과징금·보조금

국책과제 사업비 정산금 반환 통보, 민사소송으로 다투면 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

아니요, 국책과제 협약에 따른 정산금 반환 다툼은 원칙적으로 행정법원의 공법상 당사자소송으로 해야 합니다. 대법원 2021다250025 판결로 협약의 성격 판단 기준, 민사로 잘못 낸 경우의 이송, 환수처분·제재부가금과의 구별을 정리했습니다.

아니요, 국책과제 협약에 따른 정산금 반환 다툼은 원칙적으로 행정법원의 공법상 당사자소송으로 해야 합니다. 대법원은 산업기술개발사업 협약을 공법상 계약으로 보고, 정산의무가 있는지와 그 범위에 관한 분쟁을 당사자소송의 대상이라고 판단했습니다. 민사소송으로 잘못 냈다고 바로 소가 끝나지는 않고, 고의나 중대한 과실이 없으면 관할법원으로 옮겨집니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 대학 산학협력단이 주관하는 정부 연구과제에 참여기관으로 들어가 출연금을 받아 왔습니다. 과제가 끝난 뒤 2026. 3. 9. 전담기관은 B사가 외부 전문가에게 준 돈을 인건비 기준에 어긋나게 집행했다며 5,800만 원의 정산금을 납부하라고 통보했습니다. B사는 사업비 기준에 맞게 집행했다고 보고 정산금을 낼 수 없다는 입장입니다. B사 대표는 일반 법원에 채무부존재확인소송을 내면 되는지, 기한이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 사업비 정산금 소송을 어떻게 판단했나요?

협약상 정산금 분쟁은 공법상 당사자소송이라고 보고, 민사소송으로 본안 판단을 한 하급심을 파기했습니다. 2017년 산업통상자원부의 에너지기술개발사업 공고에 대학 산학협력단을 주관기관으로 한 컨소시엄이 선정되었고, 참여기관인 원고는 전담기관인 한국에너지기술평가원과 협약을 맺었습니다. 전담기관은 외부 인력 인건비를 협약에 어긋나게 집행했다며 7,669만 2,800원의 정산금 납부를 통보했고, 원고는 민사소송으로 정산금 반환채무 부존재 확인을 구했습니다.

대법원은 “이 사건 협약은 공법상 계약에 해당하고 그에 따른 계약상 정산의무의 존부·범위에 관한 원고와 주위적 피고의 분쟁은 공법상 당사자소송의 대상이라고 보아야 한다.”라고 판단했습니다. 그리고 원심판결을 파기하고 제1심판결을 취소한 뒤 사건을 서울행정법원에 이송했습니다.

협약이 공법상 계약인지는 무엇으로 판단하나요?

공행정 활동 과정에서 체결됐는지, 공공의 이익에 영향을 미치는지, 공익을 이유로 내용을 바꿀 수 있는지 등을 종합해 판단합니다. 이 사건에서 대법원은 법령이 협약 체결부터 종료까지 주무부처가 주도하도록 정하고, 전담기관에 협약 밖의 법령상 권한이 있다는 점을 들었습니다. 또 전담기관이 공적인 사유가 있으면 참여기관의 동의 없이 협약을 바꾸거나 해약할 수 있고, 출연금은 반대급부 없이 지급되며, 이행보증금이나 지체상금 같은 사법상 계약 조항이 없다는 점도 근거로 삼았습니다.

현행 행정기본법도 행정청이 공법상 법률관계에 관한 계약을 맺을 수 있다고 정하고 있습니다. 공법상 계약에서 생긴 이행청구나 이행의무 확인 소송은 손해배상액 산정만 다투는 등의 특별한 사정이 없으면 당사자소송으로 제기합니다. 당사자소송의 진행 방식은 「국가를 상대로 밀린 공무원 보수를 청구한 당사자소송, 가집행선고가 되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

환수처분이나 제재부가금이면 다투는 방법이 다른가요?

네, 법령에 근거해 일방적으로 부과하는 환수나 제재부가금은 처분이어서 취소소송으로 다툽니다. 현행 산업기술혁신 촉진법은 연구용도 외 사용, 협약의 중대한 위반 등이 있으면 참여를 제한하고 이미 출연한 사업비를 환수할 수 있게 하며, 환수금을 내지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 징수합니다. 용도 외로 쓴 금액의 5배 이내 제재부가금도 따로 부과합니다.

반대로 협약에서 정한 대로 지원금 반환을 통보한 것은 처분이 아니라는 판례도 있습니다. 대법원은 정보화지원사업 협약 해지에 따른 환수통보를 대등한 당사자의 의사표시로 보고 항고소송을 각하했습니다. 국가연구개발혁신법이 적용되는 과제도 정산 결과에 따른 회수와 제재처분이 나뉘어 있으므로, 통보서의 근거 조문과 형식을 확인해 소송 종류를 정해야 합니다.

사업비 정산금 반환 통보 대응 순서

• 통보서 근거 확인 - 협약 조항에 따른 정산금 통보인지, 법령에 따른 환수처분이나 제재부가금인지 구분합니다.
• 기한 관리 - 처분이면 안 날부터 90일 안에 취소소송을, 협약상 통보면 당사자소송 준비를 합니다.
• 집행 근거 자료 정리 - 협약서, 편입된 사업비 관리 기준, 집행 증빙을 항목별로 맞춥니다.
• 이의 절차 활용 - 협약과 규정에 정한 이의신청 기회가 있으면 소송과 별도로 의견을 냅니다.
• 소 제기 - 행정법원에 피고와 청구 형태를 맞춰 소를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통보의 법적 근거가 협약인지 법령인지와 집행한 비용이 사업비 기준에 맞는지에 따라 소송 방법과 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국책과제 사업비 정산·환수 분쟁의 행정소송과 당사자소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 민사소송으로 잘못 내면 소가 각하되나요?
  고의나 중대한 과실 없이 행정소송으로 낼 사건을 민사소송으로 냈다면, 그 법원이 행정소송 관할도 있으면 행정소송으로 심리하고 관할이 없으면 관할법원으로 이송해야 합니다. 바로 각하되는 것은 아닙니다.
• 당사자소송은 누구를 피고로 하나요?
  당사자소송은 국가·공공단체 그 밖의 권리주체를 피고로 합니다. 협약 상대방인 전담기관이 공법인이면 그 기관을, 국가가 권리주체이면 국가를 피고로 하는 등 협약 당사자를 확인해 정합니다.
• 정산금 당사자소송에도 90일 기한이 있나요?
  당사자소송은 다른 법률에 제소기간 규정이 없으면 취소소송의 90일 기한이 적용되지 않습니다. 다만 같은 사안에 환수처분이 함께 나왔다면 그 처분은 안 날부터 90일 안에 취소소송으로 다투어야 합니다.
• 환수금을 안 내면 강제로 걷어 가나요?
  산업기술혁신 촉진법상 사업비 환수 처분을 받고 기한 안에 내지 않으면 독촉 뒤 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있습니다. 협약상 정산금은 소송으로 이행을 구하는 방식이 원칙입니다.
• 정산금을 내지 않으면 다른 과제 참여가 막히나요?
  정당한 사유 없이 사업비 환수금을 내지 않으면 참여제한 사유가 될 수 있습니다. 다툴 생각이라면 이의와 소송을 진행하면서 미납이 정당한 사유에 해당한다는 자료를 함께 남겨 두는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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