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수입항 도착 후 보세창고에 맡긴 보관료도 관세 과세가격에 들어가나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 수입항에 도착한 뒤 수입자가 자기 부담으로 보세창고에 맡기고 창고업자에게 낸 보관료는 과세가격에 들어가지 않습니다. 과세가격에 더하는 운송 관련 비용은 수입항에 도착해 본선하역준비가 끝날 때까지 생긴 비용으로 한정됩니다. 지금은 보관료보다 보세창고 반입일부터 30일인 수입신고 기한을 먼저 확인해야 합니다.

보관료 영수증을 수입신고 때 함께 내거나 과세가격에 넣어 신고할 필요는 없습니다. 보관료는 처음부터 과세가격 밖의 비용이므로, 회계 처리용 영수증으로만 보관하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 특수관계가 없는 해외 업체에서 합판을 사들여 가구를 만듭니다. 2026년 3월 수입항에 도착한 합판을 공장 생산라인이 준비될 때까지 두 달 가까이 항구 근처 보세창고에 맡겼고, 보관료 800만원은 C사가 창고업자에게 직접 냈습니다. C사는 이 보관료도 과세가격에 넣어 신고해야 하는지, 창고에 오래 둔 것 자체로 불이익이 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

수입항 보세창고 보관료도 과세가격에 넣어야 하나요?

아니요, 수입항에 도착한 뒤 구매자가 자기 부담으로 보세창고에 맡기고 창고업자에게 낸 보관료는 과세가격에 넣지 않습니다. 과세가격에 더하는 운송 관련 비용은 수입물품이 수입항에 도착해 본선하역준비가 끝날 때까지 생긴 비용으로 한정됩니다. 하역 준비가 끝난 뒤 생긴 보관료는 이 범위 밖입니다. 또 판매자에게 지급한 돈이 아니므로 물품의 대가인 실제지급가격에도 해당하지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」과 시행령도 같은 구조입니다.

상담 사례의 800만원도 마찬가지입니다. 보관 기간이 길어져 보관료가 물품값에 견줄 만큼 커지더라도, 수입항 도착 후 수입자가 창고업자에게 낸 돈인 이상 관세 계산에는 들어가지 않습니다. 보관료 영수증은 지급 상대방이 판매자가 아닌 창고업자라는 점을 보여 주는 자료로 남겨 두면 됩니다.

관세청은 이 질문에 어떻게 안내하나요?

관세청은 수입항 도착 후 구매자가 부담한 보세창고 보관료는 실제지급가격에 포함되지 않는다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 합판 수입자가 국내 생산을 시작할 때까지 물품을 창고업자의 보세창고에 맡긴 사례를 다뤘습니다. 관세청은 그 보관료가 물품이 국내에 도착한 뒤 구매자 부담으로 생긴 비용이고, 구매자가 판매자에게 직접 또는 간접으로 지급한 돈이 아니라는 점을 이유로 들었습니다.

수입항에서 생기는 비용은 어디까지 과세가격에 들어가나요?

수입항까지 오는 데 든 운임과 보험료는 들어가고, 수입항에 도착한 뒤 생긴 비용은 원칙적으로 들어가지 않습니다. 다만 도착 뒤 비용이 운임에 섞여 있으면 따로 구분되어 있을 때에만 뺄 수 있습니다. 관세청 고시는 수입항 하역비가 운임에 포함되어 있더라도 금액이 구분 표시되어 있으면 과세가격에 넣지 않고, 수입항에서의 도선료·예선료도 운임과 구분되면 넣지 않도록 정합니다. 문전배달 운송계약에서 수입항 도착 이후 운송료가 구분되면 그 부분도 뺍니다.

판매자가 수입항 도착 후 운송비까지 대금에 넣어 청구했다면, 그 운송비를 총금액에서 명백히 구분할 수 있을 때 실제지급가격에서 뺄 수 있습니다.

보세창고에 오래 두면 수입신고는 언제까지 해야 하나요?

