감면·공제

벤처 스톡옵션 특례신청을 행사 전에 못 했다면 나중에 경정청구로 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 벤처기업 스톡옵션 과세특례는 행사일 전날까지 전용계좌를 열고 특례적용신청서를 회사에 내야 받을 수 있고, 행사 후 경정청구로는 받을 수 없습니다. 대법원은 시행령이 정한 신청 절차를 기한 안에 이행하는 것이 특례의 필수 요건이라고 보았습니다. 아직 행사 전이라면 행사일 전날까지 전용계좌 개설과 신청서 제출을 마쳤는지부터 확인하십시오.

특례를 받지 못했다고 해서 행사이익에 대한 세금을 따로 더 내야 하는 것은 아닙니다. 행사할 때 일반 과세 방식대로 낸 종합소득세가 그대로 확정될 뿐입니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 벤처기업 직원으로 2022년 1월 스톡옵션을 받았고, 2024년 6월 행사가액 합계 3억원으로 이를 행사해 주식을 받았습니다. 특례 제도를 몰라 전용계좌도 만들지 않았고, 행사이익을 근로소득에 넣어 2025년 5월 종합소득세를 신고·납부했습니다. 뒤늦게 특례를 알게 된 D씨는 행사이익이 특례 대상이라며 낸 세금을 돌려달라는 경정청구를 했지만, 세무서는 신청 절차를 거치지 않았다며 거부했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

벤처기업 스톡옵션 과세특례는 어떤 제도인가요?

벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사할 때 행사이익에 소득세를 매기지 않고, 나중에 주식을 팔 때 양도소득세로 과세하는 제도입니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「조세특례제한법」은 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션에 적용하고, 행사일부터 거꾸로 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일까지 전체 행사가액이 5억원 이하여야 합니다.

특례를 받으면 행사이익에 대한 과세가 주식 처분 시점으로 미뤄집니다. 양도할 때는 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세가 과세됩니다. 대신 회사는 그 행사 비용을 손금에 넣지 못합니다.

신청 절차를 빠뜨리면 특례를 받을 수 없나요?

받을 수 없습니다. 대법원은 행사일 전날까지 전용계좌를 개설하고 특례적용신청서를 내는 절차와, 회사가 명세서를 기한 안에 세무서에 내는 절차를 특례의 필수 요건으로 보았습니다. 이를 단순한 형식이나 협력의무로 보지 않았습니다. 그래서 행사 후 일반 방식으로 신고한 임직원들이 특례 대상이라며 한 경정청구를 거부한 처분을 적법하다고 판단했습니다.

대법원이 든 이유는 세 가지입니다. 감면 같은 특혜 규정은 법문대로 엄격하게 해석해야 하고, 전용계좌는 스톡옵션 주식과 일반 주식 거래를 구분하는 데 꼭 필요하며, 특례 여부에 따라 회사의 법인세가 달라지므로 행사일 기준으로 과세 방식이 확정돼야 한다는 것입니다. 임직원이 나중에 특례를 주장하면 이미 비용을 손금에 넣은 회사가 법인세를 더 내야 하는 불안정한 지위에 놓인다는 점도 근거로 삼았습니다.

현행법은 전용계좌 개설 의무를 법률에 직접 두고 있어 이 결론은 지금도 같습니다.

특례를 받은 뒤에도 일반 과세로 돌아가는 경우가 있나요?

있습니다. 특례를 받아 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면, 그 주식에 대한 행사이익을 소득세로 과세합니다. 전체 행사가액이 5억원을 넘는 경우와 전용계좌로 스톡옵션 주식 외의 주식을 거래한 경우도 같습니다. 회사 파산이나 회생절차에서 법원 허가를 받아 처분하는 경우 등은 예외입니다.

