관세조사·처벌

관세조사 중 세관 납세자보호위원회 결정에 불복하면 관세청에 다시 요청하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 세관 납세자보호위원회 심의를 거친 세관장 결정은 통지받은 날부터 7일 안에 관세청장에게 취소나 변경을 요청할 수 있습니다. 관세법은 이 요청을 관세청 납세자보호위원회가 심의하고 20일 안에 결과를 알리도록 정합니다. 지금은 결정 통지를 받은 날과 결정이 어떤 안건에 관한 것인지부터 확인해야 합니다.

위원회에 출석해 따로 신청서를 낼 필요는 없습니다. 심의 요청은 세관장에게, 취소·변경 요청은 관세청장에게 서면으로 내면 위원회 안건으로 올라갑니다.

이런 상담이 많습니다

수입업체 D사는 2026년 7월 관세조사를 받기 시작했습니다. 조사 기간 연장 통지를 받자 D사는 연장 사유가 없다며 본부세관 납세자보호담당관에게 조사 중지를 요청했고, 세관 납세자보호위원회 심의를 거쳐 9월에 받아들일 수 없다는 결정을 통지받았습니다. D사는 이 결정을 관세청 단계에서 다시 판단받을 수 있는지, 그동안 조사는 계속되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 두 납세자보호위원회의 차이를 어떻게 안내하나요?

관세청은 관세청 납세자보호위원회가 본부세관 납세자보호위원회의 심의 결정을 다시 보는 재심 역할을 한다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)에 따르면 본부세관 위원회는 관세조사 범위 확대 같은 조사 단계의 안건을 먼저 심의합니다. 관세청 위원회는 그 심의를 거친 본부세관장 결정에 대한 납세자의 취소·변경 요청을 심의하고, 제도와 절차 개선 안건도 다룹니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」도 같은 구조입니다. 위원회는 관세청과 6개 본부세관(인천공항·서울·부산·인천·대구·광주세관)에 둡니다.

세관 납세자보호위원회는 어떤 안건을 심의하나요?

본부세관 납세자보호위원회는 관세조사 범위 확대, 조사 일시중지·중지 요청, 장부 일시 보관 기간 연장, 과세전적부심사, 이의신청 등을 심의합니다.

• 관세조사 범위 확대 - 세관이 조사 범위를 넓히려 할 때 심의합니다.
• 기간 연장에 대한 중지 요청 - 조사 기간 연장에 대해 납세자가 일시중지나 중지를 요청한 경우입니다.
• 위법·부당 조사 중지 요청 - 위법·부당한 관세조사나 조사 중 세관공무원의 위법·부당한 행위를 이유로 한 요청입니다.
• 장부 일시 보관 기간 연장 - 세관이 장부 등을 보관하는 기간을 늘리려 할 때입니다.
• 과세전적부심사·이의신청 - 분과위원회인 관세심사위원회가 심의합니다.

조사 일시중지·중지 심의는 관세조사 기간이 끝나는 날까지 세관장에게 요청할 수 있습니다. 세관장은 요청받은 날부터 20일 안에 결과를 알려야 합니다.

관세청 납세자보호위원회에는 무엇을 다시 요청할 수 있나요?

세관 위원회 심의를 거친 세관장 결정 가운데 조사 범위 확대, 기간 연장에 대한 중지 요청, 위법·부당 조사 중지 요청에 관한 결정은 관세청장에게 취소·변경을 요청할 수 있습니다. 결정을 통지받은 날부터 7일 안에 서면으로 내야 하고, 관세청장은 관세청 위원회 심의를 거쳐 세관장 결정을 취소하거나 변경할 수 있습니다.

장부 일시 보관 기간 연장이나 과세전적부심사·이의신청 결정은 이 재심 대상이 아닙니다. 과세전적부심사를 거쳐 나온 경정고지나 이의신청 결정은 심사청구나 심판청구로 다툽니다. 관세청 위원회는 그 밖에 관세청장에게 직접 청구하는 과세전적부심사와 심사청구도 심의합니다.

요청하는 동안 관세조사는 계속되나요?

납세자보호관이나 담당관은 심의 요청이나 취소·변경 요청이 들어오면 위원회 심의 전까지 세관공무원에게 조사 일시중지 등을 요구할 수 있습니다. 위원회는 의결로 조사 일시중지나 중지를 요구할 수 있고, 정당한 사유 없이 따르지 않는 세관공무원에 대해서는 관세청장에게 징계를 건의할 수 있습니다.

다만 장부·서류를 숨기거나 제출을 늦추는 등 조사를 피하려는 행위가 명백한 경우에는 일시중지를 요구하지 않습니다. 요청이 조사를 피하려는 것임을 세관공무원이 자료로 명백히 입증한 경우도 같습니다. 요청과 별개로 자료 제출은 성실히 이어 가야 하는 이유입니다.

