형사·고소

떼어 둔 원천세를 내지 못한 회사, 고발되기 전에 무엇부터 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

원천세를 못 냈다면 고발 전에 미납액을 월별로 정리하고, 한 번에 내기 어려우면 기한 만료일 3일 전까지 납부기한등 연장(분할납부 포함)을 신청할 수 있습니다. 연장 기간에는 납부지연가산세가 붙지 않습니다. 통고처분은 15일 안에 이행 여부를 정하고, 고발되면 사법경찰관이 3개월 안에 수사합니다. 체납·압류·제2차 납세의무와 대응 순서를 정리했습니다.

원천세를 기한까지 못 냈다고 곧바로 형사사건이 되지는 않습니다. 조세범 처벌법 위반은 국세청장·지방국세청장·세무서장의 고발이 있어야 기소할 수 있고, 대부분은 가산세와 체납 절차로 먼저 정리됩니다. 형사처벌이 문제 되는 것은 떼어 둔 세금을 다른 곳에 쓰고 오래 내지 않은 경우이고, 그 전에 밀린 세금을 어떻게 정리하느냐가 이후 절차를 좌우합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 직원 14명인 인테리어 회사 대표입니다. 2025년 하반기부터 공사대금 회수가 늦어지자 직원 급여는 원천징수 후 실수령액대로 지급하면서, 떼어 둔 근로소득세 약 2,100만원을 자재 대금으로 썼습니다. 2026. 8. 세무서에서 체납 안내와 함께 원천세 미납 경위를 묻는 연락을 받았습니다. A씨는 지금 무엇부터 해야 하는지, 한 번에 낼 수 없으면 나눠 낼 수 있는지, 고발을 피하려면 언제까지 정리해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

원천세 미납은 어느 단계에서 형사 문제가 되나요?

처벌 조항부터 짧게 보면, 떼어 둔 세금을 정당한 사유 없이 내지 않으면 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금, 아예 떼지 않았다면 1천만원 이하의 벌금 대상입니다. 자금 부족이 정당한 사유가 되는지와 관련 판례는 「직원 급여에서 뗀 소득세를 내지 못했다면 형사처벌을 받나요?」에서 설명했습니다.

절차는 두 갈래로 움직입니다. 세금 쪽은 납부고지, 지정납부기한이 지난 후 10일 이내의 독촉장, 독촉장 기한까지 내지 않으면 재산 압류로 이어집니다. 형사 쪽은 세무서가 범칙행위 혐의자를 처벌하기 위한 증거수집이 필요하다고 보아 조세범칙조사를 시작할 때 열립니다. 원천세 미납은 조세범 처벌법 제13조의 죄여서 조세범칙조사 대상인 조세범칙행위에 해당합니다. 체납 안내 단계에서 미납액을 정리하면 형사 갈래로 넘어갈 이유가 줄어든다고 볼 수 있습니다.

한 번에 낼 수 없다면 나눠 낼 수 있나요?

원천징수의무자도 국세기본법상 「납세자」여서 납부기한등 연장을 신청할 수 있습니다. 사업에 현저한 손실을 입었거나 부도·도산 우려가 있는 경우 등이 사유이고, 연장에는 세액을 나눠 내는 분할납부가 포함됩니다. 연장 기간은 원칙적으로 연장한 날의 다음 날부터 9개월 이내이며, 연장 기간에는 원천징수 등 납부지연가산세가 붙지 않습니다.

신청은 기한 만료일 3일 전까지 서면이나 국세정보통신망으로 합니다. 만료일 10일 전까지 신청했는데 신청일부터 10일 안에 승인 여부를 통지받지 못하면 승인된 것으로 봅니다. 세무서는 납세담보를 요구할 수 있지만, 사업에 심각한 손해가 생겨 연장기간 안에 낼 수 있다고 인정되면 담보 없이도 됩니다. 분할납부 기한을 한 번이라도 넘기면 연장이 취소되고 그 국세는 다시 연장받을 수 없으니, 지킬 수 있는 일정으로 신청해야 합니다.

체납이 이어지면 회사와 대표에게 어떤 일이 생기나요?

독촉장 기한까지 내지 않으면 회사 예금과 매출채권이 압류될 수 있습니다. 공사대금이 압류되면 자금난이 더 커지므로, 압류 전에 연장 신청이나 일부 납부로 일정을 잡는 편이 낫습니다.

회사 재산으로 세금을 다 내지 못하면 비상장법인의 과점주주에게 제2차 납세의무가 생깁니다. 본인과 특수관계인의 지분 합계가 50%를 넘고 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 주주가 대상이고, 부족액 중 지분 비율만큼이 한도입니다. 이 책임은 세금을 내는 의무이고, 형사책임은 미납을 결정한 행위자에게 따로 묻습니다.

고발 전에 내면 통고처분과 고발은 어떻게 되나요?

나중에 냈다고 이미 성립한 범죄가 없어지지는 않습니다. 그러나 고발할지를 정하는 단계에서 납부 여부는 중요한 사정입니다. 조세범칙조사로 범칙행위의 확증을 얻으면 지방국세청장이나 세무서장은 벌금상당액 등을 통고해야 하고, 통고대로 이행하면 같은 사건으로 다시 처벌받지 않습니다. 통고서를 받은 날부터 15일 안에 이행하지 않으면 고발하는 것이 원칙이지만, 15일이 지났더라도 고발 전에 이행하면 고발하지 않습니다.

