부가가치세

빈 층이 있는 임대건물을 사서 내 가게로 쓰면 사업양도가 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 임대건물을 사면서 빈 층을 내 기존 사업에 쓰려는 것이라면 부가가치세가 과세되지 않는 사업양도로 보기 어렵습니다. 임차인이 있는 부분은 승계했어도 빈 부분은 임대업을 이어받은 것이 아니어서 모든 권리와 의무를 포괄 승계했다고 볼 수 없기 때문입니다. 지금은 층별 사용 계획과 계약서 특약부터 확인하십시오.

매매계약서에 「포괄양수도」라는 문구만 넣으면 건물분 부가가치세를 주고받지 않아도 된다고 생각하실 필요는 없습니다. 반대로 사업양도가 안 되더라도 양수인이 과세사업자라면 낸 부가가치세는 매입세액으로 정리할 길이 있습니다.

이런 상담이 많습니다

자동차 용품 도소매업을 하는 A법인은 2025년 임대업자 B씨로부터 4층짜리 상가건물을 사기로 했습니다. 계약서에는 기존 임차인을 그대로 승계하고 보증금은 잔금에서 빼며, 매수인이 계약금을 낸 뒤 1층 빈 점포를 인테리어할 수 있다는 특약을 넣었습니다. A법인은 비어 있는 1층 일부와 3층 일부, 지하를 자기 매장과 창고로 쓰려고 공사를 시작했고, 사업자등록 소재지를 이 건물로 옮기면서 임대업을 업종에 추가했습니다. A법인은 이 거래를 부가가치세 없는 사업양도로 처리해도 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비어 있는 층을 자기 사업에 쓰려고 임대건물을 사면 사업양도가 안 되나요?

네, 사업양도로 보기 어렵습니다. 임대업자로부터 임대건물 전체를 사면서 임차인이 있는 부분은 그대로 승계하더라도, 비어 있던 부분을 양수인의 기존 도소매업에 쓰려고 산 것이라면 그 부분은 임대업을 승계한 것이 아니어서 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄 승계했다고 볼 수 없기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 사업양도로 봅니다. 양수인이 승계받은 사업 외에 새 업종을 추가하거나 업종을 바꾸는 것도 사업양도에 포함되지만, 이는 승계 자체가 이루어진 뒤의 이야기입니다.

이 사안에서는 임대업에 쓰이던 건물 일부가 처음부터 양수인의 도소매업으로 넘어갔으므로, 임대업을 이어받은 뒤 업종을 추가한 것으로 보기 어렵습니다. 잔금 전부터 빈 공간 인테리어를 시작했다는 사실도 그런 판단을 뒷받침하는 사정이 되었습니다.

계약서에 포괄양수도라고 쓰면 인정되나요?

계약서 문구만으로 사업양도가 결정되지는 않습니다. 사업양도로 보려면 부동산 매매계약과 별도로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계했다는 객관적이고 구체적인 증빙이 있어야 합니다.

토지와 건물 가격만 나누어 적은 단순 매매계약서에 「포괄승계 가능 시 포괄승계」 정도의 특약만 있다면 포괄 승계를 보여 주는 자료로는 부족합니다. 승계하는 임대차계약 목록, 보증금 정산 내역, 관리용역 계약 승계 같은 자료가 함께 있어야 사업양도 주장을 세울 수 있습니다.

국세청은 공실 부분을 직접 쓰는 양수를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2016-법령해석부가-0453(2016. 10. 24.)에서, 양수인이 부동산임대업자로부터 임대부동산을 사면서 계약일 현재 임대차계약이 있는 부분은 승계하고 공실인 일부를 자기의 기존 도소매업에 쓰려고 전체를 산 경우, 그 양도는 재화의 공급으로 보지 않는 사업양도에 해당하지 않는다고 회신했습니다.

국세청은 양수인이 건물과 기존 임대차계약을 모두 넘겨받아 사업장별 승계 요건은 갖추었다고 보면서도, 공실 부분은 임대업이 아니라 도소매업에 쓰이므로 임대업을 승계한 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로, 공실 부분도 임대를 이어가는 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

사업양도가 아니면 세금은 어떻게 처리하나요?

