양도소득세

2013년 감면받은 집이 재건축 입주권이 되면 살던 집 비과세는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 조세특례제한법 제99조의2에 따른 감면주택이 재건축·재개발로 조합원입주권이 되어도 일반주택의 1세대1주택 비과세를 판단할 때 그 입주권은 소유주택으로 보지 않을 여지가 큽니다. 같은 조 제2항은 감면주택을 일반주택 비과세 판단에서 소유주택으로 보지 않도록 정하고 있고, 그 취지가 입주권 단계에도 이어진다고 볼 수 있기 때문입니다. 지금은 2013년 매매계약서의 감면대상 확인 날인과 관리처분계획인가일을 먼저 확인하십시오.

2013년에 감면 확인을 받고 산 집이 재건축으로 입주권이 됐다고 해서 살던 집의 비과세를 포기할 필요는 없습니다. 감면주택은 일반주택의 비과세를 판단할 때 소유주택 수에서 빠지고, 입주권으로 바뀐 뒤에도 같은 취지로 볼 여지가 큽니다.

이런 상담이 많습니다

J씨는 2013년 하반기 1세대1주택자가 팔던 오래된 아파트를 사면서 시장·군수·구청장의 감면대상기존주택 확인 날인을 받은 매매계약서를 받아 두었습니다. 그 뒤 따로 산 아파트에서 가족과 살아왔는데, 2013년에 산 아파트가 재건축 관리처분계획인가를 받아 2025년 조합원입주권으로 바뀌었습니다. 2026년 가을 살던 아파트를 팔려는데 입주권이 생겨 비과세가 안 되는 것은 아닌지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면주택이 입주권으로 바뀌어도 주택 수에서 빠지나요?

네, 조세특례제한법 제99조의2를 적용받는 주택이 재건축·재개발로 조합원입주권이 된 경우에도 일반주택의 1세대1주택 비과세를 판단할 때 그 입주권은 거주자의 소유주택으로 보지 않을 여지가 큽니다. 감면주택을 주택 수에서 빼도록 한 조문의 취지가 입주권 단계에도 이어진다고 볼 수 있기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 같은 조 제1항을 적용받는 주택을 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는다고 정합니다. 조문에는 입주권이 직접 적혀 있지 않으므로, 신고 전에 감면 확인 서류와 관리처분계획인가 자료를 함께 갖춰 두는 것이 좋습니다.

주택과 조합원입주권을 함께 보유하다 주택을 팔면 원칙적으로 비과세가 배제되는 규정이 있어, 이 입주권을 감면주택의 연장으로 보지 않으면 결론이 달라집니다. 사실관계가 조금이라도 다르다면 세법해석 사전답변으로 확인한 뒤 양도하는 방법을 검토합니다.

어떤 주택이 감면주택에 해당하나요?

2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 최초로 매매계약을 체결해 취득한 신축주택, 미분양주택, 1세대1주택자의 주택으로서 취득가액 6억원 이하이거나 연면적(공동주택은 전용면적) 85제곱미터 이하인 주택입니다. 이 주택은 취득일부터 5년 안에 팔면 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 지나면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 뺍니다.

감면을 받으려면 신축주택은 사업주체 등이, 기존주택은 양도자가 시장·군수·구청장에게서 감면대상임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서를 교부받아야 하고, 양도 때 그 사본을 신고와 함께 냅니다. 이 날인 계약서가 없으면 감면주택으로 인정받기 어려우므로 먼저 찾아 둡니다. 계약서와 함께 당시 취득가액과 면적을 보여 주는 등기·건축물대장도 준비합니다.

일반주택은 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

감면주택이나 그 입주권을 주택 수에서 빼더라도 일반주택 자체는 1세대1주택 비과세 요건을 갖춰야 합니다. 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없어야 하고, 2년 이상 보유하되 취득 당시 조정대상지역이었다면 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다.

양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세되고, 보유기간 중 2년 이상 거주했다면 1세대1주택 장기보유특별공제 표 2를 적용받습니다. 다른 감면주택이나 상속주택이 함께 있다면 각각의 특례를 따로 확인합니다. 감면주택 입주권을 먼저 팔 계획이라면 그 입주권 양도에 감면이 이어지는지도 함께 검토합니다.

감면주택 입주권 보유 중 일반주택 양도 대응 순서

• 감면 증빙 확인 - 2013년 매매계약서에 감면대상 확인 날인이 있는지, 취득가액과 면적 요건을 갖췄는지 확인합니다.
• 입주권 전환 확인 - 관리처분계획인가일과 기존 건물 철거일을 확인해 언제 입주권이 됐는지 정리합니다.
• 일반주택 요건 점검 - 일반주택의 보유기간과 취득 당시 조정대상지역 여부, 거주기간을 확인하고 다른 주택·분양권이 없는지 봅니다.
• 신고 - 12억원 초과분이 있으면 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 2개월 안에 예정신고하고, 감면 날인 계약서 사본을 보관합니다.
• 사후 대응 - 입주권을 주택 수에 넣어 과세 고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 과세로 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감면 확인 날인 여부와 입주권 전환 시기, 일반주택의 요건에 따라 결론이 달라지므로 계약서와 정비사업 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 감면주택과 일반주택이 얽힌 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면 날인 계약서를 잃어버렸다면요?
  감면을 적용받으려면 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받은 매매계약서 사본을 신고 때 내야 합니다. 원본을 잃어버렸다면 거래 상대방이나 확인대장을 관리한 기관에서 기록을 찾을 수 있는지 먼저 알아보고, 찾지 못하면 감면주택 인정이 어려워질 수 있습니다.
• 감면주택 자체를 팔 때는 세금이 어떻게 되나요?
  취득일부터 5년 안에 팔았다면 양도소득세 전액을 감면하고, 5년이 지나 팔면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 뺍니다. 그 뒤 기간에 생긴 소득은 과세되므로 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 자료가 필요합니다.
• 감면주택이 두 채면 둘 다 주택 수에서 빠지나요?
  조문은 제1항을 적용받는 주택을 소유주택으로 보지 않는다고 정하므로 요건을 갖춘 감면주택이라면 수와 관계없이 각각 빠집니다. 다만 각 주택마다 2013년 계약 기간, 취득가액 6억원 이하 또는 85제곱미터 이하, 날인 계약서 요건을 따로 갖춰야 합니다.
• 입주권이 완공돼 새 아파트가 되면요?
  감면주택에서 이어진 신축주택도 같은 취지로 판단할 여지가 있지만, 완공 뒤에는 새 아파트가 감면주택의 연장인지가 다시 문제 될 수 있습니다. 일반주택 양도 시기가 완공 전후 어느 쪽인지에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 양도 전에 확인합니다.
• 일반주택이 조정대상지역에 있으면요?
  감면주택을 주택 수에서 빼더라도 일반주택 자체의 요건은 그대로 봅니다. 일반주택을 조정대상지역에서 취득했다면 보유기간 중 2년 이상 거주해야 비과세를 받습니다. 비조정대상지역에서 취득했다면 2년 보유만으로 판단합니다.
• 모르고 과세로 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 감면주택 입주권을 주택 수에서 빼면 일반주택이 비과세 요건을 갖추는데도 과세로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 감면 날인 계약서와 관리처분계획인가 자료를 함께 냅니다.
• 과세 고지를 받으면 어디에 다투나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 입주권이 감면주택에서 이어진 것이라는 점과 감면 요건 충족을 날인 계약서와 정비사업 자료로 보여 주는 것이 중심입니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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