행정처분 대응

이의신청 뒤 다시 받은 제재 통지, 그 통지를 소송으로 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

재심의 결과 제재 기간과 납부기한을 새로 정해 통지했다면 그 통지는 새 처분으로 소송 대상이 됩니다. 대법원 2021두60748 판결의 판단 기준과, 행정기본법상 이의신청 결과 통지 후 90일 기한, 현행 연구개발 제재 절차를 정리했습니다.

네, 재심의 결과 제재 기간과 납부기한을 새로 정해 통지했다면 그 통지는 새 처분으로 소송 대상이 됩니다. 대법원은 이의신청 뒤 다시 심의해 보낸 참여제한·출연금 환수 통지를 1차 통지를 실질적으로 바꾼 새 처분으로 보았습니다. 1차 통지로부터 90일이 지났다는 이유만으로 다툴 길이 막혔다고 단정할 필요는 없습니다. 다만 재심의 통지가 단순한 기각 안내에 그치면 결론이 달라질 수 있어, 두 통지를 나란히 놓고 비교하는 일이 먼저입니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 정부 연구개발 과제를 수행한 중소 제조업체입니다. 2025. 11. 3. 연구부정행위를 이유로 3년 참여제한과 출연금 1억 2,000만원 전액 환수 통지를 받고, 같은 달 소명자료를 붙여 이의신청을 했습니다. 기관은 다시 심의해 2026. 2. 9. 같은 제재를 담은 통지를 보냈는데, 참여제한 시작일과 환수금 납부기한이 바뀌었고 행정소송 안내도 다시 적혀 있었습니다. A사 대표는 첫 통지로부터 90일이 지났는데 두 번째 통지를 소송으로 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 두 번째 통지를 어떻게 판단했나요?

새 처분으로 보아 소송 대상이 된다고 판단했습니다. 사안에서 기관은 2019. 7. 2. 3년 참여제한과 출연금 전액 환수를 통지하며 이의신청과 행정소송을 안내했습니다. 회사는 이의신청을 했고, 제재조치위원회가 다시 심의한 뒤 2019. 10. 18. 같은 제재를 통지했습니다. 이때 참여제한기간은 2019. 11. 8.부터로, 납부기한은 2019. 11. 18.까지로 바뀌었습니다. 원심은 2차 통지가 이의신청을 받아들이지 않는다는 안내에 불과하다며 소를 각하했습니다.

대법원은 “행정청의 행위가 ‘처분’에 해당하는지가 불분명한 경우에는 그에 대한 불복방법 선택에 중대한 이해관계를 가지는 상대방의 인식가능성과 예측가능성을 중요하게 고려하여 규범적으로 판단하여야 한다.”라고 보았습니다. 2차 통지는 다시 심의한 결과에 따른 새 제재이고, 기간과 기한이 바뀌었으며, 기관 스스로 90일 안에 소송할 수 있다고 안내했다는 점을 들어 원심을 파기했습니다.

이의신청 결과 통지는 언제나 새 처분인가요?

아닙니다. 이의신청을 받아들이지 않는다는 내용만 알리는 통지는 원처분을 그대로 유지하는 것이어서 별도 처분으로 보지 않는 경우가 많습니다. 2021두60748 판결도 단순 안내를 넘어 다시 심의해 제재 내용을 정했고, 기간과 기한이 달라졌다는 점을 중요하게 보았습니다.

다만 지금은 행정기본법이 이 문제를 상당 부분 정리했습니다. 이의신청 결과를 통지받은 뒤 행정심판이나 소송을 하려는 사람은 통지받은 날부터 90일 안에 원처분, 결과로 처분이 바뀌었다면 바뀐 처분을 다툴 수 있습니다. 행정청은 결과를 통지할 때 불복 기간도 함께 안내해야 합니다. 그래서 무엇을 대상으로 삼을지는 결과 통지의 내용으로 정하고, 기한은 결과 통지일부터 계산하는 것이 안전합니다. 결과 통지가 원처분 유지인지 새 처분인지 다툰 예는 「국가유공자 이의신청이 기각됐는데 그 재심의 결정을 소송으로 다투나요?」에서 자세히 설명했습니다.

연구개발 제재는 지금 어떤 절차를 거치나요?