사업양도가 아니면 건물분 양도는 재화의 공급이어서 양도인이 건물 공급가액에 부가가치세를 붙여 세금계산서를 발급해야 합니다. 토지분은 면세이므로 토지와 건물 가격을 나누어 계약서에 적어 두어야 합니다.

양수인이 과세사업에 쓸 건물이라면 받은 세금계산서의 매입세액은 공제 대상이 될 수 있습니다. 사업양도에 해당하는지 분명하지 않으면 양수인이 잔금을 줄 때 부가가치세를 징수해 다음 달 25일까지 대리납부하는 방법도 있어, 나중에 사업양도가 부인되어 양도인에게 세금과 가산세가 부과되는 위험을 줄일 수 있습니다.

공실 임대건물 양수 부가가치세 대응 순서

• 층별 사용 계획 정리 - 임차인이 있는 부분, 공실, 잔금 뒤 자기 사업에 쓸 부분을 층별로 표로 만듭니다. 사업양도 판단의 기초입니다.
• 처리 방식 결정 - 공실 일부를 자기 사업에 쓸 계획이면 사업양도 대신 세금계산서를 주고받는 일반 매매로 처리할지 먼저 정합니다.
• 계약서 정비 - 토지·건물 가격을 나누고 부가가치세 별도 여부를 적습니다. 사업양도로 처리한다면 승계 임대차 목록과 보증금 정산 내역을 첨부합니다.
• 대리납부 검토 - 사업양도 여부가 분명하지 않으면 양수인이 부가가치세 대리납부신고서(사업양수자용)로 대리납부합니다.
• 과세 통지 대응 - 사업양도 부인으로 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 뒤 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공실 비율과 양수 뒤 실제 사용 내역, 계약서 특약에 따라 결론이 달라지므로 매매계약서와 임대차계약 목록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부동산 양수도와 관련한 부가가치세 부과처분의 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임차인을 모두 승계하면 사업양도가 되나요?
  임차인을 모두 승계하고 건물 전체의 임대사업을 그대로 이어가면 사업양도로 볼 수 있습니다. 다만 공실 부분을 양수인의 다른 사업에 쓰려는 계획이 있으면 그 부분은 임대업을 승계한 것이 아니어서 포괄 승계로 보기 어렵습니다.
• 양수 후 업종을 추가하면 사업양도가 깨지나요?
  양수인이 승계받은 사업 외에 새 업종을 추가하거나 업종을 바꾸어도 사업양도에 포함됩니다. 다만 이는 임대업을 먼저 포괄 승계한 경우의 이야기이고, 처음부터 빈 공간을 자기 사업용으로 산 경우에는 이 규정으로 해결되지 않습니다.
• 사업양도가 아니면 토지분에도 부가가치세가 붙나요?
  아니요, 토지의 공급은 면세이므로 부가가치세는 건물분에만 붙습니다. 그래서 매매계약서에 토지와 건물 가격을 나누어 적고, 건물분 공급가액을 기준으로 세금계산서를 발급합니다. 가격 구분이 불분명하면 시행령에 따라 안분계산한 금액을 건물 공급가액으로 봅니다.
• 사업양도인지 애매하면 어떻게 하나요?
  사업양도에 해당하는지 분명하지 않은 경우에도 양수인이 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 지급일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 대리납부할 수 있습니다. 나중에 사업양도 여부를 두고 다툼이 생겨도 미납 세액 문제를 줄일 수 있습니다.
• 사업장은 어떤 기준으로 나누나요?
  사업장은 사업자가 사업을 하기 위해 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소입니다. 부동산임대업은 원칙적으로 부동산의 등기부상 소재지가 사업장이므로, 사업양도도 그 건물 단위로 모든 권리와 의무를 승계했는지를 봅니다.
• 사업양도로 처리했다가 부인되면 어떻게 다투나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있습니다. 승계한 임대차계약 목록과 양수 후 실제 사용 내역이 포괄 승계를 증명하는 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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