양도소득세

2009년 3월부터 2012년 말 사이에 산 집은 다주택자라도 중과세를 피하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이에 취득한 주택은 조정대상지역에 있고 세대가 여러 채를 보유해도 양도소득세 중과세율이 아니라 기본세율이 적용됩니다. 기획재정부는 2023년 12월 26일 해석에서 2008년 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항이 지금도 살아 있어 2018년 4월 1일 이후 양도분에도 기본세율을 적용한다고 보았고, 법원도 같은 결론을 냈습니다. 지금은 등기사항증명서에서 취득일(등기접수일)이 이 기간 안에 들어가는지와 이미 중과세율로 신고·납부한 적이 있는지부터 확인해 두십시오.

취득일이 이 기간 안에 들어가면 조정대상지역 지정 여부나 세대의 주택 수를 따지기 전에 이미 중과세율에서 벗어납니다. 주택 수를 줄이려고 다른 집을 먼저 처분할 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2011년 9월 서울의 아파트 한 채를 4억원에 샀고, 그 뒤 두 채를 더 사서 세대 합산 3주택이 되었습니다. 이 아파트가 있는 곳은 양도 당시 조정대상지역이었습니다. A씨는 2026년 7월 이 아파트를 11억원에 팔면서 세무서로부터 3주택 중과세율이 적용된다는 말을 들었는데, 2009년부터 2012년 사이에 산 집은 기본세율이라는 이야기도 들어 어느 쪽이 맞는지, 보유 15년의 장기보유특별공제는 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청과 기획재정부는 이 기간에 산 집의 세율을 어떻게 해석했나요?

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 주택은 그 뒤 소재지가 조정대상지역으로 지정되더라도 양도할 때 소득세법 제104조 제1항 제1호의 기본세율이 적용되고, 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호·제3호의 단기 세율이 적용된다고 보았습니다. 기획재정부는 2023년 12월 26일 해석(재산세제과-1422)에서 이렇게 답했고, 이 해석은 회신일 이후 결정·경정하는 분부터 적용된다고 덧붙였습니다. 국세법령정보시스템은 이 해석을 유지사례로, 종전 해석인 재산세제과-852 등을 삭제사례로 정리했습니다. 근거는 2008년 12월 26일 개정 소득세법 부칙 제14조 제1항입니다. 이 조항은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도하는 소득에는 당시 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 중과 규정에도 불구하고 같은 항 제1호의 세율을 적용한다고 정했는데, 그 뒤 여러 차례 법이 바뀌면서도 이 부칙을 삭제하거나 적용기한을 두는 조치가 없었습니다. 이 해석은 취득일이 해당 기간 안에 있다는 사실관계를 전제로 하므로, 취득일이 2009년 3월 15일 이전이거나 2013년 1월 1일 이후라면 적용되지 않습니다.

법원도 같은 판단을 했습니다. 서울행정법원은 2012년에 취득한 서울 소재 주택을 2020년 3주택 상태에서 양도한 사안에서, 법률 개정 때 종전 부칙의 경과규정을 삭제하는 명시적 조치가 없으면 그 부칙은 실효되지 않는다는 대법원 판례를 들어 부칙 제14조 제1항이 여전히 유효하므로 기본세율을 적용해야 한다고 판결했습니다. 다만 그 주택이 제104조 제7항 각 호의 주택에 해당하는 이상 장기보유특별공제는 제95조 제2항 괄호 규정에 따라 적용되지 않는다고 보았습니다.

지금 다주택자 중과세율은 어떻게 적용되나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법」은 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하면 기본세율에 100분의 20을, 1세대 3주택 이상이면 100분의 30을 더한 세율을 적용합니다. 보유기간이 2년 미만이면 중과세율로 계산한 세액과 단기 세율로 계산한 세액 중 큰 쪽이 세액이 됩니다.

• 기본세율 - 과세표준 1,400만원 이하 6%부터 10억원 초과 45%까지의 누진세율입니다.
• 2주택 중과 - 기본세율에 20%포인트를 더합니다.
• 3주택 이상 중과 - 기본세율에 30%포인트를 더합니다.
• 한시 배제 종료 - 보유기간 2년 이상 주택을 2026년 5월 9일까지 양도한 경우에는 중과세율이 적용되지 않았고, 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 경우에는 계약일부터 4개월(일부 지역 6개월) 안에 양도하면 같은 취급을 받습니다. 그 뒤 양도분은 다시 중과 대상입니다.

한시 배제가 끝난 지금은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이에 취득한 주택인지가 세율을 정하는 데 다시 중요해졌습니다. 이 기간에 취득한 주택은 부칙 제14조 제1항에 따라 한시 배제와 관계없이 기본세율이 적용됩니다.

중과세율을 피해도 장기보유특별공제는 받을 수 있나요?

