원산지·FTA

원산지 사전심사서 내용이 바뀌면 이미 수입한 물품도 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 원산지 사전심사서 내용이 변경되면 원칙적으로 변경일 뒤에 수입신고하는 물품부터 바뀐 내용이 적용됩니다. 다만 자료제출 누락이나 거짓자료 제출처럼 신청인 책임으로 바뀐 경우에는 변경일 전 수입분에도 소급 적용됩니다. 지금은 변경 통지서에 적힌 변경 사유와 통지받은 날짜부터 확인해야 합니다.

변경 통지를 받았다고 그동안 사전심사서대로 들여온 물품이 모두 추징 대상이 되는 것은 아닙니다. 원칙은 변경일 뒤에 수입신고하는 물품부터이고, 소급은 신청인 책임으로 내용이 바뀐 경우에 한정됩니다.

이런 상담이 많습니다

H사는 2025년 3월 캐나다 생산자가 만드는 산업용 밸브에 대해 한-캐나다 FTA 원산지 사전심사서를 받고 협정세율로 수입해 왔습니다. 2026년 8월 관세청은 부가가치비율 산정에 착오가 있었다며 사전심사서 내용을 변경한다고 통지했습니다. H사에는 이미 수입한 물품 6억원어치와 선적을 마친 물품 1억 5천만원어치가 있었습니다. H사는 이미 수입한 물품도 추징되는지, 선적 중인 물품은 어떻게 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 사전심사서 내용 변경을 어떻게 안내하나요?

관세청장은 사전심사의 근거가 된 사실관계나 상황이 바뀌는 등 법령이 정한 사유가 있으면 사전심사서 내용을 변경할 수 있습니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 변경 사유를 네 가지로 들고, 변경된 내용은 변경일 뒤 수입신고분부터 적용하되 신청인 책임이면 소급한다고 안내합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행령이 정한 변경 사유는 다음과 같습니다.

• 사정·법령 변경 - 사실이나 상황이 바뀌었거나 협정·관계 법령이 개정되어 원산지결정기준이나 그 기초가 되는 품목분류 등이 바뀐 경우입니다.
• 심사상 착오 - 대상 물품이나 재료의 품목분류, 부가가치비율 산정 등에 착오가 있는 경우입니다.
• 신청인 자료의 문제 - 신청인이 거짓 자료를 냈거나 필요한 자료를 내지 않아 중대한 착오가 생긴 경우입니다.
• 다른 최종 판단 - 같은 사안의 불복 결정이나 법원 판결이 사전심사와 다르게 나온 경우입니다.

관세청장은 변경하거나 철회할 때 그 이유와 법적 근거, 적용일과 대상물품, 변경적용 유예 신청 절차를 신청인에게 알려야 합니다.

변경된 내용은 언제 수입한 물품부터 적용되나요?

변경된 내용은 변경일 뒤에 수입신고되는 물품부터 적용하는 것이 원칙입니다. 위 사례처럼 관세청의 부가가치비율 산정 착오가 변경 사유라면, 변경일 전에 사전심사서대로 신고한 6억원어치는 변경 내용이 소급 적용되지 않습니다.

다만 자료제출 누락이나 거짓자료 제출처럼 신청인에게 책임이 있는 사유로 내용이 바뀐 경우에는 그 사전심사와 관련해 변경일 전에 수입신고한 물품에도 소급 적용합니다. 이때는 협정관세가 배제되고 차액이 징수될 수 있으므로, 변경 통지서에 적힌 사유가 신청인 책임 사유인지부터 확인해야 합니다.

이미 계약한 물품은 변경 전 내용대로 받을 수 없나요?

칠레·싱가포르·캐나다와의 협정 물품은 변경적용 유예를 신청할 수 있습니다. 사전심사 내용을 믿은 선의의 수입자가 변경 내용을 적용받으면 손해를 본다는 점을 입증하면, 관세청장은 변경된 날부터 칠레와 캐나다는 90일, 싱가포르는 60일을 넘지 않는 범위에서 변경 전 내용을 적용할 수 있습니다.

신청은 변경내용을 통지받은 날부터 15일 안에 해야 합니다. 통지 대상자가 아니라면 변경 사실을 안 날부터 15일입니다. 유예신청서에 변경일 뒤 수입했거나 수입할 물품의 품명·수량·금액과 수입 시기를 적고, 수입거래계약서와 예상 손해 내역·증빙을 붙입니다. 관세청장은 신청일부터 7일 안에 심사해 유예 여부를 통지합니다. 위 사례의 H사는 선적을 마친 1억 5천만원어치에 대해 이 신청을 검토할 수 있습니다.

