부가가치세

세 주던 단독주택을 근린생활시설로 바꿔서 팔면 부가가치세를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 주택임대업을 하던 사람이 상시 주거용으로 세 주던 단독주택을 매매계약 특약에 따라 잔금 전에 근린생활시설로 용도변경해 양도한 것이라면, 면세사업과 관련해 일시적으로 공급한 재화로 보아 부가가치세가 면제됩니다. 국세청은 2024년 3월 14일 회신(사전-2024-법규부가-0058)에서 주택임대업이 면세이므로 그 부수 공급인 건물 양도도 면세를 따른다고 보았습니다. 지금은 취득 목적이 임대였는지와 임대 기간이 얼마나 길었는지를 보여 주는 사업자등록증·임대차계약서를 챙겨 두십시오.

매수인이 상가로 쓰려고 용도변경을 요구했다고 해서 매도인이 갑자기 과세사업자가 되는 것은 아닙니다. 오랫동안 주택임대업만 해 온 사람이라면 양도 직전 용도변경이 있어도 면세 판단은 바뀌지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2004년 1월 단독주택을 사서 2010년 5월 주택임대사업자로 등록한 뒤 줄곧 세를 놓았습니다. 2025년 3월 매수인과 15억원에 매매계약을 맺었는데, 매수인이 카페로 쓰겠다며 잔금 전에 근린생활시설로 용도변경해 달라는 특약을 넣었습니다. A씨는 특약대로 용도변경을 마치고 2025년 9월 잔금을 받아 소유권을 넘겼습니다. 세무서에서 상가 건물을 판 것이니 부가가치세를 내야 하지 않느냐는 말이 나와, A씨는 주택임대만 하던 자신이 건물분 부가가치세를 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 용도변경 후 양도한 단독주택을 어떻게 해석했나요?

부가가치세가 면제된다고 보았습니다. 국세청은 사전-2024-법규부가-0058(2024. 3. 14.)에서, 부가가치세법 제26조 제1항 제12호에 따라 면세되는 주택임대업을 하는 사업자가 상시 주거용으로 임대하던 주택법 시행령상 단독주택을 매매계약 특약에 따라 잔금 지급 전 근린생활시설로 용도변경한 뒤 양도하는 경우 부가가치세법 제14조 제2항에 따라 면세된다고 답했습니다. 판단 이유는 이렇습니다. 건물 양도는 원래 재화의 공급으로 과세 대상이지만, 면세사업에 쓰던 건물을 그 사업과 관련해 우연히 또는 일시적으로 공급하면 주된 사업인 면세를 따릅니다. 질의인은 2002년 1월 건물을 취득하고 2008년 5월 주택임대사업자로 등록해 양도 전까지 업종 변경 없이 임대만 했으므로, 부동산매매업 같은 과세사업 목적으로 취득한 것으로 볼 수 없다는 것입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 처음부터 팔 목적으로 지은 집을 잠깐 세 놓았다가 판 경우처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

면세사업자가 건물을 팔면 왜 부가가치세가 안 붙나요?

주된 사업이 면세이면 그 사업에 부수해 일시적으로 공급하는 재화도 면세를 따르기 때문입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「부가가치세법」은 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화의 공급을 별도의 공급으로 보되 과세·면세 여부는 주된 사업을 따르도록 정합니다. 주택임대업은 주택과 그 부수토지의 임대 용역으로 면세이므로, 임대하던 집을 파는 것은 면세사업에 부수한 일시적 공급이 됩니다.

용도가 주택이었는지 상가였는지보다 누가 어떤 사업에 쓰다가 팔았는지가 기준입니다. 양도 시점에 근린생활시설로 바뀌어 있어도 그 건물을 면세사업에 사용해 온 사실이 달라지지 않으므로 결론은 같습니다. 반대로 과세사업인 상가임대업에 쓰던 건물을 팔면 건물분에 부가가치세가 과세됩니다.

일시적으로 임대했다가 팔면 과세될 수 있나요?

있습니다. 부동산매매업 같은 과세사업을 하려고 집을 짓거나 샀는데 팔리지 않아 잠정적으로 임대하다가 양도한 경우는 면세사업에 부수한 공급이 아닙니다. 국세청은 일시적·잠정적 임대인지는 법에 정해진 요건이 없어 임대사업 목적을 밖으로 드러냈는지, 임대 기간이 얼마나 됐는지, 분양이나 매매 활동을 계속했는지를 사안별로 사실판단한다고 봅니다. 회신 사안에서는 취득 후 20년 넘게 보유하고 15년 가까이 임대사업자로 등록해 둔 점이 결정적이었습니다.

