원산지·FTA

원산지 사전심사서를 받았는데 세관이 협정세율을 거부할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 사전심사 뒤 사실이나 법령이 바뀌었거나 신청인 자료 때문에 중대한 착오가 있거나 불복 결정이 달리 나온 경우에는 세관이 원산지 사전심사서대로 협정세율을 적용하지 않을 수 있습니다. 이 세 가지가 아니면 같은 물품에는 사전심사서대로 적용해야 하고, 사전심사 신청 자체는 보정 불응 등 세 가지 사유로 반려될 수 있습니다. 지금은 세관 통지서에 적힌 사유와 생산 조건이 바뀐 시점부터 확인해야 합니다.

사전심사서를 받았다고 세관이 언제나 그대로 따라야 하는 것은 아니지만, 세관이 임의로 무시할 수 있는 것도 아닙니다. 법령이 정한 세 가지 사유가 없으면 같은 물품에는 사전심사서대로 협정관세를 적용해야 하므로, 세관이 어떤 사유를 들었는지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

G사는 2025년 5월 베트남 생산자가 만드는 니트 의류에 대해 한-베트남 FTA 원산지 사전심사서를 받았습니다. 2026년 초 생산자가 원단 조달처를 바꿨지만 G사는 이를 알지 못한 채 사전심사서대로 협정세율을 신청했습니다. 2026년 9월 세관은 사전심사의 기초가 된 사실이 바뀌었다며 원단 변경 뒤 수입분 4억원어치에 협정관세를 적용하지 않고 차액을 징수하겠다고 통지했습니다. G사는 사전심사서가 있는데도 이렇게 처리할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 반려와 적용 제외를 어떻게 안내하나요?

관세청장은 법령이 정한 세 가지 경우에 사전심사 신청을 반려할 수 있고, 세관장은 다른 세 가지 경우에 사전심사서대로 협정관세를 적용하지 않을 수 있습니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 두 경우를 나눠 설명합니다. 반려는 심사 단계의 문제이고, 적용 제외는 사전심사서를 받은 뒤 수입신고 단계의 문제입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행령도 같은 사유를 정합니다. 반려 사유는 보정요구에 응하지 않은 경우, 같은 물품에 원산지 조사가 진행 중인 경우, 같은 사안에 이의신청·심사청구·심판청구·소송 같은 불복절차가 진행 중인 경우입니다.

사전심사가 반려되면 다시 신청할 수 있나요?

반려는 원산지를 판단한 결과가 아니라 심사를 진행하지 않는 처리이므로, 반려 사유가 해소되면 수입신고 전에 다시 신청할 수 있습니다. 대응은 사유별로 다릅니다.

• 보정요구 불응 - 관세청장은 서류가 부족하면 20일 안의 기간을 정해 보정을 요구합니다. 그 기간에 자료를 내지 못해 반려됐다면 생산자 자료를 갖춰 다시 신청합니다.
• 같은 물품 원산지 조사 중 - 조사 결과가 사전심사와 같은 쟁점을 다루므로, 사전심사 대신 조사 절차에서 자료를 내고 소명합니다.
• 같은 사안 불복 진행 중 - 심판청구나 소송에서 원산지 판단이 나오므로 그 절차에 집중합니다.

사전심사서가 있어도 협정세율을 못 받는 경우는 언제인가요?

수입신고한 물품이 사전심사서 내용과 같다면 세관장은 원칙적으로 사전심사서대로 협정관세를 적용해야 합니다. 예외는 다음 세 가지입니다.

• 사정 변경 - 사전심사 뒤 수입신고 전에 사전심사의 기초가 된 사실이나 상황이 바뀌었거나, 협정·관계 법령이 개정되어 사전심사가 그 변화를 반영하지 못하는 경우입니다.
• 신청인 자료의 문제 - 신청인이 거짓 자료를 냈거나 필요한 자료를 내지 않아 사전심사에 중대한 착오가 생긴 경우입니다.
• 다른 최종 판단 - 같은 사안에 대한 불복 결정이나 법원 판결이 사전심사 내용과 다르게 나온 경우입니다.

위 사례는 첫 번째 사유가 쟁점입니다. G사로서는 원단 변경 뒤에도 원산지결정기준을 여전히 충족한다는 점을 생산 자료로 보이거나, 변경 시점과 수입 시점을 다퉈 적용 범위를 줄이는 것이 현실적인 대응입니다.

거짓 자료를 냈다면 불이익이 더 큰가요?

네, 사전심사를 신청한 수입자가 결과에 영향을 줄 수 있는 자료를 고의로 내지 않았거나 거짓으로 냈다면 협정관세 적용제한 사유가 됩니다. 사전심사서에 적힌 조건을 이행하지 않은 경우도 같습니다. 이때 세관장은 협정관세를 적용하지 않고 차액을 부과·징수하며, 이 차액은 법령이 정한 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없습니다.