지정장치장이나 보세창고에 반입한 물품은 반입일부터 30일 안에 수입신고를 해야 합니다. 신속한 유통이 필요하다고 보아 관세청장이 보세구역 종류와 물품 특성을 고려해 정한 물품이 이 기한을 넘기면 가산세가 붙습니다. 가산세율은 기한이 지난 날부터 20일 안에 신고하면 과세가격의 0.5%, 50일 안이면 1%, 80일 안이면 1.5%, 그 뒤에는 2%이고, 한 건에 500만원을 넘지 않습니다. 생산 일정 때문에 창고에 오래 둘 계획이라면 반입 전에 해당 물품이 가산세 대상인지 확인해 두어야 합니다.

수입항 보관료 과세가격 대응 순서

• 비용 구분 - 운임 명세서에서 수입항 도착 전 비용과 도착 후 비용을 나눕니다. 하역비·도선료처럼 섞이기 쉬운 항목은 금액이 따로 적혀 있는지 봅니다.
• 지급 상대방 확인 - 보관료를 창고업자에게 직접 냈는지, 판매자를 거쳐 냈는지 확인합니다. 판매자에게 낸 돈은 성격을 따로 따져야 합니다.
• 신고기한 관리 - 보세창고 반입일부터 30일을 셉니다. 가산세 대상 물품이면 일부라도 먼저 신고하는 방법을 검토합니다.
• 잘못 넣은 보관료 정정 - 보관료를 과세가격에 넣어 세금을 더 냈다면 최초 납세신고일부터 5년 안에 경정을 청구할 수 있습니다.
• 경정 거부 대응 - 세관이 2개월 안에 답하지 않거나 거부하면 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 판매자가 수입항 도착 후 보관과 배송까지 맡는 조건으로 대금을 받았다면 계약서와 운임 명세서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 과세가격 경정청구와 관세 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수출항 창고 보관료는 과세가격에 들어가나요?
  수입항에 도착하기 전 단계의 비용이라면 판단이 달라집니다. 과세가격에 더하는 운송 관련 비용은 수입항에 도착해 본선하역준비가 끝날 때까지 생긴 비용이므로, 운송 중 일시 보관에 든 비용이 이에 해당하는지 따져야 합니다. 수입항 도착 후 보관료와는 기준이 다릅니다.
• 본선하역준비 완료는 언제를 말하나요?
  관세청 고시는 수입물품의 양륙을 할 수 있는 상태가 된 때를 말한다고 정합니다. 항해용선계약이라면 상법에 따른 하역 준비 통지를 발송한 때입니다. 이 시점까지 생긴 운임과 비용은 과세가격에 들어가고, 그 뒤 비용은 들어가지 않습니다.
• 수입항 하역비가 운임에 섞여 있으면요?
  운임에 수입항 하역비가 포함되어 있더라도 그 금액이 구분 표시되어 있으면 과세가격에 넣지 않습니다. 구분 표시가 없으면 운임 전체가 수입항까지의 운임으로 다뤄질 수 있으므로, 운송인에게 하역비를 따로 적은 명세서를 받아 두는 것이 좋습니다.
• 보관료를 넣어 신고했으면 돌려받을 수 있나요?
  보관료를 과세가격에 넣어 세금을 더 냈다면 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 안에 세관장에게 경정을 청구할 수 있습니다. 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 통지가 없으면 그다음 날부터 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.
• 신고지연 가산세는 모든 물품에 붙나요?
  아니요, 신속한 유통이 필요하다고 보아 관세청장이 보세구역 종류와 물품 특성을 고려해 정한 물품에만 붙습니다. 대상 물품이 반입일부터 30일 안에 신고하지 않으면 과세가격의 0.5%에서 2%까지 붙고, 한 건에 500만원을 넘지 않습니다.
• 판매자가 국내 배송까지 맡으면 어떻게 하나요?
  판매자가 수입항 도착 이후 운송까지 책임지는 조건이라면 대금 안에 국내 운송비가 들어 있을 수 있습니다. 그 운송비를 총금액에서 명백히 구분할 수 있으면 실제지급가격에서 빼고, 구분할 수 없으면 대금 전체가 과세가격 계산의 기초가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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