행정처분 대응

폐수 시료를 규정대로 보존하지 않았다면 오염도 검사 결과를 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

네, 시료를 공정시험기준대로 채취·보존하지 않았다면 검사 결과의 신빙성을 다툴 수 있습니다. 대법원 2021두58912 판결은 하자가 중대하면 처분 근거가 흔들리고, 검사 결과를 믿을 만하다는 증명책임은 행정청에 있다고 했습니다.

네, 시료를 공정시험기준대로 채취·보존하지 않았다면 오염도 검사 결과의 신빙성을 다툴 수 있습니다. 대법원은 기준 위반만으로 처분이 곧바로 위법해지지는 않지만, 그 하자가 시료를 객관적 자료로 쓸 수 없을 정도로 중대하면 처분의 근거가 흔들린다고 보았습니다. 시료와 검사가 믿을 만하다는 점은 원칙적으로 행정청이 증명해야 합니다. 회사가 먼저 검사 결과가 틀렸다는 과학적 증명까지 해야 하는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 인쇄회로기판을 만드는 공장으로, 2026. 4. 폐수처리시설을 바꾸고 시운전을 마쳤습니다. 2026. 5. 시청 공무원이 방류수를 떠 가 연구원에 검사를 맡겼는데, 아연이 기준치의 20배 넘게 나왔다는 결과가 왔습니다. 시는 개선명령과 함께 조업정지를 갈음한 과징금, 수억 원의 초과배출부과금을 부과했습니다. 그런데 열흘쯤 뒤 시가 다시 뜬 시료에서는 아연이 기준치의 10분의 1도 나오지 않았고, 처음 시료에는 보존용 질산을 넣지 않았다는 사실도 알게 됐습니다. A사 대표는 이 검사 결과로 내린 처분을 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공정시험기준을 어기고 채취한 시료로도 처분할 수 있나요?

기준 위반만으로 곧바로 처분이 위법해지지는 않습니다. 법은 환경오염도를 행정처분의 근거로 쓰려면 공정시험기준에 따르도록 하고, 수질오염물질의 시료 채취와 보존 방법은 국립환경과학원 고시인 수질오염공정시험기준에 정해져 있습니다. 대법원은 이 고시가 행정기관 내부의 사무처리준칙이어서 법원을 구속하지는 않는다고 보았습니다.

대신 절차상 하자가 채취된 시료를 객관적인 자료로 활용할 수 없을 정도로 중대한지를 따집니다. 이 사건 고시는 금속류 시료를 현장에서 실험하지 못하면 시료 1L당 질산 2mL를 넣어 보존하도록 하고 예외를 두지 않았습니다. 그런데도 담당 공무원은 질산을 넣지 않고 검사를 맡겼습니다. 현행 법도 처분 근거로 쓰는 오염도는 공정시험기준에 따르도록 같은 내용을 두고 있습니다. 결국 시험기준 위반은 그것만으로 승부가 나는 쟁점이 아니라, 검사 결과를 믿을 수 없게 만드는 여러 사정 가운데 가장 중요한 출발점이라고 보시면 됩니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

대법원은 처분이 적법하다고 본 원심을 파기환송했습니다. 원심은 대학 교수의 의견서를 근거로 질산을 넣지 않아도 아연 총량 분석에는 영향이 없다고 보았지만, 대법원은 그 의견서에 과학적 근거가 제시되어 있지 않다고 했습니다. 또 첫 검사에서 아연이 111.3mg/L 나왔는데 12일 뒤 재검사에서는 0.317mg/L로 떨어진 이유를 심리하지 않았다고 지적했습니다.

다른 금속은 모두 기준 미만인데 아연만 크게 넘은 이유도 행정청이 설명하지 못했다고 보았습니다. 판결은 “시료의 채취와 보존, 검사방법의 적법성 또는 적절성이 담보되어 시료를 객관적인 자료로 활용할 수 있고 그에 따른 실험결과를 믿을 수 있다는 사정은 행정청이 증명책임을 부담하는 것이 원칙이다.”라고 밝혔습니다. 그래서 시료 보존 하자가 중대하다고 볼 여지가 충분하다고 판단했습니다.

