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오류로 반송된 전자세금계산서를 다시 발급하지 않았다면 미발급 가산세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신


전송 과정의 오류로 반송된 전자세금계산서는 적법하게 발급된 것으로 보지 않아, 다시 발급하지 않으면 미발급 가산세 2%가 문제됩니다. 다음 달 10일까지 실제 거래일로 다시 발급하면 가산세가 없고, 확정신고기한까지 발급하면 1%로 줄어듭니다. 거래처의 매입세액공제와 매출 신고 누락도 함께 점검해야 합니다.

기한

반송된 전자세금계산서는 원래 발급기한 안에, 늦어도 실제 거래일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 다시 발급해야 가산세가 없습니다. 그 뒤라도 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 1%, 그 기한까지도 발급하지 않으면 2%입니다.

전자세금계산서를 발급했는데 전송 과정의 오류로 반송되었다는 알림을 받고도, 발급 화면에서 끝났다고 생각해 그대로 두는 경우가 있습니다. 전송만 늦은 경우와 달리 반송 건은 발급 자체가 문제될 수 있어 가산세율이 훨씬 높습니다. 어느 쪽인지부터 가려야 합니다.

이런 상담이 많습니다

중소 제조법인 B사는 2026. 4. 20. 거래처에 공급가액 5,000만원, 2026. 4. 28. 다른 거래처에 3,000만원의 전자세금계산서를 자체 전산설비로 발급했는데 두 건 모두 전송 오류로 반송되었습니다. 담당자는 3,000만원 건만 2026. 6. 5.에 다시 발급했고, 5,000만원 건은 2026. 9. 내부 점검에서야 반송 사실을 발견했습니다. B사는 두 건의 가산세가 각각 얼마인지, 거래처의 매입세액공제는 어떻게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

반송된 전자세금계산서도 발급한 것으로 보나요?

국세청은 전송 과정에서 오류로 반송된 전자세금계산서는 적법하게 발급된 것이 아니므로 발급기한 안에 다시 발급해야 한다고 봅니다. 시행령은 전자세금계산서를 인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하도록 하고, 공급받는 자가 지정한 수신함이나 국세청 시스템에 입력된 때 수신한 것으로 보는데, 반송 건은 이 단계에 이르지 못한 것입니다.

스스로 점검해 보기

해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.

  1. 반송 알림을 받은 전자세금계산서를 다시 발급하지 않은 건이 있나요?

    실제 거래일로 바로 다시 발급합니다.

    부가가치세법 제34조, 같은 법 시행령 제68조 제12항

  2. 거래일이 속하는 달의 다음 달 10일이 이미 지났나요?

    확정신고기한 전에 재발급해 2% 대신 1%로 줄입니다.

    부가가치세법 제60조 제2항 제1호·제2호

  3. 다시 발급하면서 작성 연월일을 재발급한 날로 적었나요?

    실제 거래일로 바로잡는 방법을 검토합니다.

    부가가치세법 제32조 제1항 제4호

  4. 전산 장애로 반송되었다는 기록이 남아 있나요?

    정당한 사유 소명 자료로 보관합니다.

    국세기본법 제48조 제1항 제2호

그래서 반송 건을 그대로 두면 세금계산서를 발급하지 않은 것과 같게 취급될 수 있습니다. 회사 장부에 발급 기록이 남아 있다는 사정만으로는 이 결론이 달라지기 어렵습니다.

언제까지 다시 발급하면 가산세가 없나요?

세금계산서는 공급시기에 발급하는 것이 원칙이지만, 거래일을 작성 연월일로 하면 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 4월 거래라면 2026. 5. 10.이 일요일이어서 5. 11.까지 다시 발급하면 가산세가 없습니다.

반송 건 재발급 시점별 가산세
재발급 시점구분가산세율
공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지정상 발급없음
그 뒤 확정신고기한까지지연발급공급가액의 1%
확정신고기한까지 재발급 안 함 (핵심 행)미발급공급가액의 2%
(참고) 발급은 됐고 전송만 지연전송 지연·미전송0.3%·0.5%

재발급할 때 작성 연월일은 실제 거래일을 그대로 적습니다.

출처 - 부가가치세법 제34조 제3항, 제60조 제2항

B사 사례의 가산세 계산

단위 원

B사 사례의 가산세 계산 (단위 원)
6. 5. 재발급한 건 공급가액30,000,000
곱하기지연발급 가산세율1%
합계지연발급 가산세300,000
더하기재발급하지 않은 건(5,000만원 × 2%)1,000,000
합계가산세 합계1,300,000

같은 공급가액에 전송 관련 가산세는 더하지 않았습니다.

