법인세·소득세

부모 회사와 거래처 사이에 자녀 법인을 끼워 넣으면 어떤 세금 문제가 생기나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

자녀 법인을 끼워 넣어 부모 회사가 시가보다 비싸게 사면 그 차액이 부당행위계산부인으로 부모 회사 익금에 더해지고, 차이가 크면 자녀에게 증여세도 나옵니다. 갈림길은 자녀 법인이 재고·물류·검수·하자 처리 같은 기능을 실제로 했고 마진이 독립 유통업체 수준인지입니다. 지금은 끼워 넣기 전 직접 거래 가격과 자녀 법인의 실제 업무 기록부터 확인해야 합니다.

거래 단계를 하나 늘렸다는 사실만으로 바로 세금이 나오지는 않습니다. 세무서가 보는 것은 자녀 법인이 받은 마진이 그 법인이 실제로 한 일의 대가로서 시가 범위에 있는지입니다.

이런 상담이 많습니다

B씨가 지분 80%를 가진 중소 제조회사는 수입업체로부터 원재료를 직접 사 왔습니다. 2025년부터 딸이 60%를 출자한 유통법인을 거쳐 사도록 바꾸었고, 유통법인은 수입업체 가격 30억원에 8%를 붙인 32억 4천만원에 원재료를 넘겼습니다. 원재료는 여전히 수입업체가 공장으로 바로 보내고, 유통법인은 직원 2명에 창고가 없습니다. 세무조사 안내를 받은 B씨는 어느 회사에 어떤 세금이 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부모 회사에는 어떤 법인세 문제가 생기나요?

부모 회사가 자녀 법인을 거쳐 시가보다 비싸게 원재료를 샀다면 그 차액은 부당행위계산부인으로 부모 회사의 익금에 더해져 법인세가 늘어납니다. 2026. 10. 8. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우를 부당행위 유형으로 정하고, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때 적용합니다. 시가는 그 법인이 특수관계인 아닌 상대와 계속 거래한 가격이나 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격입니다.

B씨 사례에서 부모 회사가 종전에 수입업체와 직접 거래한 가격이 시가로 쓰일 가능성이 큽니다. 차액 2억 4천만원은 3억원에 못 미치지만 시가 30억원의 100분의 5인 1억 5천만원을 넘으므로 부인 대상이 될 수 있습니다. 시행령은 특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래에도 부당행위계산부인을 적용하도록 정하고 있습니다. 부당행위계산부인은 정상적인 경제인의 합리적인 방법이 아닌 거래에만 적용되고, 경제적 합리성은 거래 당시의 여러 사정과 비특수관계자 간 거래가격을 함께 보아 판단합니다.

자녀 법인이 실제로 일을 하면 결론이 달라지나요?

자녀 법인이 재고를 보유하고 물류·검수·하자 처리 같은 기능을 실제로 맡았다면, 그 기능에 맞는 마진은 시가 범위의 대가로 인정될 여지가 있습니다. 이때 비교 기준은 같은 원재료를 다루는 독립 유통업체가 받는 마진입니다. 용역의 시가를 찾기 어려우면 원가에 제3자 사이의 일반적인 용역거래 수익률을 곱한 금액을 더한 금액을 시가로 봅니다. 결국 자녀 법인이 무엇을 했는지와 그 대가가 독립 유통업체 수준인지를 장부와 거래 기록으로 보여 주어야 합니다.

창고 임대차계약서, 입출고 기록, 검수 보고서, 하자 접수와 처리 내역, 직원 급여 대장은 거래 당시 만들어진 그대로 내야 합니다. 조사가 시작된 뒤 기능이 있었던 것처럼 계약서를 새로 만들거나 날짜를 앞당기면 증거위조나 허위 소명 문제가 따로 생깁니다. 기록이 없는 기능은 없다고 설명하고, 실제로 한 부분만 근거와 함께 주장하는 편이 결과적으로 낫습니다.

자녀에게도 증여세가 나오나요?

자녀에게는 일감몰아주기나 특정법인 증여의제가 문제되지만, B씨 사례처럼 두 회사가 모두 중소기업이고 시가 차이가 크지 않으면 증여세는 나오지 않을 수 있습니다. 자녀 법인 매출이 대부분 부모 회사에서 나와도, 중소기업인 수혜법인과 중소기업인 특수관계법인 사이의 매출은 일감몰아주기 계산에서 빠집니다. 특정법인 증여의제는 자녀 등 지분이 100분의 30 이상인 법인이 시가와 차이가 시가의 100분의 30 이상이거나 3억원 이상인 대가로 거래할 때 적용되고, 증여의제이익이 1억원 이상이어야 합니다. B씨 사례의 차이 8%, 2억 4천만원은 이 기준에 못 미칩니다.

