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항만 밖 선박 수리공장도 세관에 영업등록을 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 국제무역선의 선체·기관을 수리·교체·도색하는 선박수리업체는 본점 관할 세관장에게 영업등록을 해야 합니다. 관세법 제222조와 관세청 고시는 선박수리업을 등록 업종으로 정하고, 항만 밖 업체는 자본금 5천만원과 공장 20제곱미터 기준을 갖추면 사업자등록증으로 신청할 수 있게 합니다. 지금은 자격 서류와 임원 결격사유부터 확인해야 합니다.

항만 밖에 공장을 둔 수리업체라도 항만운송관련사업 등록증부터 따로 받아야 하는 것은 아닙니다. 고시가 정한 자본금과 공구창고·공장 면적 기준을 갖추면 사업자등록증으로 세관 등록을 신청할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 항만 밖 산업단지에 공장을 둔 선박 엔진 정비 법인입니다. 2026년 3월 외국 선사로부터 국제무역선 발전기와 펌프를 정기 수리해 달라는 의뢰를 받았는데, 선사는 세관에 등록한 업체만 쓸 수 있다며 등록증을 요구했습니다. B사는 자본금 6천만원, 공장 면적 150제곱미터이지만 항만운송관련사업 등록은 하지 않은 상태였고, 어느 세관에 어떤 서류로 등록해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 선박수리업 등록을 어떻게 안내하나요?

국제무역선의 선체·기관 등 선박시설과 설비를 수리·교체·도색하는 업체는 세관에 영업등록을 해야 합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 선박수리업을 이렇게 정의하고, 영업등록·갱신 신청서에 임원명부, 국세납세증명서, 영업 자격을 보여 주는 서류, 법인등기부등본을 붙여 본점이나 주된 사무소를 관할하는 세관장에게 내도록 안내합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」은 국제무역선 등에 물품이나 용역을 공급하는 업을 하는 자를 보세운송업자등으로 묶어 관세청장이나 세관장에게 등록하게 합니다. 구체적인 업종과 서류는 「선박(항공기)용품 및 용역공급업 등의 등록에 관한 고시」가 정하고, 선박수리업은 이 고시의 등록 업종입니다. 사례집은 근거 조문을 관세법 제326조로 적었지만, 등록의 근거는 제222조와 시행령 제231조입니다.

영업 자격을 보여 주는 서류는 무엇을 내나요?

선박수리업은 네 가지 서류 중 하나로 영업 자격을 증명합니다. 해양수산부장관이 발급한 항만운송관련사업 등록증, 시장·군수·구청장이 발급한 공장등록증, 지방해양수산청장이 발급한 지정사업장 지정서, 사업자등록증 가운데 하나를 내면 됩니다.

사업자등록증으로 등록하려면 조건이 붙습니다. 항만 이외 지역에 있는 법인이나 개인이어야 하고, 항만운송관련사업 등록요건인 자본금 5천만원 이상과 공구창고 또는 공장 총면적 20제곱미터 이상을 갖춰야 합니다. 위 사례의 B사는 이 조건을 충족하므로 사업자등록증으로 신청할 수 있습니다.

어느 세관에 내고, 등록이 거부되는 경우는 언제인가요?

다른 업종은 영업하려는 지역을 관할하는 세관장에게 등록하지만, 선박수리업은 본점 또는 주된 사무소를 관할하는 세관장에게만 등록할 수 있습니다. 신청서는 전자통관시스템, 우편, 팩스, 전자우편으로 낼 수 있고, 국세납세증명서와 법인등기부등본은 행정정보 공동이용에 동의하면 내지 않아도 됩니다.

세관장은 관세법 제223조의 등록요건을 심사합니다. 미성년자·파산자 등 결격사유가 없어야 하고, 관련 법령의 면허·허가·등록을 갖춰야 하며, 관세와 국세 체납이 없어야 합니다. 등록이 취소된 적이 있다면 취소 후 2년이 지나야 합니다. 업무를 직접 담당하거나 감독하는 임원에게 결격사유가 있으면 법인도 등록할 수 없으므로, 임원명부를 낼 때 이 부분을 먼저 확인해야 합니다.

등록 뒤 업무정지나 등록취소를 받으면 어떻게 다투나요?

등록한 업체가 관세법이나 그 명령을 위반하면 세관장은 등록취소나 6개월 범위의 업무정지를 할 수 있고, 거짓으로 등록했거나 결격사유에 해당하면 등록을 취소해야 합니다. 고시는 업무와 관련한 법 위반이나 최근 1년 이내 경고 3회 이상이면 10일의 업무정지를 정하고, 같은 유효기간 중 두 번째는 20일, 세 번째부터는 30일로 늘립니다.

