과징금·보조금

정부 R&D 과제 목표를 못 채우면 출연금 환수와 참여제한을 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

아니요, 연구 결과가 극히 불량하다는 사정만으로 연구 과정이 불성실했다고 추정되지 않습니다. 대법원 2014두47969 판결로 불성실 수행의 판단 기준과 현행 국가연구개발혁신법의 참여제한·환수 요건, 이의신청과 소송 기한을 정리했습니다.

아니요, 목표에 크게 못 미쳤다는 사정만으로 연구를 불성실하게 했다고 볼 수는 없습니다. 대법원은 결과가 극히 불량한지와 과정이 불성실했는지를 따로 판단해야 한다고 보았습니다. 평가 점수가 낮게 나왔다고 해서 곧바로 출연금 반환을 받아들일 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 정부 지원을 받아 1년짜리 센서 모듈 개발 과제를 수행했습니다. 핵심 부품 공급사가 납품을 석 달 늦추는 바람에 뒤 단계 설계가 밀렸고, 최종평가에서 주요 성능지표 달성도가 한 자릿수로 나왔습니다. 연구진은 그동안 시제품을 세 차례 다시 만들었고 시험 기록도 남겨 두었습니다. 2026. 8. 24. 전문기관은 극히 불량 판정과 함께 참여제한과 연구개발비 환수를 예고했습니다. A사 대표는 결과가 나쁘면 성실하게 했어도 돈을 돌려줘야 하는지, 무엇을 내야 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

LED를 쓴 프로젝터 광학 모듈 개발 과제를 수행한 중소기업 등이 출연금 전액 환수와 3년 참여제한을 받은 사건입니다. 핵심 성능 항목인 광량의 목표 달성도는 2.4%에 그쳤습니다. 원심은 1년의 개발 기간 중 7개월이 지나서야 렌즈 설계와 외부 제작 의뢰를 시작했다며 불성실 수행을 인정했습니다. 당시 시행령은 과정이 불성실하고 결과가 극히 불량하면 3년 참여제한과 출연금 전액 환수를, 과정은 성실했으나 결과가 극히 불량하면 환수 없이 1년 참여제한을 정했습니다.

대법원은 결과가 극히 불량하다는 판단은 유지하면서도 “연구결과가 극히 불량하다는 점이 인정된다고 하여 연구개발과정의 불성실 수행이 추정되는 것은 아니다.”라고 보았습니다. LED 부품이 정해져야 렌즈 설계가 가능한 구조였고, 회사가 도면과 시제품을 만들고 광학 시뮬레이션을 반복했으며, 기관도 방문 평가 때 성실성을 지적하지 않았다는 이유로 원심판결을 파기환송했습니다.

불성실 수행 여부는 무엇을 보고 판단하나요?

사업계획서의 내용, 사업이 실제로 진행된 경과, 협약을 위반했는지를 모두 놓고 사회통념에 따라 판단합니다. 연구가 여러 단계를 차례로 거치는 구조라면 전체 진행 과정과 단계 사이의 연결까지 보아야 합니다. 어느 한 단계가 늦게 시작되었다는 사정만 떼어 내 불성실이라고 단정할 수는 없다는 뜻입니다. 대법원도 원심이 계획대로 진행되지 못한 원인과 협약상 어떤 의무를 위반했는지를 심리하지 않았다고 지적했습니다.

그래서 지연의 원인이 무엇이었는지가 핵심입니다. 부품 납품 지연이나 장비 고장처럼 회사가 통제하기 어려운 사정이었는지, 그 사정을 전문기관에 알리고 계획을 조정했는지, 연구노트와 시험 기록이 남아 있는지를 확인합니다. 참여제한 처분을 소송으로 다투는 일반적인 방법은 「클린사업 공급업체 3년 참여제한을 받았는데 행정소송으로 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

지금 법에서도 같은 기준이 적용되나요?

판결이 적용한 구 중소기업 기술혁신 촉진법 시행령의 별표 조항은 지금 삭제되었고, 국가연구개발사업의 제재는 국가연구개발혁신법 제32조가 정합니다. 현행 제1항 제1호는 평가 결과 연구개발과제의 수행과정과 결과가 극히 불량한 경우를 제재사유로 적고 있어, 결과만 보고 제재해서는 안 된다는 판결 취지는 현행법에서도 그대로 통한다고 볼 수 있습니다.

