수입신고·환급

수출 제조기업이 원재료 수입 부가세를 나중에 낼 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 수출 비중 등 요건을 갖춘 중소·중견 제조기업은 원재료 등 수입 부가가치세 납부유예를 받아 통관 때가 아니라 부가가치세 신고 때 정산할 수 있습니다. 부가가치세법 시행령은 세무서 확인서와 세관 승인을 거치게 하고 유예기간을 1년으로 정합니다. 지금은 직전 사업연도 수출액 비율과 체납 이력부터 확인해야 합니다.

수입 부가가치세는 나중에 매입세액으로 공제받으니 유예가 무슨 의미가 있느냐고 묻는 분이 많습니다. 유예를 받으면 수입할 때 세관에 돈을 먼저 내고 몇 달 뒤 돌려받는 과정이 없어지므로, 원재료 수입이 많은 수출 제조기업은 그 기간의 자금 부담이 줄어듭니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 전자부품을 만들어 매출의 40%를 수출하는 중소기업입니다. 2026년 들어 원재료 수입이 늘면서 통관 때마다 내는 부가가치세가 한 분기에 2억원을 넘었고, 이 돈은 부가가치세 신고 뒤에야 공제·환급으로 돌아왔습니다. D사는 2026년 3월 법인세 신고를 마친 뒤 수입 부가가치세 납부를 미룰 방법이 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 부가가치세 납부유예를 어떻게 안내하나요?

부가가치세 납부유예는 수출 비중 등 요건을 갖춘 중소·중견 제조기업이 원재료 등을 수입할 때 낼 부가가치세를 세무서 신고 때까지 미루는 제도입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 세무서에서 요건 확인서를 받아 납부유예 적용 신청서와 함께 관할 세관에 내면 되고, 세관은 1개월 안에 승인 여부를 정하며 승인 유효기간은 1년이라고 안내합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「부가가치세법」과 시행령도 같은 구조입니다. 세관장은 신청일부터 1개월 이내에 승인 여부를 통지하고, 승인하면 유예기간은 1년입니다.

어떤 회사가 납부유예를 받을 수 있나요?

직전 사업연도에 제조업을 주된 사업으로 하는 중소기업이나 중견기업 법인이어야 하고, 수출 비중 요건과 성실성 요건을 모두 갖춰야 합니다. 중소기업은 직전 사업연도 공급가액 중 수출액 비율이 30% 이상이거나 수출액이 50억원 이상이면 됩니다. 중견기업은 수출액 비율이 30% 이상이어야 하고, 50억원 기준은 적용되지 않습니다.

확인 요청일 현재 최근 3년간 계속 사업을 했어야 합니다. 또 최근 2년간 국세나 관세를 체납한 사실, 조세범처벌법이나 관세법 위반으로 처벌받은 사실, 납부유예가 취소된 사실이 없어야 합니다. 체납이 있었더라도 고지서 납부기한 다음 날부터 15일 안에 모두 냈다면 체납으로 보지 않습니다.

어떤 수입 물품에 유예가 적용되나요?

유예 대상은 그 회사가 자기 과세사업에 쓰려고 수입하는 재화입니다. 원재료뿐 아니라 과세사업용 재화면 대상이지만, 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액과 관련된 재화는 빠집니다. 또 관세법에 따라 수입신고 때 납세신고를 하면서 내야 하는 부가가치세에만 적용되므로, 세관장이 부과고지하는 세액은 대상이 아닙니다.

유예받은 부가가치세는 언제 정산하나요?

유예받은 세액은 납세지 관할 세무서에 부가가치세 예정신고나 확정신고를 할 때 정산합니다. 그 재화에 대해 공제받을 매입세액과 유예된 세액을 함께 계산하므로, 과세사업에 쓴 원재료라면 대부분 서로 상계됩니다. 세무서에 낸 세액은 세관에 낸 것으로 봅니다. 유예 뒤 세액을 고치는 수정신고 등은 관세법 절차를 따릅니다.

납부유예가 취소되는 경우는 무엇인가요?

승인 뒤 국세를 체납하거나 조세범처벌법·관세법 위반으로 고발되면 세관장은 납부유예를 취소할 수 있습니다. 처음부터 요건을 갖추지 못한 회사에 승인한 사실을 알게 된 경우도 같습니다. 취소돼도 이미 유예받고 수입한 재화에는 영향이 없지만, 최근 2년 안에 취소된 사실이 있으면 다음 신청 요건을 갖추지 못합니다.

