과징금·보조금

국가 R&D 과제 중단 통보를 받았는데 행정소송으로 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

전문기관이 평가 결과로 내린 연구개발 중단과 연구비 집행중지 조치는 항고소송 대상인 행정처분입니다. 대법원 2015두264 판결로 처분성 판단, 현행 국가연구개발혁신법의 중단 절차, 협약 해약·환수 통보와의 차이를 정리했습니다.

네, 다툴 수 있습니다. 대법원은 전문기관이 중간평가 결과로 내린 연구개발 중단 조치와 연구비 집행중지 조치를 항고소송의 대상인 행정처분으로 보았습니다. 중앙행정기관이 아닌 전문기관이 한 조치라는 이유만으로 처분성이 부정되지는 않습니다. 협약에 따른 통보라고 해서 민사소송만 가능하다고 단정할 필요도 없습니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 정부 부처 산하 전문기관과 협약을 맺고 3년짜리 환경기술 개발 과제를 수행하고 있었습니다. 2026. 3. 9. 전문기관은 단계평가 점수가 기준에 못 미친다며 연구개발 중단과 연구비 집행중지를 통보했습니다. 통보문에는 협약 해약과 이미 쓴 연구비 정산 절차가 뒤따른다고 적혀 있었습니다. 전문기관 담당자는 협약상 조치라 행정소송 대상이 아니라고 말했습니다. 연구원 인건비와 장비 임차료는 매달 나가는 상황이었습니다. 대표는 평가가 부당한데 소송으로 다툴 수 있는지, 그사이 연구를 계속해도 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 연구개발 중단 조치를 어떻게 판단했나요?

행정처분에 해당한다고 보고, 소를 부적법하다고 한 원심을 파기했습니다. 이 사건에서 한국환경산업기술원장은 환경부장관 승인을 받아 회사와 직접 협약을 맺은 과제에 대해 중간평가 점수가 만점의 60% 미만이라며 중단과 연구비 집행중지를 명했습니다. 원심은 전문기관에 이런 권한을 준 환경부 훈령이 대통령령의 위임이 없어 법규명령이 아니고, 조치도 대등한 협약 당사자의 의사표시에 불과하다고 보았습니다. 대법원은 이 훈령조항이 상위 규정의 해석상 가능한 것을 명시한 것으로 보아 규정에 저촉되지 않는다고 했습니다.

대법원은 먼저 어떤 행위가 처분인지는 관련 법령의 내용과 취지, 행위의 주체·내용·형식·절차, 상대방이 입는 불이익과의 실질적 관련성 등을 참작해 개별적으로 정해야 한다고 했습니다. 그다음 중단과 집행중지가 해약 전까지 연구와 연구비 사용을 멈추게 하는 잠정 조치여서, 그 권한은 협약을 체결한 행정청에 주는 것이 성질에 맞는다고 했습니다. 이 조치는 “연구개발을 중단하고 기 지급된 연구비를 더 이상 사용하지 말아야 할 공법상 의무를 부과하는 것”이고, 그 뒤 연구를 계속해도 쓴 연구비는 환수 대상이 된다는 점을 들었습니다.

지금의 국가연구개발혁신법에서도 같은가요?

판결이 적용한 구 국가연구개발사업 관리 규정은 현행 국가연구개발혁신법으로 대체되었습니다. 현행법은 단계평가 결과에 따라 과제를 보완·변경·중단하거나 연구개발비를 감액할 수 있게 합니다. 부정행위, 의무 불이행 같은 사유가 생기면 특별평가를 거쳐 과제를 중단할 수 있습니다. 특별평가 실시를 통보받으면 결과가 확정될 때까지 연구개발비를 추가로 집행해서는 안 되고, 과제가 중단되면 협약을 해약하고 연구개발비를 정산해야 합니다.

중단 결정이 연구기관에 연구 중지와 연구비 집행 금지라는 의무를 지우는 구조는 그대로입니다. 그래서 현행법에서도 중단 결정은 처분으로 다툴 여지가 크다고 볼 수 있습니다. 전문기관은 중앙행정기관의 업무를 대행하며 그 지휘·감독을 받습니다. 그래서 전문기관 명의 통보라는 이유로 소송 대상이 아니라는 안내를 받더라도, 통보의 근거 조문과 효과를 따로 확인해 보아야 합니다.