국민주택규모 이하 주택이라면 공급자가 누구든 조세특례제한법에 따라 주택 공급 자체가 면세입니다. 다만 용도변경으로 근린생활시설이 된 건물은 이 특례의 대상이 아니므로, 면세 여부는 주택임대업의 부수 공급인지로 판단하게 됩니다.

세무서가 과세하겠다고 하면 어떻게 하나요?

부가가치세 부과 통지를 받으면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있고, 이미 신고·납부했다면 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 다툼의 핵심은 취득 목적과 임대 사실이므로 사업자등록증, 임대차계약서, 임대소득 신고 내역, 매매계약서의 용도변경 특약을 모아 두어야 합니다.

주택임대 건물 용도변경 양도 부가가치세 대응 순서

• 취득 목적 자료 정리 - 취득 당시 계약서와 자금 용도, 취득 직후 임대 개시 사실을 확인합니다. 매매업 목적이 아니었다는 점이 면세 판단의 출발점입니다.
• 임대 기간과 사업자등록 확인 - 주택임대사업자 등록일부터 양도일까지 업종 변경 없이 임대했는지, 임대소득을 신고해 왔는지 정리합니다.
• 용도변경 경위 기록 - 매매계약서의 특약과 용도변경 허가일·잔금일 순서를 문서로 남깁니다. 매수인 요구에 따른 양도 직전 변경임을 보여 줍니다.
• 양도소득세 예정신고 - 부가가치세 면세와 별도로 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다.
• 과세 통지 시 불복 - 부과 통지를 받으면 90일 안에 심판청구, 이미 납부했으면 5년 안에 경정청구로 대응합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 건물 일부를 상가로 세 주었거나 신축 후 짧게 임대하다 판 경우라면 임대차계약서·건축물대장·분양 광고 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 과세 여부를 둘러싼 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주택임대업은 원래 부가가치세가 면제되나요?
  네. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 그래서 주택임대사업자는 면세사업자로 등록하고 임대료에 부가가치세를 붙이지 않습니다. 상가나 사무실 임대는 과세이므로 같은 건물에 두 용도가 섞여 있으면 구분해 판단합니다.
• 면세사업에 쓰던 건물을 팔면 부가가치세가 없나요?
  주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급하는 재화는 별도 공급으로 보되 과세·면세는 주된 사업을 따릅니다. 주택임대업이 면세이므로 임대하던 건물의 양도도 면세입니다. 다만 과세사업 목적으로 취득해 잠깐 임대한 경우는 부수 공급으로 보지 않습니다.
• 양도 전에 근린생활시설로 바꾸면 과세로 바뀌지 않나요?
  바뀌지 않습니다. 국세청은 사전-2024-법규부가-0058에서 상시 주거용으로 임대하던 단독주택을 매매계약 특약에 따라 잔금 전 근린생활시설로 용도변경한 뒤 양도해도 면세사업의 부수 공급으로 면세라고 보았습니다. 기준은 양도 시점의 용도가 아니라 그 건물을 어떤 사업에 써 왔는지입니다.
• 일시적 임대인지는 무엇으로 판단하나요?
  법에 정해진 요건이 없어 사실판단합니다. 국세청은 임대사업 목적을 밖으로 드러냈는지, 임대 기간, 분양이나 매매 활동을 계속했는지를 봅니다. 사업자등록을 하고 수년간 임대소득을 신고해 왔다면 일시적 임대로 보기 어렵고, 분양이 안 되어 몇 달 세 놓은 경우라면 과세사업의 연장으로 봅니다.
• 작은 주택은 아예 면세라고 들었는데요?
  국민주택규모 이하 주택의 공급은 공급자가 누구인지와 관계없이 조세특례제한법에 따라 면세입니다. 다만 용도변경으로 근린생활시설이 된 건물은 주택이 아니어서 이 특례를 받지 못하고, 면세 여부를 주택임대업의 부수 공급인지로 따지게 됩니다.
• 부가가치세가 면제되면 양도소득세도 안 내나요?
  아닙니다. 부가가치세 면세와 양도소득세는 별개입니다. 건물과 토지를 양도하면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세 예정신고를 해야 하고, 1세대 1주택 비과세 여부는 양도 당시 주택인지 등 소득세법 요건으로 따로 판단합니다.
• 세무서가 과세하면 어떻게 다투나요?
  부과 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이미 부가가치세를 신고·납부했다면 법정신고기한 후 5년 이내에 경정청구로 환급을 구할 수 있습니다. 취득 목적과 임대 이력을 보여 주는 자료로 다툽니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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