세관장은 등록취소나 업무정지 전에 청문을 열어야 하고, 청문 시작 10일 전까지 서면으로 통지합니다. 이 단계에서 의견을 내지 못했다면, 처분을 안 날부터 90일 안에 관세청장에게 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다.

선박수리업 세관 등록 대응 순서

• 자격 서류 고르기 - 항만운송관련사업 등록증, 공장등록증, 지정사업장 지정서, 사업자등록증 중 무엇으로 낼지 정합니다. 사업자등록증이면 자본금 5천만원과 면적 20제곱미터 기준을 맞춰야 합니다.
• 임원 결격사유 점검 - 업무를 담당하거나 감독하는 임원의 관세법 위반 전력과 파산 여부를 확인합니다. 문제가 있으면 신청 전에 임원 구성을 정리합니다.
• 본점 관할 세관에 신청 - 선박수리업은 본점이나 주된 사무소 관할 세관장에게만 등록합니다. 서식상 처리기간은 10일입니다.
• 등록증 보관과 변동신고 - 상호·대표자·주소가 바뀌면 지체 없이 영업등록 변동신고서를 냅니다. 선사가 요구하면 등록증을 제시합니다.
• 갱신 일정 관리 - 유효기간 3년이 끝나기 1개월 전까지 갱신을 신청합니다. 세관은 2개월 전까지 갱신 안내를 보냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공장이 항만 안에 있거나 임원 중에 관세법 위반 전력이 있는 사람이 있다면 등록증과 처분 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세관의 등록취소·업무정지 처분에 대한 심사청구·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 항만 안에 있는 수리업체도 사업자등록증으로 되나요?
  아니요, 사업자등록증으로 등록할 수 있는 것은 항만 이외 지역에 있는 법인이나 개인뿐입니다. 항만 안 업체는 항만운송관련사업 등록증, 공장등록증, 지정사업장 지정서 중 하나로 영업 자격을 증명해야 합니다. 어느 서류든 등록요건 심사는 같습니다.
• 영업하는 항만마다 따로 등록해야 하나요?
  선박수리업은 본점 또는 주된 사무소를 관할하는 세관장에게만 등록할 수 있습니다. 영업 지역 관할 세관마다 등록하는 다른 업종과 다릅니다. 본점을 옮기면 등록사항 변동신고를 해야 하므로 이전 계획이 있다면 일정을 함께 잡는 것이 좋습니다.
• 임원에게 관세법 위반 벌금 전력이 있으면요?
  업무를 직접 담당하거나 감독하는 임원이 밀수출입죄나 관세포탈죄 등으로 벌금형이나 통고처분을 받고 2년이 지나지 않았다면 그 법인은 등록할 수 없습니다. 이미 등록한 뒤라면 세관장이 등록을 취소해야 하는 사유가 됩니다. 신청 전에 임원명부에 올릴 사람의 전력을 먼저 확인해야 합니다.
• 갱신을 놓치면 등록은 어떻게 되나요?
  등록의 유효기간 3년이 끝나면 등록은 따로 취소 절차 없이 효력을 잃습니다. 폐업하거나 법인이 해산한 경우, 등록이 취소된 경우도 같습니다. 효력을 잃은 뒤 계속 영업하려면 새로 등록을 신청해야 하므로 만료 1개월 전까지 갱신신청을 마쳐야 합니다.
• 업무정지 기간은 얼마나 되나요?
  고시는 업무 관련 법 위반이나 최근 1년 이내 경고 3회 이상이면 10일의 업무정지를 정합니다. 같은 등록 유효기간 중 두 번째 사유가 생기면 20일, 세 번째부터는 30일입니다. 법률상 업무정지는 6개월 범위 안에서 하고, 정지에 갈음해 과징금을 부과할 수도 있습니다.
• 청문 통지를 받았는데 무엇을 해야 하나요?
  세관장은 등록취소나 업무정지 전에 청문을 열고, 청문 시작 10일 전까지 서면으로 알립니다. 지정된 날 출석해 의견을 말하거나 그날까지 서면 의견서를 낼 수 있습니다. 정당한 사유 없이 응하지 않으면 의견진술 기회를 포기한 것으로 봅니다.
• 대표자나 주소가 바뀌면 신고해야 하나요?
  네, 등록한 자는 등록사항에 변동이 생기면 지체 없이 등록지를 관할하는 세관장에게 신고해야 합니다. 고시는 영업등록 변동신고서에 변동 내역을 증명하는 자료를 붙이도록 정합니다. 신고를 미루면 갱신이나 행정제재 심사 때 불리하게 작용할 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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