부가가치세

부가세 공제가 부인됐는데 세법 조항에 바로 헌법소원 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

아니요, 부가가치세 매입세액 공제를 부인당했다고 부가가치세법 조항에 바로 헌법소원을 내면 직접성이 없어 각하됩니다. 헌법재판소는 신고납부 세금도 경정·고지라는 처분으로 기본권 침해가 현실화된다고 보았습니다. 지금은 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 낼 수 있는지 확인하십시오.

세법 조항을 직접 겨냥한 헌법소원부터 준비할 필요는 없습니다. 헌법재판소는 이런 청구를 직접성이 없다며 각하해 왔습니다.

이런 상담이 많습니다

온라인 쇼핑몰과 매장을 함께 운영하는 D씨는 2024년 오픈마켓 판매분 일부를 신고하지 않았다가 2025년 세무서에서 부가가치세 경정·고지를 받았습니다. 매입 영수증 일부도 공제 요건을 갖추지 못했다며 매입세액 공제가 부인됐습니다. D씨는 신고납부 세금인데 법 조항 때문에 공제를 못 받았으니 부가가치세법 조항 자체에 곧바로 헌법소원을 낼 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부가가치세법 조항에 바로 헌법소원을 낼 수 있나요?

낼 수 없습니다. 헌법재판소 2009. 10. 29. 선고 2007헌마1423 결정은 신고납부 방식의 조세도 종국적으로는 경정·고지라는 처분을 통해 기본권 침해가 현실화된다고 보았습니다. 그래서 매입세액 공제처럼 세액 산정에 관한 부가가치세법 조항을 직접 대상으로 한 헌법소원은 기본권 침해의 직접성이 없어 부적법하다며 각하했습니다.

법령소원은 법령이 집행행위 없이 직접 기본권을 침해할 때만 허용됩니다. 세금은 세무서의 부과나 경정이라는 집행행위가 끼어들므로, 그 처분을 다투는 길이 따로 열려 있습니다. 매출 누락분 과세처럼 사실관계 다툼이 섞인 사건이라면 더욱 처분 단계에서 증빙을 내는 편이 낫습니다.

그럼 세법 조항의 위헌성은 어떻게 다투나요?

경정·고지 처분에 대한 조세불복과 취소소송을 진행하면서 그 재판에서 법원에 위헌법률심판 제청을 신청합니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 낼 수 있고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 제기해야 합니다.

법원이 제청신청을 기각하면 그 결정을 통지받은 날부터 30일 안에 헌법재판소에 헌법소원을 직접 낼 수 있습니다. 이 헌법소원에는 직접성 요건이 없어서 세법 조항의 위헌성을 정면으로 다툴 수 있습니다.

법령소원의 청구기간은 어떻게 계산되나요?

법령에 대한 헌법소원은 기본권 침해 사유가 있음을 안 날부터 90일, 그 사유가 있는 날부터 1년 안에 내야 합니다. 2007헌마1423 결정은 청구인이 취소소송 1심과 항소심 판결문을 송달받은 때에는 공제 불가가 법 조항 때문임을 알았다고 보고, 그로부터 90일이 지나 청구기간도 넘겼다고 판단했습니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「헌법재판소법」으로 보더라도 직접성과 청구기간은 따로 따지는 요건입니다. 소송이 길어질수록 안 날이 앞당겨질 수 있으므로 위헌 주장은 1심 단계에서 제청신청으로 내는 편이 안전합니다.

부가가치세 위헌 주장 대응 순서

• 고지서 수령일 기록 - 경정·고지서를 받은 날을 적어 둡니다. 심사청구·심판청구 90일 기한이 여기서 시작됩니다.
• 공제 부인 사유 정리 - 매입세액이 부인된 근거 조항과 증빙 요건을 확인합니다. 사실 다툼인지 법 조항 다툼인지 가립니다.
• 조세불복 청구 - 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다. 행정소송의 전치 요건입니다.
• 취소소송과 제청신청 - 결정 통지 후 90일 안에 소를 내고, 그 재판에서 위헌법률심판 제청을 신청합니다.
• 기각 시 헌법소원 - 제청신청 기각 결정을 통지받은 날부터 30일 안에 헌법소원을 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매출 누락이 조세범칙조사로 이어졌거나 가산세 부과 근거가 따로 문제라면 처분별로 기한과 쟁점을 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 과세처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법령소원의 직접성이란 무엇인가요?
  법령이 다른 집행행위 없이 그 자체로 기본권을 침해해야 한다는 요건입니다. 헌법재판소 2007헌마1423 결정은 부가가치세법 조항으로 인한 납부의무가 세무서의 경정·고지라는 구체적 집행행위를 통해 현실화된다며 직접성을 부정했습니다. 집행행위가 있으면 그 행위를 다투는 것이 원칙입니다.
• 신고납부 세금도 똑같이 보나요?
  같습니다. 2007헌마1423 결정은 신고납부 방식의 조세도 부과징수 방식과 마찬가지로 종국적으로 처분이라는 집행행위를 통해 기본권 침해가 현실화된다고 보았습니다. 스스로 신고한 세금이라도 세무서가 경정해 고지하면 그 경정·고지가 다툼의 대상이 됩니다.
• 조세불복 없이 바로 소송할 수 있나요?
  원칙적으로 안 됩니다. 국세기본법 제56조 제2항은 국세 처분에 대한 행정소송을 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거치지 않으면 제기할 수 없다고 정합니다. 같은 조 제3항에 따라 소송은 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 합니다.
• 심판청구 기한은 언제까지인가요?
  처분이 있음을 안 날, 즉 고지서를 받은 날부터 90일 안입니다. 국세기본법 제68조 제1항이 정한 기간이고, 심사청구도 제61조 제1항에 따라 같은 90일입니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 이의신청 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 냅니다.
• 제청신청이 기각되면 어떻게 하나요?
  헌법재판소에 헌법소원을 직접 청구할 수 있습니다. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따른 것으로, 제69조 제2항에 따라 기각 결정을 통지받은 날부터 30일 안에 내야 합니다. 같은 소송절차에서 같은 사유로 다시 제청신청을 할 수는 없습니다.
• 이미 판결을 받았는데 지금 법령소원은요?
  청구기간이 지났을 가능성이 큽니다. 헌법재판소법 제69조 제1항은 사유가 있음을 안 날부터 90일 안에 청구하도록 정하고, 2007헌마1423 결정은 1심과 항소심 판결문을 송달받은 때 이미 침해 원인을 알았다고 보았습니다. 직접성도 부정되므로 실익이 거의 없습니다.

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