농지·산지

농지에 지은 공장을 5년 지나 사서 용도를 바꾸면 부담금을 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 농지를 전용해 지은 공장이 건축물대장에 오른 날부터 5년이 지난 뒤 용도를 바꾸면 농지법 제40조 제2항의 농지보전부담금을 낼 의무가 없습니다. 대법원 2024두38575 판결은 이 5년을 준공검사필증 교부일이나 건축물대장 등재일부터 세고, 전용목적이 실제로 끝났는지는 따로 따지지 않는다고 보았습니다. 지금은 건축물대장의 최초 등재일과 용도변경 승인 신청일부터 확인해 두십시오.

공장등록일이나 실제 영업을 시작한 날을 기준으로 5년을 다시 계산해 둘 필요는 없습니다. 건축물대장 등재일이 기준입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 회사는 2025년 10월 경기도의 한 공장용지를 샀습니다. 원래 농지였던 이 땅은 전 소유자가 2019년 12월 중소기업 창업 사업계획승인을 받으면서 농지전용허가가 의제되고 농지보전부담금을 면제받아 목재 가공 공장을 지은 곳입니다. 공장건물은 2020년 9월 건축물대장에 올랐고, 공장등록은 2021년 2월에 마쳤습니다. A씨 회사가 2025년 12월 부지를 창고시설로 바꾸는 용도변경 승인을 받자, 공장등록일부터 5년이 지나지 않았다는 이유로 농지보전부담금 고지서가 나왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

농지 전용 후 5년은 언제부터 세나요?

농지보전부담금을 다시 내야 하는 용도변경 기간 5년은 해당 시설물의 준공검사필증을 받은 날이나 건축물대장에 등재된 날, 그 밖에 농지의 전용목적이 완료된 날부터 셉니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「농지법 시행령」도 판결 당시와 같은 문언입니다.

대법원 2024. 7. 25. 선고 2024두38575 판결은 준공검사필증 교부일이나 건축물대장 등재일이 「전용목적이 완료된 날」의 예시라고 보았습니다. 그래서 건물이 건축물대장에 오른 날부터 5년이 지났다면, 공장등록을 언제 했는지나 전용목적이 실제로 완료됐는지를 따로 따지지 않고 부담금 납부의무가 없다고 판단했습니다. 부담금의 부과요건은 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 넓혀 해석할 수 없다는 점도 근거로 들었습니다. 이 사건에서 대법원은 처분이 위법하다고 본 원심을 유지하고 시장의 상고를 기각했습니다.

감면받은 농지를 5년 안에 다른 용도로 바꾸면 얼마를 내나요?

농지보전부담금을 감면받아 전용한 토지를 5년 안에 감면비율이 다른 시설의 부지로 쓰려면 시장·군수 또는 자치구구청장의 승인을 받고 그 차액에 해당하는 부담금을 내야 합니다. 감면되던 시설에서 감면되지 않거나 감면비율이 낮은 시설로 바꾸는 경우가 대표적입니다.

내야 할 금액은 용도를 바꾸려는 면적에 대해 당초 부과기준일 당시의 단위당 금액과 용도변경승인 당시의 감면비율을 적용해 계산하고, 이미 낸 부담금을 뺀 금액입니다. 처음에 전액 면제를 받았다면 이미 낸 금액이 없으므로 계산된 금액 전부가 고지됩니다.

도시지역·계획관리지역·개발진흥지구 안의 토지는 부담금 감면 여부가 달라지는 경우에만 「다른 목적으로 사용하려는 경우」에 해당합니다. 사업장 규모 구분이 바뀌는 정도의 변경은 이 지역에서는 승인 대상이 아닙니다.

공장을 사서 용도변경하려는 매수인은 무엇을 확인하나요?

농지에서 전용된 공장용지를 사서 용도를 바꾸려는 매수인은 건축물대장 최초 등재일부터 5년이 지났는지를 먼저 확인해야 합니다. 5년 안이라면 농지보전부담금은 용도를 바꾸려는 사람, 곧 매수인에게 고지될 수 있습니다.

