 날부터 5년입니다. 수입신고 때 신청했다면 그 신청일 다음 날, 수입신고 수리 뒤 사후적용을 신청했다면 사후적용 신청일 다음 날이 기준입니다. 수입신고일이나 물품 도착일을 기준으로 세지 않습니다.
• 한-중 FTA 수출 서류는 3년만 보관하면 되나요?
  네, 체약상대국이 중국이면 수출자와 생산자의 보관기간은 원산지증명서 작성일이나 발급일부터 3년입니다. 한-중 FTA 제3.20조에 따른 것입니다. 다만 중국에서 수입한 물품에 대해 협정관세를 신청한 수입자는 3년이 아니라 5년을 보관해야 합니다.
• 종이 원본을 꼭 보관해야 하나요?
  아니요, 관세청장이 고시하는 방법에 따라 마이크로필름, 광디스크 같은 자료전달매체나 서버 같은 자료보관매체로 보관할 수 있습니다. 스캔본으로 보관하더라도 원가계산서나 공정명세서처럼 원산지 판단의 근거가 된 자료가 빠지지 않게 목록으로 관리하는 것이 좋습니다.
• 원산지인증수출자는 보관의무가 면제되나요?
  아니요, 인증을 받아도 보관의무는 그대로입니다. 인증수출자는 원산지증명서 발급 신청 때 첨부서류 제출을 생략할 수 있을 뿐입니다. 업체별 원산지인증수출자가 수출자·생산자 보관의무를 위반하면 인증이 취소될 수 있으므로 일반 수출자보다 더 신경 써야 합니다.
• 서류를 버렸다면 처벌받을 수 있나요?
  정당한 사유 없이 보관기간 안에 서류를 보관하지 않으면 2천만원 이하의 벌금 대상입니다. 화재나 침수처럼 회사가 책임질 수 없는 사유로 없어졌다면 그 사정을 보여 주는 자료를 남겨 두어야 합니다. 형사처벌과 별도로 협정관세 배제에 따른 추징도 문제 될 수 있습니다.
• 세관 서류 제출 요구를 늦게 지키면 어떻게 되나요?
  정당한 사유 없이 요구받은 기간 안에 서류를 내지 않으면 1천만원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 수입자라면 세관장이 협정관세를 적용하지 않고 일반세율과의 차액을 징수할 수도 있습니다. 기간 안에 준비가 어렵다면 사유를 정리해 세관과 먼저 협의해야 합니다.
• 협정이 5년보다 긴 보관기간을 정하면요?
  협정에서 정한 기간이 5년을 넘으면 그 협정 기간 동안 보관해야 합니다. 법률은 5년의 범위에서 시행령이 기간을 정하게 하면서도 이 경우만은 협정 기간을 따르도록 정해 두었습니다. 장기간 거래하는 상대국이 있다면 해당 협정의 원산지 절차 규정을 따로 확인해 두는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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