위원회에서 직접 의견을 말할 수 있나요?

네, 심의 요청이나 취소·변경 요청을 한 납세자는 세관장이나 관세청장에게 의견 진술을 신청할 수 있습니다. 진술자의 성명, 주소, 진술할 내용을 적은 문서를 내면, 세관장이나 관세청장은 회의 개최일 3일 전까지 출석 일시와 장소를 알려야 합니다. 조사 관련 안건 회의는 위원장과 9명으로 구성하며, 민간위원이 아닌 위원은 2명 이하여야 합니다.

납세자보호위원회 재심 요청 대응 순서

• 통지일 기록 - 세관장 결정 통지서를 받은 날을 남깁니다. 이날부터 7일이 취소·변경 요청 기한입니다.
• 요청 대상 확인 - 결정이 조사 범위 확대나 조사 중지 요청에 관한 것인지 봅니다. 이 세 가지만 관세청 재심 대상입니다.
• 서면 요청 - 연장 사유가 없거나 조사가 위법·부당한 근거를 정리해 관세청장에게 서면으로 냅니다. 사전통지서와 연장통지서를 붙입니다.
• 의견 진술 신청 - 직접 설명이 필요하면 진술 신청서를 함께 냅니다. 회의 3일 전까지 출석 일시 통지가 옵니다.
• 조사 이후 대비 - 결과와 상관없이 조사 결과 통지 뒤 과세전적부심사와 불복을 준비합니다. 조사 단계 기록이 그때 근거가 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 범위 확대 사유나 연장 사유가 무엇인지에 따라 결론이 달라지므로 조사 통지서와 연장 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세조사 대응과 조사 이후 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 납세자보호위원회는 어느 세관에 있나요?
  관세청과 6개 본부세관인 인천공항세관, 서울세관, 부산세관, 인천세관, 대구세관, 광주세관에 둡니다. 관세조사 중지 등의 심의 요청은 이 본부세관의 세관장에게 합니다. 본부세관 위원회는 160명 이내, 관세청 위원회는 45명 이내 위원으로 구성합니다.
• 조사 중지 심의는 언제까지 요청할 수 있나요?
  관세조사 기간이 끝나는 날까지 본부세관장에게 요청할 수 있습니다. 조사 기간 연장에 대한 중지 요청과 위법·부당한 조사에 대한 중지 요청이 대상입니다. 세관장은 세관 납세자보호위원회 심의를 거쳐 요청받은 날부터 20일 안에 결과를 알려야 합니다.
• 관세청에 재심을 요청할 수 있는 결정은 무엇인가요?
  세관 위원회 심의를 거친 세관장 결정 가운데 관세조사 범위 확대, 조사 기간 연장에 대한 중지 요청, 위법·부당한 조사에 대한 중지 요청에 관한 결정입니다. 장부 일시 보관 기간 연장, 과세전적부심사, 이의신청 결정은 이 절차로 다시 요청할 수 없습니다.
• 말로 요청해도 되나요?
  아니요, 세관장에 대한 심의 요청과 관세청장에 대한 취소·변경 요청은 서면으로 해야 합니다. 결과 통지도 서면으로 옵니다. 요청 사유와 근거 자료를 함께 적어 내고, 제출한 날짜를 확인할 수 있는 접수 기록을 남겨 두는 것이 좋습니다.
• 요청하면 조사가 바로 멈추나요?
  자동으로 멈추지는 않습니다. 납세자보호관이나 담당관이 위원회 심의 전까지 조사 일시중지 등을 요구할 수 있고, 위원회가 의결로 일시중지나 중지를 요구할 수 있습니다. 장부를 숨기는 등 조사를 피하려는 행위가 명백하면 일시중지를 요구하지 않습니다.
• 위원회 회의에 출석해 설명할 수 있나요?
  요청을 한 납세자는 성명, 주소, 진술할 내용을 적은 문서로 의견 진술을 신청할 수 있습니다. 세관장이나 관세청장은 회의 개최일 3일 전까지 출석 일시와 장소, 진술시간을 알려야 합니다. 회의 자체는 원칙적으로 공개하지 않습니다.
• 위원회 위원장은 세관 공무원인가요?
  아니요, 세관 위원회와 관세청 위원회 모두 위원장은 공무원이 아닌 사람 중에서 관세청장이 위촉합니다. 조사 관련 안건 회의는 위원장과 9명으로 구성하고, 그중 민간위원이 아닌 위원은 2명 이하여야 합니다. 조사대상자에게 조력한 위원은 심의에서 제척됩니다.

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