법인세

법인세 경정청구가 거부됐는데 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

경정거부처분은 취소소송의 대상입니다. 국세기본법 제45조의2가 정한 경정청구가 거부되면, 같은 법 제61조 제1항과 제68조 제1항에 따라 거부 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 제기해야 하고 조세 사건은 이 전심절차를 거쳐야 소송으로 갈 수 있습니다.

어느 항목이 왜 부인됐는지부터 가릅니다

법인세법 제66조에 따른 결정·경정 내역과 거부 통지서를 나란히 놓고 부인된 항목을 하나씩 적습니다. 손금 부인의 다툼은 지출이 있었는지가 아니라 그 지출이 업무와 관련된 것인지의 입증으로 갈립니다. 같은 지출도 무엇을 입증하느냐에 따라 결론이 달라지므로 항목별로 쟁점을 나누어 세워야 합니다.

지출 당시에 만들어진 자료를 모읍니다

내부 품의, 결재 기록, 상대방과 주고받은 교신처럼 지출 당시에 만들어진 자료가 사후 진술보다 강하게 작용합니다. 거부 통지 이후에 정리한 설명만으로는 업무관련성을 세우기 어렵습니다. 항목마다 그 시점에 남은 문서가 무엇인지 먼저 찾고, 없는 항목은 없다고 표시해 두는 편이 낫습니다.

접대비와 부당행위계산은 다른 기준으로 봅니다

법인세법 제25조의 접대비는 한도 초과액이 손금에 산입되지 않으므로 업무관련성과 증빙 요건이 먼저 검토 대상입니다. 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래가 조세 부담을 부당히 감소시켰다고 인정될 때 시가를 기준으로 계산을 재구성하는 것이라 시가의 산정 방법이 쟁점이 됩니다. 두 항목은 다투는 축이 다르므로 하나의 결론으로 묶지 않습니다.

법인세 부인이 대표자 세금으로 번지는지 살핍니다

손금이 부인되면 대표자 상여로 소득처분되어 종합소득세가 별도로 부과됩니다. 대표자 대여금으로 정리되는 가지급금은 법인세법 제28조와 같은 법 시행령 제89조에 따라 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입의 대상이 됩니다. 법인 쪽 세액만 보고 대응하면 개인에게 오는 처분을 놓치므로 두 축을 같이 놓고 일정을 잡아야 합니다.

준비 자료와 질문

경정청구서와 거부 통지서, 해당 사업연도의 결산 자료와 세무조정계산서, 부인된 항목별 증빙, 대표자 관련 계정의 내역을 준비합니다. 질문은 어느 항목이 부인됐는지, 그 항목의 업무관련성을 무엇으로 세울지, 대표자 상여나 가지급금으로 번질 여지가 있는지로 나누면 좋습니다. 거부 통지를 받은 날짜를 먼저 확정해 90일 안에 어느 절차를 택할지 정합니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 가지급금을 정리하라는 지적을 받았습니다
  가지급금은 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입의 대상이 됩니다. 정리 방법에 따라 대표자에게 소득세가 발생할 수 있습니다.
• 접대비 한도 초과로 부인되었습니다
  한도 초과액은 손금에 산입되지 않습니다. 업무관련성과 증빙 요건이 갖추어졌는지가 먼저 검토 대상입니다.
• 부당행위계산 부인이 적용되었습니다
  특수관계인과의 거래가 조세 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되면 시가를 기준으로 계산이 재구성됩니다. 시가의 산정 방법이 쟁점입니다.

비슷한 상황

• 특수관계인과의 거래를 부당행위계산이라며 부인당했습니다
• 법인을 해산·청산하는데 남은 세금은 어떻게 되나요?
• 소득금액변동통지서를 받았는데 무엇을 해야 하나요?
• 세무조사 사전통지서를 받았다면 무엇부터 확인하나요?

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