부모 회사가 중견기업이거나 마진이 커지면 결론이 바뀝니다. 하나의 증여에 두 규정이 함께 적용되면 이익이 가장 많게 계산되는 것 하나만 적용하므로, 두 계산을 모두 해 보아야 합니다. 자녀 법인이 법인세를 낸 이익에 대해서는 이 두 규정 외의 증여세를 주주에게 다시 매기지 않습니다.

자녀 법인이 아무 기능도 없으면 어떻게 되나요?

자녀 법인이 이름만 있고 실제 거래는 부모 회사가 다 했다면, 세무서는 자녀 법인을 거친 거래를 부모 회사와 공급처가 직접 거래한 것으로 보거나 자녀 법인 수익의 실제 귀속자를 따로 정해 과세할 수 있습니다. 국세기본법은 제3자를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받으려 한 거래를 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보도록 정합니다. 그 과정에서 자녀 법인에 남은 돈이 자녀에게 넘어갔다면 그 부분은 증여로 과세될 수 있습니다. 결론은 자녀 법인 직원이 누구의 지시를 받았는지, 대금 결재를 누가 했는지 같은 사정으로 갈립니다.

해외 중간법인을 끼운 사안이지만 판단 요소를 보여 주는 판결이 있습니다. 서울행정법원 2021. 11. 9. 선고 2019구합82301 판결(확정)은 국내 회사가 종전처럼 해외 공급처에서 직접 수입하면서 주주 구성이 같은 해외 법인을 거친 것처럼 꾸민 거래를 위장거래로 보았습니다. 중간 법인에 인적·물적 설비가 없었고, 그 법인 명의 인보이스를 국내 회사 사무실에서 만들었으며, 주문서는 여전히 국내 회사가 공급처에 보냈고, 물품도 중간 법인을 거치지 않았습니다. 중간 법인에 남은 차액은 주주 배당과 리베이트로 쓰였을 뿐 그 법인의 사업에 쓰인 내역이 없었습니다. 법원은 국내 회사의 매출원가 과다계상을 이유로 한 법인세·부가가치세 처분과, 빠져나간 돈을 주주들에게 배당·상여 등으로 소득처분한 데 따른 종합소득세 처분을 모두 유지했습니다.

자녀 법인이 서류상으로만 끼어들어 세금계산서만 주고받았다면 세금계산서 쪽 형사 문제도 제기될 수 있습니다. 재화를 공급하지 않고 세금계산서를 발급하거나 발급받으면 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세 세율을 적용한 세액의 3배 이하 벌금 대상입니다. 공급처에서 부모 회사로 물건을 바로 보내는 직송은 흔한 방식이어서 그것만으로 정해지지는 않고, 자녀 법인이 실제 매입·매출 당사자로서 재고 위험과 대금 위험을 졌는지가 기준이 됩니다.

부모 회사에 다른 주주가 있으면 회사에 불리한 거래를 한 대표에게 업무상배임 문제가 제기될 수 있습니다. 세금 문제와 형사 문제를 함께 놓고 대응을 정해야 합니다.

공정거래법상 부당지원에도 해당하나요?

직접 거래하면 상당히 유리한데도 실질적인 역할이 없는 특수관계인 회사를 끼워 넣어 공정한 거래를 해칠 우려가 있으면 공정거래법상 부당지원에 해당할 수 있습니다. 현행 공정거래법은 다른 사업자와 직접 거래하면 상당히 유리한데도 실질적 역할이 없는 특수관계인이나 다른 회사를 매개로 거래하는 행위를 부당지원 유형으로 정하고, 지원을 받는 쪽도 금지합니다. 대법원은 구법 사안에서 이런 거래단계 추가가 과다한 경제상 이익 제공인지를 급부와 반대급부의 차이, 거래 규모, 지원 기간과 횟수, 지원객체의 경제적 상황을 종합해 판단해야 한다고 보았습니다.

특수관계인에 대한 부당한 이익제공 금지 규정은 동일인이 자연인인 공시대상기업집단 소속 회사에만 적용됩니다. 중소 가족회사라면 이 규정보다는 부당지원 규정과 세법 문제가 먼저 검토 대상입니다.