취소는 세관장의 처분이므로 사실과 다르다면 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다.

부가가치세 납부유예 신청 순서

• 요건 자가 점검 - 직전 사업연도 재무제표와 부가가치세 신고서로 제조업 주업 여부와 수출 비중을 계산합니다. 중견기업은 비율 30%만 봅니다.
• 확인서 요청 - 법인세와 부가가치세 신고기한 중 늦은 날부터 3개월 안에 관할 세무서에 요건 확인을 요청합니다. 확인서는 1개월 안에 나옵니다.
• 세관 신청 - 확인서를 첨부해 부가가치세 납부유예 적용 신청서를 관할 세관에 냅니다. 세관은 1개월 안에 승인 여부를 통지합니다.
• 신고 때 정산 - 유예받은 세액은 부가가치세 예정·확정신고 때 매입세액과 함께 정산합니다. 정산을 빠뜨리면 미납 세액이 됩니다.
• 체납 관리 - 유예기간 1년 동안 국세·관세 체납이 생기지 않게 관리합니다. 체납이 생기면 유예가 취소될 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 중소·중견기업 해당 여부나 수출액 계산에 다툼이 있으면 재무제표와 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 납부유예 취소 등 세관 처분에 대한 심사청구·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 개인사업자도 부가가치세 납부유예를 받을 수 있나요?
  아니요, 현행 시행령은 직전 사업연도에 중소기업이나 중견기업에 해당하는 법인으로 요건을 정하고 있습니다. 또 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업으로 한정합니다. 개인사업자나 도소매업 위주 법인은 수출 비중이 높아도 이 제도 대상이 아닙니다.
• 수출액 50억원 기준은 중견기업에도 적용되나요?
  아니요, 수출액 50억원 이상 기준은 중소기업에만 적용됩니다. 중견기업은 직전 사업연도 공급가액 합계액 중 수출액 비율이 30% 이상이어야 합니다. 여기서 수출액은 부가가치세법상 영세율을 적용받은 재화 공급가액의 합계액입니다.
• 예전에 체납이 한 번 있었는데 신청할 수 있나요?
  확인 요청일 현재 최근 2년간 국세나 관세를 체납한 사실이 없어야 합니다. 다만 납부고지서에 따른 납부기한 다음 날부터 15일 안에 체납 세액을 모두 냈다면 체납으로 보지 않습니다. 2년이 지난 체납은 요건 판단에 들어가지 않습니다.
• 승인 유효기간이 끝나면 어떻게 하나요?
  납부유예 승인 유효기간은 1년입니다. 계속 적용받으려면 다음 사업연도 신고를 마친 뒤 다시 세무서 확인서를 받아 세관에 신청해야 합니다. 확인 요청은 법인세 신고기한과 부가가치세 확정신고기한 중 늦은 날부터 3개월 안에 해야 합니다.
• 수입한 물건을 접대용으로 쓰면 유예되나요?
  아니요, 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액과 관련된 재화는 유예 대상에서 빠집니다. 접대비 관련 매입세액처럼 원래 공제받지 못하는 재화는 수입할 때 부가가치세를 그대로 내야 합니다. 유예 대상은 자기 과세사업에 쓰는 재화입니다.
• 납부유예가 취소되면 이미 유예받은 세금도 바로 내나요?
  납부유예 취소는 이미 유예를 받고 수입한 재화에는 영향을 미치지 않습니다. 그 재화의 유예 세액은 원래대로 부가가치세 신고 때 정산하면 됩니다. 다만 취소 뒤 수입하는 재화는 통관할 때 부가가치세를 내야 하고, 2년간 재신청 요건을 갖추지 못합니다.
• 세관이 부과고지한 부가가치세도 유예되나요?
  아니요, 납부유예는 관세법에 따라 수입신고 때 납세신고를 하면서 내야 하는 부가가치세에만 적용됩니다. 세관장이 부과고지하는 경우나 사후 추징 세액은 유예 대상이 아닙니다. 유예 뒤 세액을 고치는 수정신고 등은 관세법 절차를 따릅니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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