세관의 차액 징수 처분에는 과세전적부심사 말고도 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다. 사정 변경을 몰랐다는 사정은 고의가 없었다는 주장의 근거가 될 수 있으므로, 생산자와 주고받은 자료를 정리해 두어야 합니다.

사전심사서 미적용 대응 순서

• 사유 확인 - 세관 통지서에 반려 사유나 적용 제외 사유 중 어느 것이 적혔는지 확인합니다. 사유에 따라 반박할 자료가 다릅니다.
• 사실 변경 시점 정리 - 생산자에게 재료·공정이 바뀐 날을 확인합니다. 그 전 수입분은 사전심사서대로 적용받을 여지가 있습니다.
• 기준 충족 자료 확보 - 바뀐 재료로도 원산지결정기준을 충족하는지 원가 자료와 공정명세로 보입니다.
• 과세전적부심사 - 과세전통지를 받으면 30일 안에 청구 여부를 정합니다. 이 단계에서 낸 자료가 뒤의 불복 범위를 정합니다.
• 재신청 - 바뀐 조건으로 계속 수입하려면 수입신고 전에 사전심사를 다시 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 생산자가 변경 사실을 알리지 않았거나 계약상 원산지 보증 조항이 있으면 계약서와 연락 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 사전심사서와 다른 협정관세 배제·추징에 대한 과세전적부심사·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 반려되면 낸 서류는 쓸모가 없나요?
  반려는 원산지를 판단하지 않고 심사를 마치는 처리이므로, 낸 서류는 다시 신청할 때 그대로 쓸 수 있습니다. 보정요구 불응이 이유였다면 부족했던 자료만 보완해 수입신고 전에 다시 신청하면 됩니다. 같은 물품에 원산지 조사가 진행 중이라면 그 서류를 조사 절차에 내는 편이 낫습니다.
• 다른 회사 물품이 조사 중이어도 반려되나요?
  반려 사유는 해당 물품과 동일한 물품에 대해 원산지 조사가 진행되고 있는 경우입니다. 같은 수출자·생산자의 같은 물품에 대한 조사라면 신청인이 아닌 다른 수입자의 조사여도 반려될 수 있습니다. 반려 통지를 받으면 어떤 조사가 이유인지 확인하고, 그 조사 결과를 기다릴지 판단해야 합니다.
• 협정이 개정되면 사전심사서는 어떻게 되나요?
  사전심사 뒤 수입신고 전에 협정이나 관계 법령이 개정되어 사전심사가 그 변경을 반영하지 못하면, 세관장은 사전심사서대로 협정관세를 적용하지 않을 수 있습니다. 협정의 품목별 원산지결정기준이나 품목분류가 바뀌었다면 새 기준으로 충족 여부를 다시 확인하고, 필요하면 사전심사를 다시 신청해야 합니다.
• 자료를 실수로 빠뜨렸어도 적용이 안 되나요?
  필요한 자료를 내지 않아 사전심사에 중대한 착오가 생겼다면 세관장은 사전심사서대로 적용하지 않을 수 있습니다. 다만 협정관세 적용제한까지 이어지는 것은 결과에 영향을 줄 자료를 고의로 내지 않았거나 거짓으로 낸 경우입니다. 실수였다면 빠진 자료와 그 경위를 정리해 고의가 없었음을 보여야 합니다.
• 불복 결과가 사전심사와 다르면 어떻게 되나요?
  같은 사안에 대한 이의신청·심사청구·심판청구나 소송에서 권한 있는 기관의 최종결정이나 법원 판결이 사전심사 내용과 다르게 나오면, 세관장은 사전심사서대로 협정관세를 적용하지 않을 수 있습니다. 이때 관세청장은 사전심사서 내용을 변경할 수 있고, 변경 내용은 신청인에게 통지됩니다.
• 사전심사서 조건을 지키지 않으면 어떻게 되나요?
  사전심사서에 기재된 조건을 이행하지 않은 경우는 협정관세 적용제한 사유입니다. 세관장은 해당 수입물품에 협정관세를 적용하지 않고 차액을 부과·징수할 수 있습니다. 사전심사서에 적힌 재료 조달처, 공정, 거래 조건을 실제 수입 거래와 계속 대조해 두어야 합니다.
• 차액 징수는 몇 년 전 수입분까지 가능한가요?
  협정관세 적용제한에 따른 차액은 대통령령으로 정하는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없습니다. 다만 관세법 제21조 제2항이 정한 불복 결정·판결 등에 따른 경정은 그 각각의 기간 안에 할 수 있습니다. 수입신고 시점별로 어느 물품이 5년을 넘었는지 따로 계산해 봐야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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