자녀 법인 끼워 넣기 거래 대응 순서

• 거래 흐름 그리기 - 원재료가 누구 창고를 거쳐 어디로 가는지, 대금과 위험이 누구에게 있는지 그립니다. 물건이 공급처에서 부모 회사로 직송되면 자녀 법인의 기능을 따로 입증해야 합니다.
• 시가 비교 - 끼워 넣기 전 직접 거래 가격과 독립 유통업체 마진을 확인합니다. 차액이 시가의 100분의 5 이상이거나 3억원 이상이면 부당행위계산부인 대상이 됩니다.
• 증여세 기준 점검 - 두 회사의 중소기업 여부와 자녀 지분율, 시가 차이 100분의 30 기준을 대입합니다. 기준을 넘으면 신고기한 안에 증여세를 신고합니다.
• 기록 보존 - 당시 만들어진 계약서·입출고 기록·검수 내역을 그대로 모읍니다. 새로 만든 문서를 당시 문서처럼 내지 않습니다.
• 구조 정리 - 기능이 없는 단계라면 직접 거래로 되돌리는 방안을 검토합니다. 이미 지난 사업연도는 수정신고 여부를 함께 판단합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 시가 산정 방법과 자녀 법인의 기능 범위는 계약서와 물류 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 특수관계 거래에 대한 법인세 부과처분 취소소송과 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 시가와 차이가 4%면 부당행위가 아닌가요?
  시가와 거래가액의 차액이 시가의 100분의 5에 못 미치고 3억원에도 못 미치면 고가 매입 유형의 부당행위계산부인은 적용되지 않습니다. 다만 매입 규모가 커서 차액이 3억원을 넘으면 비율이 낮아도 적용됩니다. 두 기준 중 하나만 넘어도 대상이 된다는 점을 기억해야 합니다.
• 시가는 누가 어떻게 정하나요?
  먼저 그 회사가 특수관계 없는 상대와 계속 거래한 가격이나 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격을 봅니다. 그런 가격이 없으면 감정가액이나 상속세 및 증여세법 평가 방법을 차례로 씁니다. 끼워 넣기 전 공급처와 직접 거래한 가격이 있다면 그 가격이 비교 기준이 되기 쉽습니다.
• 부인되면 세금은 얼마나 늘어나나요?
  시가와의 차액을 부모 회사의 익금에 더해 그 사업연도 소득금액을 다시 계산합니다. 늘어난 소득에 법인세율을 적용한 세액과 과소신고 가산세, 납부지연 가산세가 함께 고지될 수 있습니다. 자녀 법인이 받은 마진에 낸 법인세는 그대로 남으므로 같은 돈에 두 회사 모두 세금을 부담하는 결과가 됩니다.
• 자녀 법인이 중간에 마진을 붙이면 증여세가 나오나요?
  자녀 등 지분이 100분의 30 이상인 법인이 부모 회사 쪽과 시가보다 현저히 높은 대가로 거래하면 특정법인 증여의제가 적용됩니다. 현저히 높은 대가는 시가와 차이가 시가의 100분의 30 이상이거나 3억원 이상인 경우입니다. 증여의제이익이 1억원 미만이면 과세하지 않습니다.
• 특수관계 거래 내역도 신고해야 하나요?
  네, 내국법인은 사업연도마다 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 관할 세무서장에게 내야 합니다. 부모 회사와 자녀 법인이 서로 특수관계인이라면 두 회사 모두 제출 대상인지 확인해야 합니다. 명세서 내용과 실제 거래 흐름이 다르면 세무조사에서 먼저 질문을 받습니다.
• 대기업 계열이 아니어도 공정위 제재를 받나요?
  공정거래법의 부당지원 금지는 사업자 일반에 적용되므로 대기업집단이 아니어도 대상이 될 수 있습니다. 실질적 역할 없는 회사를 매개로 거래하고 그로 인해 공정한 거래를 해칠 우려가 있어야 합니다. 특수관계인 부당이익제공 금지는 공시대상기업집단 소속 회사에만 적용됩니다.
• 이미 지난 사업연도는 어떻게 하나요?
  부모 회사 신고에 부당행위계산부인 대상 차액이 빠졌다면 세무서가 경정하기 전에 수정신고를 할 수 있습니다. 경정을 미리 알지 못한 상태에서 법정신고기한 후 일찍 수정신고할수록 과소신고 가산세 감면 폭이 큽니다. 세무조사 통지를 받은 뒤라면 감면을 받기 어렵고, 그때는 자녀 법인의 실제 기능을 소명하는 데 집중합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 사업기회를 받은 첫해에 적자였어도 일감떼어주기 증여세를 내나요?
• 100% 출자한 중국 법인에서 수입하면 거래가격을 인정받을 수 있나요?
• 증여로 잘못 본 과세처분으로 낸 세금, 부당이득으로 돌려받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기