단순 예시 계산

그 기한을 넘겨 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1%, 그때까지도 발급하지 않으면 2%입니다. 제1기 확정신고기한은 7. 25.이 토요일이어서 2026. 7. 27.이었습니다. B사의 3,000만원 건은 6. 5.에 다시 발급했으므로 30만원, 5,000만원 건은 7. 27.까지 발급하지 않았으므로 100만원이 가산세입니다.

다시 발급할 때 작성 연월일을 재발급한 날로 바꾸면 공급시기와 다른 날짜가 적힌 세금계산서가 됩니다. 작성 연월일은 필요적 기재사항이므로 실제 거래일을 그대로 적어야 합니다.

전송만 늦은 경우와 무엇이 다른가요?

발급은 제대로 되었고 국세청 전송만 늦었다면 확정신고기한까지 전송하면 0.3%, 전송하지 않으면 0.5%로 훨씬 가볍습니다. 반송 건에 지연발급이나 미발급 가산세가 붙으면, 같은 공급가액에 전송 관련 가산세와 기재사항 오류 가산세는 다시 붙지 않습니다.

가산세 한도에서도 차이가 납니다. 지연발급 1%와 전송 관련 가산세는 의무위반 종류별로 중소기업 5천만원, 그 밖의 기업 1억원이 한도이지만, 미발급 2%는 한도 대상에서 빠져 있습니다. 고의로 위반한 경우에는 어느 쪽이든 한도가 적용되지 않습니다.

전산설비 장애처럼 회사가 통제할 수 없는 사정으로 반송되었고 복구 직후 다시 발급했다면 정당한 사유를 주장할 여지가 있습니다. 장애 기록과 재발급 내역을 남겨 두어야 합니다.

거래처의 매입세액공제는 어떻게 되나요?

반송 건은 거래처가 세금계산서를 받지 못한 상태입니다. 거래처가 확정신고기한까지 다시 받으면 매입세액이 공제되지만 공급가액의 0.5% 가산세가 붙습니다. 확정신고기한이 지난 뒤 받으면 그 다음 날부터 1년 안에 수정신고나 경정청구와 함께 내야 공제됩니다.

그래서 반송 건을 다시 발급할 때는 거래처에도 바로 알려야 합니다. 거래처가 가산세를 부담하게 되면 거래 관계의 분쟁으로 번지기 쉽습니다.

B사 쪽에서는 매출 신고도 함께 확인해야 합니다. 반송 건의 매출을 확정신고에 넣었다면 세금계산서 가산세만 남지만, 발급 목록에서 빠져 매출까지 신고하지 않았다면 과소신고가산세 10%와 법정납부기한 다음 날부터 하루 0.022%의 납부지연가산세가 따로 붙습니다. 해명 안내를 받기 전에 수정신고하면 과소신고가산세는 기간에 따라 감면됩니다.

반송된 전자세금계산서 대응 순서

  • 반송 건 확인 - 반송 알림과 국세청 전송 목록을 과세기간별로 대조합니다.
  • 실제 거래일로 재발급 - 실제 공급시기를 작성 연월일로 다시 발급하고 거래처에 알립니다.
  • 가산세 구간 판단 - 다음 달 10일, 확정신고기한과 재발급일을 비교해 0%, 1%, 2% 중 어디인지 정리합니다.
  • 신고서 반영 - 이미 확정신고를 마쳤다면 가산세를 넣어 수정신고를 검토합니다.
  • 장애 자료로 소명 - 해명 안내나 세무조사 결과 통지를 받았다면 장애 기록으로 정당한 사유를 소명합니다.
  • 과세전적부심사·불복 - 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후에는 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 반송된 원인과 재발급 시점, 회사가 중소기업인지, 거래처의 공제 처리 상황에 따라 가산세와 대응 방법이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 가산세에 대한 소명, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

실무상 착안점

반송 알림은 대개 전산 담당자의 메일함으로만 가고, 영업이나 회계 담당자는 발급 화면만 보고 끝났다고 생각합니다. 반송 알림을 받는 사람과 재발급하는 사람을 정해 두면 다음 달 10일 안에 가산세 없이 정리할 수 있습니다.

반송 건을 늦게 발견했을 때 재발급일을 작성 연월일로 적는 실수가 잦습니다. 이렇게 하면 공급시기와 다른 세금계산서가 되어 거래처 공제까지 흔들리므로 실제 거래일을 유지해야 합니다.

미발급 2%는 한도가 없어 금액이 큰 거래에서 부담이 커집니다. 과세기간마다 발급 목록과 국세청 전송 목록을 맞춰 보는 절차가 가장 확실한 예방책입니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 전자세금계산서 반송·재발급 과정에서 생긴 지연발급·미발급 가산세의 해명과 소명, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행해 왔으며, 거래처 매입세액공제 다툼도 함께 검토합니다.

  • 매출누락·허위 세금계산서 관련 세무조사 대응
  • 허위 세금계산서 관련 부가가치세 과세 다툼
  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행

이 상황에서 자주 묻는 것

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출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.


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