변경 사실을 먼저 알게 되면 어떻게 하나요?

사전심사서를 받은 사람은 변경 사유가 생긴 사실을 알게 되면 관세청장에게 변경내용을 통보할 수 있습니다. 통보할 때는 변경사항을 알게 된 날, 그 사전심사서로 협정관세를 적용받은 수입물품 목록, 변경된 내용을 적은 수정통보서와 사전심사서 원본, 변경 증빙을 냅니다.

생산자가 재료나 공정을 바꾼 사실을 알고도 그대로 사전심사서를 쓰면, 자료 누락이나 조건 불이행 문제로 번질 수 있습니다. 알게 된 날을 기록해 두고 먼저 통보하는 편이 소급 적용 위험을 줄이는 길입니다.

사전심사서 내용변경 대응 순서

• 변경 사유 확인 - 통지서에 적힌 변경 사유가 사정 변경·심사 착오인지, 신청인 책임 사유인지 확인합니다. 소급 여부가 여기서 갈립니다.
• 수입분 구분 - 변경일 전 신고분과 뒤 신고분, 선적 중인 물품을 나눠 목록을 만듭니다.
• 유예 신청 - 칠레·싱가포르·캐나다 협정 물품이면 통지받은 날부터 15일 안에 손해 증빙을 붙여 유예를 신청합니다.
• 이의제기 - 변경 내용에 동의하지 않으면 통지받은 날부터 30일 안에 이의를 제기합니다.
• 추징 대응 - 소급 추징 통지를 받으면 과세전적부심사와 심판청구를 검토합니다. 신청인 책임 사유가 아니라는 자료가 출발점입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 변경 사유를 두고 세관과 신청인의 책임 판단이 엇갈리면 신청 당시 낸 자료와 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 사전심사서 변경에 따른 협정관세 추징의 과세전적부심사·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 변경 통지에 동의하지 않으면 다툴 수 있나요?
  네, 사전심사서 내용변경 통지를 받은 사람도 통지받은 날부터 30일 안에 관세청장에게 이의를 제기할 수 있습니다. 이의제기서에 사전심사서를 받은 날짜와 내용, 품명·품목번호, 이의 요지를 적고 사전심사서 사본과 근거 자료를 붙입니다. 관세청장은 이의제기를 받은 날부터 30일 안에 결정을 통지해야 합니다.
• 관세청이 계산을 잘못한 것도 소급되나요?
  아니요, 부가가치비율 산정이나 품목분류 착오처럼 신청인 책임이 아닌 사유로 변경되면 변경일 뒤 수입신고분부터 적용합니다. 소급 적용은 자료제출 누락이나 거짓자료 제출처럼 신청인에게 책임이 있는 사유로 변경된 경우에만 합니다. 통지서의 변경 사유를 보고 어느 쪽인지 확인해야 합니다.
• 변경적용 유예는 모든 FTA에 있나요?
  아니요, 현행 시행령이 변경적용 유예 기간을 정한 협정은 칠레·싱가포르·캐나다 세 곳입니다. 칠레와 캐나다는 변경된 날부터 90일, 싱가포르는 60일을 넘지 않는 범위에서 변경 전 내용을 적용할 수 있습니다. 그 밖의 협정 물품은 변경일 뒤 수입신고분부터 바뀐 내용이 적용됩니다.
• 유예 신청 결과는 언제 나오나요?
  관세청장은 유예신청을 받은 날부터 7일 안에 심사해 타당하다고 인정하면 사전심사서 변경적용을 유예한다고 통지해야 합니다. 신청 때 수입거래계약서와 예상 손해 내역·증빙을 갖춰야 손해 입증이 인정될 가능성이 높아집니다. 신청 기한은 변경내용을 통지받은 날부터 15일입니다.
• 사전심사서가 철회될 수도 있나요?
  네, 관세청장은 변경 사유를 심사해 사전심사서 내용을 변경하거나 철회할 수 있습니다. 철회할 때도 그 이유와 법적 근거, 적용일과 대상물품, 변경효력의 적용 유예를 받기 위한 신청 절차를 신청인에게 알려야 합니다. 철회 통지를 받으면 적용일을 기준으로 앞으로의 수입신고 방식을 정해야 합니다.
• 수정통보에는 무엇을 내야 하나요?
  변경 사유가 생긴 사실을 알고 관세청장에게 통보하려면 수정통보서, 사전심사서 원본, 변경 사실을 보여 주는 증빙서류를 냅니다. 수정통보서에는 변경사항을 알게 된 날과 그 사전심사서로 협정관세를 적용받은 수입물품 목록(수입신고번호·수리일·품명·수량·가격·원산지), 변경된 내용을 적습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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