이 판결은 구 중소기업 기술혁신 촉진법 사안이고, 현재 정부 연구개발 사업의 제재는 주로 국가연구개발혁신법이 정합니다. 중앙행정기관의 장은 부정행위 등에 대해 10년 이내 참여제한이나 정부 연구개발비 5배 범위의 제재부가금을 부과할 수 있고, 이와 별도로 제재사유와 관련된 연구개발비를 환수할 수 있습니다.

제재 전에는 평가단 검토를 거쳐 내용을 미리 통지하고, 제재대상자는 통지를 받은 날부터 20일 안에 재검토를 요청할 수 있습니다. 기관은 의견을 받은 날부터 30일 안에 제재의 종류와 수준을 결정해 통보합니다. 사전 통지와 최종 결정이 나뉘어 있으므로, 소송 대상과 90일 기한은 최종 결정 통보를 기준으로 따져 보아야 합니다. 판결의 기준인 상대방의 인식가능성과 예측가능성은 현행 절차에서도 그대로 쓰입니다. 5년 이상 참여제한이나 3배 이상 제재부가금은 통합정보시스템 등에 공개되는데, 행정심판이나 행정소송이 계류 중이면 공개하지 않을 수 있는 예외가 대통령령에 맡겨져 있습니다. 공개로 거래처 신뢰가 흔들리기 전에 불복 여부를 정해야 하는 이유입니다.

재심의 제재 통지 대응 순서

• 통지서 모두 모으기 - 1차 통지, 이의신청서, 재심의 결과 통지를 날짜순으로 정리합니다.
• 내용 비교 - 제재기간, 환수액, 납부기한, 근거 조문이 바뀌었는지 표로 대조합니다.
• 불복 안내 확인 - 통지서에 행정심판·행정소송 기간 안내가 있는지 봅니다.
• 기한 계산 - 결과 통지를 받은 날부터 90일을 기준으로 삼고, 원처분 기준 90일도 함께 적어 둡니다.
• 소장과 집행정지 - 참여제한이 시작되기 전에 취소소송과 집행정지 신청을 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재심의 통지에서 제재 내용과 기간이 실제로 바뀌었는지, 기관이 어떤 불복 안내를 했는지에 따라 소송 대상과 기한 판단이 달라집니다. 법무법인 윤성은 연구개발 제재와 출연금 환수처분에 대한 이의신청, 행정심판, 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1차 제재 통지를 받고 90일이 지나면 더는 다툴 수 없나요?
  이의신청을 했다면 그 결과를 통지받은 날부터 90일 안에 행정심판이나 소송을 낼 수 있습니다. 재심의로 내용이 바뀐 새 처분이면 그 통지를 대상으로 다툴 수 있습니다.
• 이의신청을 하면 행정소송은 못 하나요?
  아닙니다. 이의신청과 관계없이 행정심판이나 행정소송을 낼 수 있습니다. 이의신청 결과를 기다리는 동안 원처분 기준 기한이 다가오면 소송을 먼저 내는 방법도 있습니다.
• 재심의 결과가 기각뿐이면 무엇을 대상으로 소송하나요?
  단순히 이의신청을 받아들이지 않는다는 통지라면 원처분을 대상으로 다투는 것이 원칙입니다. 결과로 처분이 바뀌었다면 바뀐 처분이 대상입니다.
• 연구개발 제재 사전 통지에 이의하려면 언제까지 해야 하나요?
  국가연구개발혁신법상 제재 내용을 미리 통지받은 날부터 20일 안에 사유를 갖추어 재검토를 요청하는 의견을 낼 수 있습니다. 기관은 의견을 받은 날부터 30일 안에 결정합니다.
• 참여제한과 연구비 환수를 함께 받을 수 있나요?
  네. 참여제한이나 제재부가금과 별도로 제재사유와 관련된 정부 연구개발비를 환수할 수 있습니다. 각각 요건이 달라 처분별로 다툴 사유를 나누어 보아야 합니다.
• 소송 중에도 참여제한이 그대로 적용되나요?
  취소소송을 내도 처분의 효력은 원칙적으로 멈추지 않습니다. 회복하기 어려운 손해를 막을 긴급한 필요가 있으면 법원에 집행정지를 신청할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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