제재는 10년 이내의 참여제한과 이미 지급한 연구개발비의 5배 범위의 제재부가금이고, 둘을 함께 부과할 수 있습니다. 별도로 제재사유와 관련된 연구개발비를 환수할 수 있습니다. 기관은 제재사유의 중대성, 고의 유무, 수행 단계와 진행 정도를 고려해야 하고, 과제 종료일부터 10년이 지나면 제재할 수 없습니다.

환수 금액이 지나치게 많으면 줄일 수 있나요?

네, 환수 범위와 제재 수준은 사정에 따라 달라지므로 금액 산정도 따로 다툴 수 있습니다. 현행법은 환수 대상을 이미 지급한 연구개발비 중 제재사유와 관련된 부분으로 한정합니다. 목표를 달성한 세부 과제나 정상적으로 집행된 장비비가 있다면 그 부분까지 돌려줘야 하는지 따져 볼 수 있습니다.

판결 당시 시행령도 과정의 성실 여부에 따라 환수 여부와 참여제한 기간을 크게 달리했습니다. 현행법 역시 고의 유무와 수행 단계, 진행 정도를 고려하도록 정하고 있으므로, 성실하게 진행한 부분과 그렇지 못한 부분을 나누어 설명하는 것이 금액을 줄이는 출발점입니다.

연구개발 제재처분 대응 순서

• 판정 사유 확인 - 극히 불량 판정이 결과 수치만 근거로 했는지, 과정상 잘못을 구체적으로 적었는지 봅니다.
• 10일 안 이의신청 - 평가 결과를 통보받은 날부터 10일 안에 평가 결과에 대한 이의신청을 합니다.
• 과정 자료 정리 - 사업계획서 대비 단계별 진행표, 지연 원인 자료, 연구노트와 시험 기록을 묶습니다.
• 20일 안 재검토 의견 - 제재 내용을 통지받으면 성실 수행 사정과 고려사항을 의견서로 냅니다.
• 처분 후 불복 - 처분을 안 날부터 90일 안에 취소소송을 내고, 참여제한이 진행 중이면 집행정지를 함께 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 연구 지연의 원인과 사업계획 대비 실제 진행 경과에 따라 제재 여부와 환수 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국가연구개발사업 제재처분과 연구개발비 환수에 대한 이의신청과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 평가에서 극히 불량을 받으면 지원금을 전부 돌려줘야 하나요?
  그렇지 않습니다. 현행법상 환수 대상은 이미 지급한 연구개발비 중 제재사유와 관련된 부분이고, 기관은 제재사유의 중대성과 고의 유무, 수행 단계와 진행 정도를 고려해야 합니다. 관련 없는 비용까지 환수했다면 다툴 수 있습니다.
• 참여제한은 최대 몇 년까지 받을 수 있나요?
  국가연구개발혁신법은 10년 이내의 범위에서 국가연구개발활동 참여를 제한할 수 있게 정하고, 제재부가금과 함께 부과할 수도 있습니다. 사유별 구체적인 기간은 대통령령의 기준에 따릅니다.
• 과제가 끝난 지 오래됐는데 지금도 제재를 받을 수 있나요?
  제재사유가 발생한 연구개발과제의 종료일부터 10년이 지나면 참여제한이나 제재부가금 처분을 할 수 없습니다. 통지를 받았다면 과제 종료일부터 먼저 확인하십시오.
• 평가 결과에 이의가 있으면 언제까지 신청하나요?
  평가 결과를 통보받은 날부터 10일 안에 해당 중앙행정기관의 장에게 이의신청을 할 수 있습니다. 기관은 신청을 받은 날부터 30일 안에 관계자 의견을 듣고 조치한 뒤 결과를 알려야 합니다.
• 부품 납품 지연처럼 회사 탓이 아닌 사정도 고려되나요?
  고려됩니다. 대법원은 앞 단계가 늦어지면 다음 단계도 미뤄질 수밖에 없던 사정과 실제로 들인 노력을 보아 불성실 수행을 부정했습니다. 지연 원인을 보여 주는 거래 기록과 연락 내역을 남겨 두어야 합니다.
• 소송을 내면 참여제한이 바로 멈추나요?
  멈추지 않습니다. 취소소송을 내도 처분의 효력은 그대로이므로, 참여제한으로 회복하기 어려운 손해가 생길 우려가 있으면 집행정지를 함께 신청해야 합니다. 받아들여지면 그 결정에서 정한 때까지 효력이 멈춥니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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