협약 해약과 연구비 환수 통보도 처분인가요?

일률적으로 말할 수 없습니다. 대법원은 행정청이 일방적으로 법률관계를 끝냈다고 바로 처분으로 보지 않고, 관계 법령이 그 법률관계를 어떻게 정하는지에 따라 개별적으로 판단합니다. 법령상 구체적인 환수 근거 없이 협약 조항에 따라 한 해지와 지원금 반환 통보를 공법상 계약에 따른 의사표시로 본 사례가 있습니다. 이 경우 항고소송은 각하되고 당사자소송이나 민사소송으로 다퉈야 합니다. 그 사건에서는 지원사업의 근거 법률에 그 사업 지원금의 환수 규정이 없었다는 점이 결론을 갈랐습니다.

반면 현행 혁신법은 참여제한, 제재부가금, 관련 연구개발비 환수를 법률에 따른 제재처분으로 정하고 있어 처분으로 다툴 수 있다고 볼 수 있습니다. 비슷한 참여제한 사건은 「클린사업 공급업체 3년 참여제한을 받았는데 행정소송으로 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

연구개발 중단 통보 대응 순서

• 통보 문서 분석 - 중단, 집행중지, 해약, 환수 중 무엇을 어떤 조문에 근거해 통보했는지 나눕니다.
• 연구비 집행 즉시 중지 - 다투더라도 통보 뒤 쓴 연구비는 환수 대상이 될 수 있으므로 집행을 멈춥니다.
• 평가 자료 확보 - 평가위원 의견, 점수표, 평가 절차 기록을 요청해 평가의 오류를 찾습니다.
• 소송 형태 선택 - 처분인 부분은 90일 안 취소소송, 계약상 통보인 부분은 당사자소송 등으로 나눠 준비합니다.
• 집행정지 검토 - 연구 인력과 장비 유지가 급하면 소송과 함께 집행정지를 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통보의 법령상 근거와 협약 조항, 평가 절차의 하자 여부에 따라 다투는 방법과 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국가연구개발과제 중단, 참여제한, 연구비 환수 처분에 대한 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과제 중단 통보 뒤에도 연구를 계속하면 어떻게 되나요?
  대법원은 중단 조치 뒤 연구를 계속해 쓴 연구비는 환수나 반환 대상이 된다고 보았습니다. 현행법도 특별평가 통보 뒤 결과 확정 전까지 연구개발비 추가 집행을 금지합니다.
• 전문기관장을 상대로 소송을 내야 하나요, 부처를 상대로 내야 하나요?
  처분을 한 행정청이 피고입니다. 이 판결에서도 전문기관인 한국환경산업기술원장이 피고였습니다. 통보문에 누구 명의로 처분했는지 확인해 피고를 정해야 합니다.
• 연구기관이 먼저 과제 중단을 요청할 수도 있나요?
  가능합니다. 연구개발 환경이 바뀌었거나 목표를 조기에 달성해 계속할 필요가 없을 때, 또는 계속 수행이 불가능할 때 연구개발기관이나 연구책임자가 변경이나 중단을 요청할 수 있습니다.
• 과제가 중단되면 참여제한도 같이 받나요?
  중단만으로 바로 참여제한이 따르지는 않습니다. 다만 평가 결과가 극히 불량하거나 의무를 고의로 이행하지 않아 과제가 중단된 경우 등은 10년 이내 참여제한이나 제재부가금 사유가 될 수 있습니다.
• 협약상 지원금 반환 통보는 어떻게 다투나요?
  법령에 구체적 환수 근거 없이 협약 조항에 따라 한 반환 통보는 처분이 아니라 계약상 의사표시로 본 판례가 있습니다. 이 경우 취소소송이 아니라 당사자소송이나 민사소송으로 다퉈야 합니다.
• 중단 처분을 다투는 동안 연구비를 쓸 수 있게 해 달라고 할 수 있나요?
  취소소송을 내는 것만으로는 효력이 멈추지 않습니다. 회복하기 어려운 손해를 막을 긴급한 필요가 있으면 집행정지를 신청해 법원 결정을 받아야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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