벤처 스톡옵션 과세특례 대응 순서

• 적격 요건 확인 - 주주총회 결의로 부여됐는지, 양도할 수 없는지, 결의일부터 2년 이상 재직 후 행사하는지 봅니다. 하나라도 빠지면 신청해도 특례가 안 됩니다.
• 전용계좌 개설 - 본인 명의로 금융투자회사에 「주식매수선택권 전용계좌」를 따로 엽니다. 개설 후 1개월 안에 주식이 들어오지 않으면 계좌가 폐쇄됩니다.
• 신청서 제출 - 전용계좌개설확인서를 붙인 특례적용신청서를 행사일 전날까지 회사에 냅니다. 행사 당일이나 그 뒤에 내면 특례가 적용되지 않습니다.
• 회사 제출 여부 확인 - 회사가 행사한 달의 다음 달 10일까지 명세서를 원천징수 관할 세무서에 냈는지 확인합니다. 회사 담당 부서에 제출 사본을 요청해 둡니다.
• 처분 시점 관리 - 행사일부터 1년이 지나기 전에 주식을 팔거나 증여하지 않습니다. 팔 때는 특례신청확인서를 붙여 양도소득세를 신고합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 회사가 신청서를 받고도 세무서 제출을 빠뜨렸거나 행사 시점에 벤처기업 확인이 끝난 경우에는 회사 서류와 확인서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 스톡옵션 행사이익을 둘러싼 종합소득세 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특례신청서는 언제까지 내야 하나요?
  스톡옵션 행사일 전날까지 회사에 내야 합니다. 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항은 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부해 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하도록 정합니다. 대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35079 판결은 이 기한 준수를 특례의 필수 요건으로 보았습니다.
• 행사 후 5년 안에 경정청구하면 특례를 받을 수 있나요?
  받을 수 없습니다. 국세기본법 제45조의2 제1항은 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있게 하지만, 이는 신고한 세액이 법령상 맞지 않을 때의 절차입니다. 대법원은 행사일 전날까지의 신청 절차를 거치지 않으면 행사이익이 처음부터 특례 대상이 아니라고 보아 경정청구 거부를 적법하다고 했습니다.
• 전용계좌는 어떻게 만들어야 하나요?
  본인 명의로 금융투자업자에서 다른 매매계좌와 구분된 「주식매수선택권 전용계좌」로 개설해야 합니다. 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제10항은 스톡옵션 행사로 취득한 주식만 거래하고, 개설 후 1개월 안에 주식이 입고되지 않으면 계좌를 폐쇄한다는 약정을 미리 하도록 정합니다. 행사 일정에 맞춰 개설 시점을 잡아야 합니다.
• 행사가액이 얼마 이하여야 특례가 되나요?
  행사일부터 거꾸로 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액 합계가 5억원 이하여야 합니다. 조세특례제한법 제16조의4 제1항 제2호가 정한 요건이고, 나중에 합계가 5억원을 넘으면 같은 조 제5항 제2호에 따라 넘은 날이 속하는 과세연도에 소득세로 과세됩니다.
• 특례 주식을 1년 안에 팔면 어떻게 되나요?
  행사이익이 소득세로 다시 과세됩니다. 조세특례제한법 제16조의4 제5항 제1호는 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 처분한 주식의 행사이익을 근로소득이나 기타소득으로 과세하고, 귀속시기를 처분일로 정합니다. 회사 파산 등 부득이한 사유는 예외입니다.
• 회사가 세무서 제출을 늦추면 제 특례도 없어지나요?
  다툼의 여지가 있는 문제입니다. 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제3항은 회사가 행사한 달의 다음 달 10일까지 명세서를 내도록 하고, 대법원은 이 조항도 특례 요건의 일부로 보았습니다. 다만 이 판결은 임직원이 신청 자체를 하지 않은 사안이어서, 임직원은 기한을 지켰는데 회사만 늦춘 경우는 회사 제출 기록을 보고 따로 따져야 합니다.
• 특례를 받으면 회사에는 어떤 영향이 있나요?
  회사는 그 스톡옵션 행사 비용을 손금에 넣지 못합니다. 조세특례제한법 제16조의4 제4항은 행사 시 소득세를 과세하지 않은 경우 약정된 매수가액과 시가의 차액을 벤처기업의 손금에 산입하지 않도록 정합니다. 대법원이 신청 절차를 행사일 기준으로 엄격히 요구한 이유도 회사의 법인세가 이에 따라 달라지기 때문입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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