조정대상지역 안의 2주택·3주택 주택이라면 세율은 기본세율이지만 장기보유특별공제는 적용되지 않을 수 있습니다. 소득세법 제95조 제2항은 제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 장기보유특별공제 대상에서 빼고 있는데, 서울행정법원은 부칙 제14조 제1항이 세율만 정하고 있을 뿐 공제까지 되살리는 규정은 아니라고 보았습니다. 부칙 제14조 제2항에 있던 공제 배제 규정이 2012년 삭제되었다는 사정만으로는 공제가 적용된다고 볼 수 없다는 취지입니다. 이 부분은 하급심 판단이므로 과세관청과 다툼이 이어질 수 있고, 신고할 때는 세율과 공제를 나누어 계산해 보아야 합니다.

다주택 중과세율 대응 순서

• 취득일 확인 - 등기사항증명서의 등기접수일과 매매계약서의 잔금일로 취득일을 확정합니다. 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이면 부칙 제14조 제1항 대상입니다.
• 양도 시점 정리 - 2026년 5월 9일 이전 양도분은 한시 배제로 이미 기본세율이고, 그 뒤 양도분은 부칙 적용 여부가 세율을 가릅니다.
• 신고서 작성 - 예정신고(양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월)에서 세율은 기본세율로 하되, 조정대상지역 2주택·3주택이면 장기보유특별공제 적용 여부를 따로 검토합니다.
• 경정청구 - 종전 해석에 따라 중과세율로 신고·납부했다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다. 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.
• 소송 - 심판청구가 기각되면 결정 통지일부터 90일 안에 행정소송을 제기하고, 부칙 조항의 유효성과 공제 문제를 함께 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 취득일이 기간 경계에 걸쳐 있거나 상속·증여로 취득한 주택은 등기부와 계약서를 보고 취득시기를 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 중과처분에 대한 경정청구와 과세처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2009년 3월 15일에 잔금을 치렀으면 어떻게 되나요?
  부칙 제14조 제1항의 기간은 2009년 3월 16일부터 시작하므로 하루 차이로 적용되지 않습니다. 취득일은 대금을 청산한 날이 원칙이고, 청산일이 분명하지 않거나 그 전에 등기를 했다면 등기접수일이 됩니다. 경계에 걸친 사안은 잔금 영수증과 등기접수일을 함께 놓고 어느 날이 취득일인지부터 확정해야 합니다.
• 2018년에 중과세율로 신고했는데 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안이면 경정청구를 할 수 있습니다. 기획재정부의 2023년 12월 26일 해석은 회신일 이후 결정·경정하는 분부터 적용되므로 지금 청구하는 사건에는 새 해석이 적용됩니다. 다만 5년이 이미 지난 양도분은 경정청구 기간이 끝나 해석 변경만으로는 돌려받기 어렵습니다.
• 조정대상지역 지정 전에 샀으면 중과가 안 되나요?
  지정 전 취득 자체로는 중과를 피하지 못합니다. 중과 여부는 양도 당시 조정대상지역인지로 판단하고, 지정 공고 전에 매매계약을 맺고 계약금을 받은 주택만 예외로 빠집니다. 다만 취득일이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이면 지정 여부와 관계없이 부칙 조항으로 기본세율이 적용됩니다.
• 기본세율이면 장기보유특별공제도 되나요?
  조정대상지역 2주택·3주택이라면 공제가 배제될 수 있습니다. 소득세법 제95조 제2항은 제104조 제7항 각 호의 주택을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고, 서울행정법원은 부칙 제14조 제1항이 세율만 정한 규정이어서 공제까지 되살리지는 않는다고 보았습니다. 하급심 판단이므로 다툼 여지는 남아 있습니다.
• 2026년 5월 9일 이후 양도하면 중과가 다시 적용되나요?
  원칙적으로 그렇습니다. 보유기간 2년 이상 주택을 2026년 5월 9일까지 양도한 경우에만 한시 배제가 적용되고, 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 경우에는 계약일부터 4개월(일부 지역 6개월) 안에 양도해야 같은 취급을 받습니다. 그 뒤 양도분은 조정대상지역 다주택이면 중과 대상이지만, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이 취득 주택은 부칙 조항으로 기본세율입니다.
• 보유기간이 2년 미만이면 어떤 세율인가요?
  부칙 조항이 적용되는 주택이라도 보유기간이 1년 이상 2년 미만이면 양도소득 과세표준의 100분의 60, 1년 미만이면 100분의 70의 단기 세율이 적용됩니다. 기획재정부 해석도 보유기간 2년 미만이면 제104조 제1항 제2호 또는 제3호 세율을 적용한다고 밝혔습니다. 중과세율은 피하지만 단기 세율은 그대로입니다.
• 상속이나 증여로 받은 집도 부칙이 적용되나요?
  취득일을 어떻게 보는지에 따라 달라집니다. 상속·증여로 취득한 자산의 취득시기는 상속개시일 또는 증여받은 날이므로, 그날이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이여야 합니다. 세율 적용의 보유기간은 상속주택은 피상속인 취득일부터 계산하지만, 부칙 조항의 취득 시점과는 별개 문제이므로 두 날짜를 나누어 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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