매매계약 전에는 건축물대장, 농지전용허가나 의제 협의 서류, 부담금 감면 근거를 받아 두는 편이 안전합니다. 5년이 얼마 남지 않았다면 용도변경 승인 신청 시점을 5년이 지난 뒤로 늦추는 것도 방법입니다. 부담금이 생길 가능성이 있으면 매매대금 조정이나 매도인 부담 특약을 계약서에 넣어 둘 수 있습니다.

농지보전부담금 용도변경 대응 순서

• 건축물대장 확인 - 공장건물의 최초 등재일을 건축물대장에서 확인합니다. 5년 기산일을 정하는 첫 자료입니다.
• 전용·감면 근거 확인 - 농지전용허가(의제 포함) 서류와 부담금 감면 근거를 모읍니다. 감면비율이 바뀌는지 판단할 때 씁니다.
• 5년 경과 계산 - 등재일부터 용도변경 승인 신청일까지 5년이 지났는지 셉니다. 지났다면 부담금 납부의무가 없습니다.
• 고지서 수령일 기록 - 농지보전부담금 고지서를 받은 날을 적어 둡니다. 취소소송은 안 날부터 90일 안에 내야 합니다.
• 취소소송·집행정지 - 부과처분 취소소송을 내고 필요하면 집행정지를 신청합니다. 납부 독촉이나 압류를 막아야 할 때 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 건축물대장 등재 없이 쓰는 시설이거나 부지가 분할·합병돼 면적이 달라진 경우라면 인허가 서류와 토지대장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 농지보전부담금 등 부담금 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공장등록일부터 5년을 세야 하나요?
  아닙니다. 농지법 시행령 제59조 제2항은 시설물의 준공검사필증을 교부한 날이나 건축물대장에 등재된 날부터 5년을 세도록 정합니다. 대법원 2024두38575 판결은 건축물대장 등재일부터 5년이 지났다면 공장등록일이 그보다 늦더라도 농지보전부담금을 낼 의무가 없다고 보았습니다.
• 전용목적이 실제로 끝났는지도 따지나요?
  따지지 않습니다. 대법원은 준공검사필증 교부일과 건축물대장 등재일이 전용목적 완료일의 예시라고 보고, 그 날이 있으면 별도로 전용목적이 실질적으로 완료됐는지 심사할 필요가 없다고 판단했습니다. 건물이 대장에 오르면 그 농지는 이미 농지 기능을 잃었다고 볼 수 있다는 이유입니다.
• 5년 안에 용도를 바꾸면 얼마를 내나요?
  바꾸려는 면적에 당초 부과기준일 당시 농지보전부담금 단위당 금액과 용도변경승인 당시 감면비율을 적용해 계산한 금액에서 이미 낸 부담금을 뺀 금액입니다. 처음에 전액 면제받았다면 이미 낸 금액이 없으므로 계산된 금액 전부를 내게 됩니다.
• 부담금은 전 소유자와 매수인 중 누가 내나요?
  농지법 제40조 제2항은 감면 시설의 부지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 「사용하려는 자」가 부담금을 내도록 정합니다. 그래서 5년 안에 용도변경 승인을 받는 매수인에게 고지될 수 있습니다. 매매계약에 부담금 부담 주체를 정하는 특약을 두면 당사자 사이에서 정산할 근거가 됩니다.
• 용도변경 승인은 어디에 신청하나요?
  시장·군수 또는 자치구구청장에게 신청합니다. 농지법 제40조 제1항은 농지전용허가·농지전용협의·농지전용신고를 거쳐 전용목적사업에 사용된 토지를 5년 안에 다른 목적으로 사용하려면 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 승인을 받도록 정합니다. 5년이 지난 뒤에는 이 승인 대상이 아닙니다.
• 부과처분을 다투는 동안 압류를 막을 수 있나요?
  취소소송을 낸 뒤 법원에 집행정지를 신청할 수 있습니다. 행정소송법 제23조 제2항은 처분의 집행이나 절차의 속행으로 회복하기 어려운 손해가 생길 우려가 있고 긴급한 필요가 있을 때 법원이 집행정지를 결정할 수 있다고 정합니다. 금전 부과처분은 손해의 회복 가능성이 문제 되므로 사정을 구체적으로 소명해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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