규제·허가 기준

새 수질오염물질이 나와 폐수시설을 고치면 변경신고만 하면 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

아니요, 설치허가를 받은 폐수배출시설에서 배출허용기준을 넘는 새로운 수질오염물질이 생겨 시설을 고쳐야 한다면 변경신고가 아니라 변경허가를 받아야 합니다. 물환경보전법 제33조 제2항과 같은 법 시행령 제31조 제3항 제2호가 이를 중요한 변경사항으로 정합니다. 지금은 처음 받은 것이 설치허가인지 설치신고인지부터 확인하십시오.

모든 변경이 변경허가 대상은 아닙니다. 공동방지시설이나 공공폐수처리시설과 협의를 마친 경우 등에는 변경신고로 갈음할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2022년 폐수배출시설 설치허가를 받아 금속 부품을 세척해 왔습니다. 2025년 거래처 요구로 새 도금 공정을 들이자 자가측정에서 배출허용기준을 넘는 새로운 중금속 성분이 나왔고, 방지시설에 처리 단계를 하나 더 달아야 했습니다. E사는 변경신고만 하고 공사를 진행해도 되는지 물었습니다. 이 경우 변경허가 대상인지가 먼저 따질 부분입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

변경허가를 받아야 하는 중요한 변경은 무엇인가요?

설치허가를 받은 폐수배출시설은 배출량의 큰 증가, 기준을 넘는 새 오염물질 발생, 폐수무방류배출시설의 고체 폐기물 처리방법 변경 가운데 하나에 해당하면 변경허가를 받아야 합니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「물환경보전법 시행령」이 정한 중요한 변경은 다음과 같습니다.

• 배출량 증가 - 폐수배출량이 허가 당시보다 100분의 50(특정수질유해물질이 기준 이상 배출되는 시설은 100분의 30) 이상 또는 1일 700세제곱미터 이상 늘어나는 경우입니다.
• 새 오염물질 - 배출허용기준을 넘는 새로운 수질오염물질이 생겨 배출시설이나 방지시설을 개선해야 하는 경우입니다.
• 무방류시설 처리방법 - 설치제한지역의 폐수무방류배출시설이 수질오염물질을 고체 폐기물로 처리하는 방법을 바꾸는 경우입니다.

원료나 공정을 바꿨더라도 새 오염물질이 배출허용기준 이하이거나 시설 개선이 필요 없다면 이 항목에는 해당하지 않습니다. 그때는 부령이 정한 변경신고 대상인지를 따로 봅니다.

변경신고로 변경허가를 갈음할 수 있는 경우는?

공동방지시설 대표자나 공공폐수처리시설 운영자와 폐수 처리·비용 부담을 협의했고, 그 시설의 처리능력이나 처리용량을 넘지 않는 범위에서 바꾼 경우에는 변경신고로 변경허가를 갈음할 수 있습니다. 두 요건을 모두 갖춰야 합니다.

폐수를 자체 방지시설로 처리하는 사업장은 이 예외를 쓰기 어렵습니다. 공공폐수처리시설로 보내는 사업장이라면 운영자와의 협의서를 먼저 받아 둡니다.

변경허가 없이 시설을 바꾸면 어떻게 되나요?

변경허가를 받지 않고 배출시설을 변경한 자에게는 배출부과금이 부과될 수 있습니다. 허가 없이 바꾼 시설은 행정처분 대상이 되기도 하므로, 이미 공사를 마쳤다면 지금이라도 변경허가 절차를 밟는 방안을 검토합니다.

처음부터 신고만 한 시설은 어떻게 하나요?

설치신고를 한 시설은 부령이 정한 사항을 바꿀 때 변경신고를 합니다. 다만 설치신고 시설이라도 원료 변경 등으로 특정수질유해물질이 새로 배출되면 설치허가 대상이 될 수 있습니다.

폐수시설 변경허가 대응 순서

• 허가 유형 확인 - 처음 받은 것이 설치허가증인지 설치신고증명서인지 확인합니다. 허가 시설만 변경허가 대상입니다.
• 오염물질 분석 - 새 공정에서 나오는 오염물질과 농도를 측정합니다. 배출허용기준을 넘는지가 기준입니다.
• 개선 필요성 판단 - 방지시설을 고쳐야 하는지 설계사와 확인합니다. 개선이 필요하면 변경허가 대상입니다.
• 갈음 요건 검토 - 공공폐수처리시설 등과 협의가 됐는지 봅니다. 두 요건을 갖추면 변경신고로 대신합니다.
• 허가 후 공사 - 변경허가를 받은 뒤 공사하고 가동시작 신고를 합니다. 순서가 바뀌면 처분 사유가 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이미 허가 없이 바꾼 상태에서 점검을 받았거나 처분 사전통지를 받았다면 공사 일정과 측정 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 환경 인허가와 관련된 행정처분 취소소송과 집행정지 신청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 새 오염물질이 기준 이하면 변경허가가 필요 없나요?
  물환경보전법 시행령 제31조 제3항 제2호는 배출허용기준을 초과하는 새로운 수질오염물질이 발생되어 배출시설이나 방지시설을 개선해야 하는 경우를 변경허가 대상으로 정합니다. 새 물질이 기준 이하이고 시설 개선이 필요 없다면 이 호에는 해당하지 않으며, 부령상 변경신고 대상인지를 따로 봅니다.
• 배출량이 얼마나 늘면 변경허가 대상인가요?
  물환경보전법 시행령 제31조 제3항 제1호에 따라 폐수배출량이 허가 당시보다 100분의 50 이상 또는 1일 700세제곱미터 이상 늘면 변경허가 대상입니다. 특정수질유해물질이 기준 이상 배출되는 시설은 100분의 30 이상 증가만으로도 대상이 됩니다.
• 공공폐수처리시설로 보내면 신고로 되나요?
  두 요건을 모두 갖추면 됩니다. 물환경보전법 시행령 제31조 제4항은 공공폐수처리시설 운영자 등과 폐수 처리·비용 부담을 협의했고, 그 시설의 처리능력이나 처리용량을 넘지 않는 범위에서 변경한 경우 변경신고로 변경허가를 갈음할 수 있다고 정합니다. 협의서를 먼저 받습니다.
• 변경허가 없이 바꾸면 부과금이 나오나요?
  나올 수 있습니다. 물환경보전법 제41조 제1항은 허가·변경허가를 받지 않거나 신고·변경신고를 하지 않고 배출시설을 설치하거나 변경한 자에게도 배출부과금을 부과·징수한다고 정합니다. 이와 별도로 무허가 변경은 행정처분 사유가 될 수 있습니다.
• 변경허가 신청 때 어떤 서류를 내나요?
  물환경보전법 시행령 제31조 제5항은 허가 신청 첨부서류로 위치도와 폐수배출공정흐름도, 원료 사용명세와 제품 생산량 및 수질오염물질 내역서, 방지시설 설치명세서와 도면 등을 정하고 있고, 변경허가에는 기존 설치허가증도 함께 냅니다. 바뀌는 공정 부분을 중심으로 준비합니다.
• 신고만 한 시설에서 유해물질이 나오면요?
  설치신고 시설이라도 원료 등의 변경으로 특정수질유해물질이 새로 배출되면 물환경보전법 시행령 제31조 제1항 제6호에 따라 설치허가 대상이 됩니다. 이 경우 변경신고가 아니라 허가를 새로 받아야 하므로 원료를 바꾸기 전에 성분부터 확인합니다.

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