다만 징역형에 처할 사안으로 판단되거나, 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되거나, 도주나 증거인멸 우려가 있으면 통고처분 없이 즉시 고발합니다. 밀린 원천세를 내고 남은 자금 계획을 문서로 보여 주는 일이 이 판단과 맞닿아 있습니다.

고발되면 대표와 회사는 어떻게 대응하나요?

2026. 10. 2.부터 국세청의 고발은 사법경찰관이 받고, 사법경찰관은 수리한 날부터 3개월 이내에 수사를 마쳐 송치 여부를 정해야 합니다. 원천세 미납죄의 공소시효는 7년이고, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률의 가중 대상은 아닙니다.

내지 않기로 결정한 대표나 자금 담당 임원이 행위자로 처벌될 수 있고, 회사도 양벌규정에 따라 벌금형을 받습니다. 회사가 위반을 막기 위해 상당한 주의와 감독을 다했다면 면책되므로, 납부 지시와 자금 집행 결재 기록을 모아 둡니다. 고발 뒤 낸 세액과 연장 승인 내역도 수사와 재판에서 쓸 자료입니다.

떼지 않고 회사가 대신 낸 세금은 돌려받을 수 있나요?

원천징수를 하지 않은 뒤 세무서가 회사에 세금을 고지하면 회사가 냅니다. 대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결은 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 원천징수하지 않고 세액을 국가에 냈다면 원천납세의무자에게 구상권을 행사할 수 있다고 판시했습니다. 그 사건은 법인이 대표자 인정상여에 관한 근로소득세를 낸 뒤 대표자에게 구상한 사안입니다. 직원 급여의 원천세도 같은 취지로 볼 수 있지만, 퇴사한 직원에게서 실제로 받아 내기는 쉽지 않습니다.

밀린 원천세 정리와 고발 대응 순서

• 미납 내역 정리 - 지급월별로 원천징수한 세액, 낸 세액, 남은 세액을 맞추고 급여를 실제로 주지 못한 달을 구분합니다.
• 연장·분할납부 신청 - 한 번에 내기 어렵다면 기한 만료일 3일 전까지 사업 손실 자료를 붙여 납부기한등 연장을 신청합니다.
• 압류 전 일정 확정 - 독촉장 기한과 분납 기한을 달력에 적고, 지킬 수 있는 금액으로 나눕니다.
• 통고처분 대응 - 조세범칙조사로 넘어가 통고서를 받으면 15일 안에 이행할지 정합니다.
• 고발 이후 대응 - 납부 내역, 연장 승인, 회사의 관리·감독 기록을 정리해 수사에 대비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 원천징수한 세금을 실제로 떼어 두었는지, 그 돈을 어디에 썼는지, 고발 전에 얼마나 정리했는지에 따라 형사절차로 갈지와 그 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 원천세 미납과 관련한 체납 정리 자문, 조세범칙조사 대응과 형사 변호를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원천세를 한 번에 못 내면 나눠 낼 수 있나요?
  사업에 현저한 손실이나 부도·도산 우려 등의 사유가 있으면 납부기한등 연장을 신청할 수 있고, 연장에는 분할납부가 포함됩니다. 기한 만료일 3일 전까지 신청하며, 연장 기간은 원칙적으로 9개월 이내입니다.
• 연장을 받으면 가산세도 멈추나요?
  네, 납부기한등을 연장한 기간에는 원천징수 등 납부지연가산세를 부과하지 않습니다. 다만 분할납부 기한까지 내지 않으면 연장이 취소되고 그 국세는 다시 연장받을 수 없습니다.
• 원천세 체납이 계속되면 대표 개인 재산도 위험한가요?
  회사 재산으로 부족하면 비상장법인의 과점주주는 지분 비율만큼 제2차 납세의무를 집니다. 지분 50% 초과와 경영에 대한 지배적 영향력이 요건이어서, 과점주주가 아닌 대표는 이 의무를 지지 않습니다.
• 통고처분을 받았는데 내면 끝나나요?
  통고대로 이행하면 같은 사건으로 다시 조세범칙조사를 받거나 처벌받지 않습니다. 통고서를 받은 날부터 15일 안에 이행하지 않으면 고발하는 것이 원칙이고, 15일이 지났더라도 고발 전에 이행하면 고발하지 않습니다.
• 통고처분 없이 바로 고발되기도 하나요?
  징역형에 처할 사안이거나 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우, 도주나 증거인멸 우려가 있는 경우 등에는 즉시 고발합니다. 납부 계획을 자료로 보여 주는 일이 이 판단과 연결됩니다.
• 고발되면 어느 기관에서 수사하나요?
  2026. 10. 2.부터 고발은 사법경찰관이 받고, 수리한 날부터 3개월 이내에 수사를 마쳐 송치 여부를 정해야 합니다. 원천세 미납죄의 공소시효는 7년입니다.
• 직원 몫 세금을 회사가 대신 냈다면 직원에게 청구할 수 있나요?
  원천징수하지 않고 세액을 낸 원천징수의무자는 원천납세의무자에게 구상권을 행사할 수 있다는 것이 대법원 전원합의체 판결입니다. 그 사건은 대표자 인정상여 사안이었고 직원 급여에도 같은 취지로 볼 수 있지만 실제 회수는 별개 문제입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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