검사 결과를 믿을 수 없다는 점은 어떻게 보여 주나요?

검사 결과 자체의 이상한 점을 구체적으로 짚는 것이 핵심입니다. 이 판결이 문제 삼은 사정은 세 가지였습니다. 보존 방법 위반, 짧은 기간 안의 수치 급변, 특정 물질만 튀는 이상한 분포입니다. 회사로서는 같은 시기의 자가측정 기록, 방지시설 운전 일지, 원료 사용 내역으로 그 무렵 배출 상태가 정상이었다는 점을 함께 보여 주는 것이 좋습니다.

행정청의 판단이 고도의 전문적·기술적 판단으로 존중된다는 점도 기억해야 합니다. 법령에 정량 기준이 있고 전문기관의 검사 결과가 있으면 신빙성을 의심할 만한 사정이 없는 한 존중됩니다. 그래서 막연한 이의가 아니라 의심할 만한 사정을 자료로 세워야 합니다. 시설 운영 기록을 누가 관리하는지는 「폐수배출시설 환경기술인은 어떤 일을 책임지나요?」에서 자세히 설명했습니다.

수질 오염도 검사 처분 대응 순서

• 채취 현장 기록 - 채취 시각, 지점, 용기, 보존제 투입 여부를 현장에서 확인하고 적어 둡니다.
• 분할 시료 요청 - 가능하면 같은 시료를 나눠 받아 다른 기관에 검사를 맡깁니다.
• 운영 자료 정리 - 자가측정 기록과 방지시설 운전 일지, 원료 사용 내역을 모읍니다.
• 재검사 결과 대조 - 단기간 수치 변화와 물질별 분포의 이상한 점을 표로 만듭니다.
• 기한 안 불복 - 처분을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 시료 채취와 보존 과정의 구체적 하자와 재검사 결과, 같은 시기 시설 운영 기록에 따라 검사 결과의 신빙성 판단이 달라집니다. 법무법인 윤성은 수질·대기 배출시설 행정처분과 배출부과금에 대한 행정심판과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공무원이 시료를 뜰 때 회사가 무엇을 확인해야 하나요?
  채취 지점과 시각, 용기를 시료로 헹궜는지, 현장 실험을 못 하면 보존제를 넣었는지를 확인하고 기록해 두는 것이 좋습니다. 보존 방법 위반은 검사 결과의 신빙성을 다투는 출발점이 됩니다.
• 초과배출부과금은 무엇을 기준으로 매기나요?
  배출허용기준을 넘겨 수질오염물질을 배출하면 초과배출부과금이 부과됩니다. 기준 초과 여부, 물질의 종류, 배출기간, 배출량, 자가측정 여부 등을 고려해 대통령령으로 정한 방법으로 산정합니다.
• 조업정지 대신 과징금을 낼 수 있나요?
  제조업 배출시설 등은 조업정지가 주민 생활이나 대외 신용, 고용 등에 현저한 지장을 줄 우려가 있으면 매출액의 100분의 5 이내 과징금으로 갈음할 수 있습니다. 다만 법이 정한 일부 위반은 조업정지를 명해야 합니다.
• 개선명령을 이미 이행했으면 다툴 실익이 없나요?
  그렇지 않습니다. 개선명령을 이행해도 같은 검사 결과에 근거한 과징금이나 초과배출부과금은 남아 있으므로, 그 처분들의 근거가 된 검사 결과의 신빙성은 따로 다툴 수 있습니다.
• 전문기관 검사 결과는 법원이 그대로 믿나요?
  원칙적으로 존중됩니다. 다만 판단의 기초가 된 사실인정에 중대한 오류가 있거나 실험결과의 신빙성을 의심할 만한 사정이 있으면 달라집니다. 그 사정을 구체적 자료로 제시해야 합니다.
• 자가측정 결과가 기준 이내였다면 도움이 되나요?
  도움이 될 수 있습니다. 같은 시기 자가측정 결과가 기준 이내였다면 행정청 검사 결과의 이례성을 보여 주는 자료가 됩니다. 자가측정 여부는 배출부과금 산정에서 고려하는 사항이기도 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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