양도소득세

2013년 감면 아파트를 먼저 팔면 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 일반주택과 2013년 신축주택 감면주택을 함께 가진 세대가 감면주택을 먼저 팔면 1세대 1주택 비과세는 받을 수 없고 취득일부터 5년간 생긴 양도소득금액만 과세대상에서 빠집니다. 감면주택을 주택 수에서 빼는 규정은 다른 주택을 팔 때 적용됩니다. 지금은 확인 날인을 받은 매매계약서가 있는지와 어느 집을 먼저 팔지부터 확인해야 합니다.

감면주택을 먼저 판다고 감면까지 없어지는 것은 아닙니다. 비과세는 안 되지만 취득일부터 5년간 생긴 양도소득금액은 그대로 과세대상에서 빠집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2013년 9월 미분양 아파트를 사면서 구청장의 감면대상 확인 날인을 받았습니다. 그 뒤 2022년 5월 다른 지역에 아파트를 한 채 더 샀고, 2026년 12월 먼저 산 감면 아파트를 팔 계획입니다. 감면주택은 주택 수에 들어가지 않는다고 들었는데, 감면주택을 먼저 팔아도 1세대 1주택 비과세가 되는지 물어 왔습니다. 감면주택을 먼저 팔면 비과세는 되지 않고 취득 후 5년간 생긴 소득만 감면됩니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면주택을 먼저 팔면 1세대 1주택 비과세가 되나요?

아니요, 감면주택을 먼저 팔 때는 다른 주택이 남아 있어 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」은 감면주택을 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는다고 정하지만, 이 규정은 다른 주택을 팔 때 주택 수를 세는 기준입니다. 감면주택 자체를 팔 때는 일반주택이 그대로 남아 있으므로 2주택 상태의 양도가 됩니다.

• 일반주택 먼저 양도 - 감면주택을 주택 수에서 빼고 1세대 1주택 요건으로 판단
• 감면주택 먼저 양도 - 비과세 불가, 취득 후 5년간 소득만 감면
• 일반주택 양도 후 감면주택 양도 - 감면주택만 남은 상태라 1주택으로 판단

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 감면주택과 일반주택을 보유하다 일반주택을 먼저 팔면 비과세를 적용하지만, 감면주택을 먼저 팔면 비과세가 되지 않고 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 공제한다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과가 2022년 펴낸 양도소득세 월간 질의 사례집은 2013년 7월 감면주택, 2021년 5월 일반주택을 산 뒤 2024년 12월 감면주택을 팔려는 사안에서 이렇게 답했습니다. 사례집이 인용한 국세청 회신은 감면대상주택임을 확인받아 날인된 계약서를 세무서장에게 낸 경우에만 과세특례를 적용한다고 했습니다.

이 안내는 감면주택이 2013년 감면 요건과 확인 날인을 모두 갖춘 사실관계를 전제로 합니다. 날인 계약서가 없거나 일반주택을 먼저 팔면 결론이 달라집니다.

5년간 발생한 소득은 어떻게 계산하나요?

양도소득금액에 기준시가 상승분의 비율을 곱해 감면 대상 소득을 구합니다. 계산식은 양도소득금액에 「취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액」을 「양도 당시 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액」으로 나눈 비율을 곱하는 방식입니다. 새 기준시가가 고시되기 전이면 직전 기준시가를 씁니다.

단순 예시로 양도소득금액이 8억원이고 기준시가가 취득 당시 2억원, 5년이 되는 날 3억원, 양도 당시 6억원이면, 8억원에 1억원을 4억원으로 나눈 비율을 곱한 2억원이 과세대상에서 빠집니다. 나머지 6억원에 양도소득세가 붙습니다.

순서를 바꾸면 결과가 달라지나요?

일반주택을 먼저 팔면 감면주택을 주택 수에서 빼므로 일반주택이 1세대 1주택 요건을 갖추면 비과세 판단을 받습니다. 그 뒤 감면주택만 남은 상태에서 감면주택을 팔면 1주택으로 보유기간 2년 등을 따져 비과세 판단을 받을 수 있습니다. 보유기간은 2022. 5. 31. 시행령 개정으로 다시 세지 않고 취득일부터 셉니다. 국세청도 조합원입주권 비과세를 판단할 때 감면주택을 소유주택으로 보지 않는다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석재산-0238, 2019. 5. 31.).

감면주택 양도 대응 순서

• 날인 계약서 확인 - 2013년 매매계약서에 시장·군수·구청장의 감면대상 확인 날인이 있는지 확인합니다. 날인이 없으면 감면 자체가 어렵습니다.
• 양도 순서 결정 - 일반주택과 감면주택 중 어느 것을 먼저 팔지 정합니다. 일반주택을 먼저 팔면 두 집 모두 비과세 판단을 받을 여지가 있습니다.
• 기준시가 확보 - 취득 당시, 취득일부터 5년이 되는 날, 양도 당시 기준시가를 확인해 감면 대상 소득을 계산합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 날인 계약서 사본을 붙여 신고합니다. 양도 당시 조정대상지역이면 중과 여부도 함께 봅니다.
• 불복과 경정청구 - 감면이 부인돼 고지되면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 감면을 빠뜨리고 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 확인 날인을 받지 못했거나 감면주택을 분양권 상태에서 사들인 경우라면 계약서와 분양 경위를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 감면 부인에 대한 심판청구와 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면주택은 어떤 주택인가요?
  2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 최초로 매매계약을 맺어 취득한 신축주택, 미분양주택, 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액 6억원 이하이거나 연면적 85㎡ 이하인 주택입니다. 취득일부터 5년 안에 팔면 양도소득세 전액을 감면하고, 5년이 지나면 5년간 생긴 소득만 빼 줍니다.
• 취득 후 5년 안에 팔았으면 어떻게 되나요?
  감면주택을 취득일부터 5년 안에 팔았다면 그 양도소득에 대한 양도소득세 전액이 감면됐습니다. 2013년 취득분은 이미 5년이 지났으므로 지금 파는 경우에는 취득일부터 5년간 생긴 양도소득금액을 과세대상에서 빼는 방식만 적용됩니다.
• 확인 날인을 받지 않았으면 감면이 안 되나요?
  국세청은 시장·군수·구청장에게서 감면대상주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서를 세무서장에게 낸 경우에만 과세특례를 적용한다고 회신했습니다. 시행령도 예정신고나 확정신고 때 날인 계약서 사본을 내도록 정합니다. 날인 여부를 먼저 확인해야 합니다.
• 일반주택을 먼저 팔면 비과세되나요?
  일반주택을 팔 때는 감면주택을 소유주택으로 보지 않으므로, 일반주택이 보유 2년 등 1세대 1주택 요건을 갖추면 비과세 판단을 받습니다. 취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 거주도 필요하고, 양도가액 12억원 초과분은 과세됩니다.
• 일시적 2주택으로 감면주택을 비과세받을 수 있나요?
  감면주택을 산 지 1년 이상 지나 일반주택을 샀고, 일반주택 취득일부터 3년 안에 감면주택을 판다면 일시적 2주택 특례를 검토할 수 있습니다. 두 집이 모두 조정대상지역이면 2026. 10. 1.부터 처분기한이 2년인 경우가 있으므로 소재지를 확인해야 합니다.
• 감면이 빠진 채 고지되면 언제까지 다투나요?
  세무서가 감면을 부인해 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 감면을 빠뜨리고 스스로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 날인 계약서와 기준시가 자료로 감면 소득을 소명합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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