법인세

특수관계인과의 거래를 부당행위계산이라며 부인당했습니다

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

법인세법 제52조 제1항은 특수관계인과의 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시켰다고 인정되는 경우 그 계산과 관계없이 소득금액을 다시 계산하도록 정합니다. 다만 같은 법 시행령 제88조 제3항이 정한 유형은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때만 부인합니다.

고지서가 어느 호를 근거로 부인했는지부터 봅니다

법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형을 호로 나누어 열거합니다. 자산을 시가보다 높게 매입하거나 과대상각한 경우, 무수익 자산을 매입한 경우, 자산을 무상이나 저가로 양도한 경우, 불량자산 차환이나 불량채권 양수, 출연금 대신 부담, 금전·자산·용역을 무상이나 저율로 대부·제공한 경우, 고율로 차용하거나 제공받은 경우, 자본거래로 특수관계인에게 이익을 분여한 경우가 여기에 들어갑니다. 어느 호로 부인했는지에 따라 금액만으로 막을 수 있는 사건과 그럴 수 없는 사건이 갈리므로 고지서가 적용한 조항부터 특정해야 합니다.

차액이 3억원과 시가의 100분의 5에 이르는지 계산합니다

시행령 제88조 제3항은 자산 고가매입·과대상각(제1호), 무상·저가 양도(제3호), 금전·자산·용역의 무상이나 저율 대부·제공(제6호), 고율 차용·제공받음(제7호), 이에 준하는 경우(제9호)에 대하여 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용하도록 정합니다. 그 문턱 아래의 차이는 특수관계인과의 거래라도 부인 대상이 아닙니다. 반대로 무수익 자산 매입(제2호), 불량자산 차환·불량채권 양수(제4호), 출연금 대신 부담(제5호), 자본거래를 통한 이익 분여(제8호)는 이 문턱 규정의 적용 대상으로 열거되어 있지 않아 금액이 작다는 사정만으로는 막히지 않습니다. 한 고지서 안에 두 쪽이 섞여 있을 수 있으므로 호별로 나누어 계산해야 합니다.

시가는 만드는 가격이 아니라 찾아내는 가격입니다

법인세법 제52조 제2항은 건전한 사회 통념과 상거래 관행, 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제89조 제1항은 해당 거래와 유사한 상황에서 그 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격, 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 시가로 봅니다. 그런 가격이 있는데도 다른 기준으로 계산한 처분은 그 자체로 다툴 자리가 되고, 우리가 그 가격을 제시하지 못하면 같은 조 제2항의 시가가 불분명한 경우의 순서로 넘어가 계산이 손을 떠납니다.

거래 기록과 명세서, 불복 기한을 함께 정리합니다

법인세법 제52조 제3항은 내국법인이 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 거래 시점에 남겨 둔 비교 가능한 제3자 거래 기록이 그대로 이 명세서와 이후 다툼의 기초가 되므로, 사후에 만드는 설명보다 그때의 자료가 값이 큽니다. 고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 불복해야 하고, 신고 단계에서 스스로 과다하게 부인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 경정청구할 수 있습니다.

준비 자료와 질문

거래 계약서와 대금 지급 내역, 고지서와 그에 앞서 받은 통지 문서, 시가를 뒷받침할 제3자 거래 자료, 해당 사업연도의 신고서와 특수관계인 거래 명세서를 준비합니다. 질문은 어느 호로 부인했는지, 차액이 문턱을 넘는지, 제시할 수 있는 제3자 거래 가격이 있는지로 나누면 검토가 빨라집니다. 불복 기한이 남은 사건인지 경정청구로 갈 사건인지도 함께 확인해야 합니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 무엇을 기준으로 부인하나요?
  내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 그 계산과 관계없이 소득금액을 계산합니다. 이때 건전한 사회 통념과 상거래 관행, 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 가격인 시가를 기준으로 합니다.
• 금액이 작아도 부인되나요?
  자산 고가매입·과대상각, 무상·저가 양도, 무상·저율 대부·제공, 고율 차용, 이에 준하는 경우는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용합니다. 무수익 자산 매입이나 자본거래를 통한 이익 분여 등은 이 문턱의 적용 대상으로 열거되어 있지 않습니다.
• 시가는 어떻게 정하나요?
  해당 거래와 유사한 상황에서 그 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격, 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격에 따릅니다. 시가가 불분명한 경우에는 법이 정한 순서를 차례로 적용합니다.

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