세금

비영리법인이 고유목적사업으로 회원에게 무이자로 빌려주면 인정이자를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 고유목적사업으로 빌려준 것이라면 부당행위계산 부인이나 업무무관 가지급금 규정을 적용할 수 없습니다. 대법원은 비영리법인에는 이 규정들이 법인세 납세의무가 있는 수익사업 거래에만 적용된다고 보았습니다. 수익사업 차입금으로 마련한 돈이어도 같습니다. 다만 대여가 정관상 고유목적사업에 해당한다는 점이 확인돼야 합니다.

아니요, 고유목적사업으로 빌려준 것이라면 부당행위계산 부인이나 업무무관 가지급금 규정을 적용할 수 없습니다. 대법원은 비영리법인에는 이 규정들이 법인세 납세의무가 있는 수익사업 거래에만 적용된다고 보았습니다. 수익사업 차입금으로 마련한 돈이어도 같습니다. 다만 대여가 정관상 고유목적사업에 해당한다는 점이 확인돼야 합니다.

비영리법인에는 왜 적용 범위가 다른가요?

비영리법인은 수익사업에서 생긴 소득에만 법인세를 내기 때문입니다. 대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12645 판결은 이 점에서 출발했습니다. 비영리법인의 소득이라도 수익사업으로 인한 것이 아니면 법인세를 매길 수 없다고 했습니다.

부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래로 줄어든 소득을 바로잡는 제도입니다. 업무무관 가지급금 규정은 차입금을 비생산적으로 쓰는 법인에 불이익을 주는 제도입니다. 대법원은 두 규정 모두 비영리법인의 경우 수익사업에 관한 거래에만 적용된다고 보았습니다. 고유목적사업에 쓰려고 수익사업 차입금을 특수관계인에게 무상으로 빌려준 거래는 수익사업 거래로 보기 어렵다는 것입니다.

차입금이 있었다는 사정도 결론을 바꾸지 못했습니다. 영리법인이라면 차입금이 있는 상태의 무이자 대여는 지급이자 손금불산입으로 이어집니다. 그러나 비영리법인이 설립목적 사업에 쓴 돈은 그 규율 대상인 수익사업 거래가 아니라는 것이 판결의 논리입니다.

판결 사안은 어떤 거래였나요?

수산업협동조합중앙회가 회원 조합 44곳에 현금자동인출기 코너 설치비 37억원을 무이자로 빌려준 사안입니다. 중앙회에는 그 대여금에 상당하는 차입금이 있었습니다. 세무서는 이 대여를 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금이자 무상 대여로 보았습니다. 그래서 2005년부터 2008년 사업연도까지 인정이자를 익금에 넣고 지급이자를 손금에서 뺐습니다.

대법원은 이 대여가 당시 법률과 정관에 정한 사업이라고 보았습니다. 회원과 그 조합원의 사업 및 생활 개선을 위한 정보망 구축 사업에 해당한다는 것입니다. 그래서 고유목적사업에 쓰려고 수익사업 차입금을 무상 대여한 경우로 보아 두 규정을 적용할 수 없다고 했습니다.

원심은 수익사업 자산이 줄었으니 그 손익도 수익사업 손익으로 보아야 한다고 판단했습니다. 대법원은 이 판단에 법리 오해가 있다며 원심을 파기환송했습니다. 이후 환송심은 소취하로 끝나 대법원 판단이 그대로 남았습니다.

수익사업 돈을 고유목적사업에 쓰면 회계는 어떻게 처리하나요?

구분경리가 출발점입니다. 비영리법인이 수익사업을 하면 자산·부채와 손익을 수익사업과 그 밖의 사업으로 나눠 기록해야 합니다. 대법원은 준비금 없이 수익사업 자금을 고유목적사업에 쓴 경우를 따로 언급했습니다. 이때는 수익사업의 잉여금과 자본원입액에서 상계할 수밖에 없다고 했습니다. 손금으로 공제받는 길은 아니지만 익금이 생기는 거래도 아니라고 볼 수 있습니다.

고유목적사업은 법령이나 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업이 아닌 사업입니다. 정관에 근거가 없는 회원 지원이나 설립목적과 거리가 먼 대여라면 결론이 달라질 수 있습니다. 대여를 결정할 때 근거 조항을 의사록에 적어 두는 것이 좋습니다. 대상 회원도 특정해 두십시오.

참고로 농업협동조합중앙회가 고유목적사업준비금을 회원에게 무상 대여한 금액은 시행령이 고유목적사업 지출로 본다고 명시합니다. 이런 명문 규정이 없는 법인은 판결 법리에 기대어 설명해야 합니다. 수협중앙회 사안도 명문 규정 없이 판결로 결론이 났습니다. 그만큼 정관 조항과 대여 목적의 연결을 자료로 보여 주는 일이 중요합니다.

비영리법인 대여가 과세될 수 있는 경우는 언제인가요?

수익사업 거래로 볼 수 있는 대여입니다. 수익사업인 금융업의 일부로 특수관계인에게 낮은 이율로 빌려준 경우가 그 예입니다. 이때는 수익사업 거래로 보아 부당행위계산 부인이 적용될 수 있습니다. 같은 판결도 적용 범위를 수익사업 거래로 한정했을 뿐, 비영리법인을 아예 제외한 것은 아닙니다.

설립목적과 관계없는 대여도 위험합니다. 이사장이나 그 가족, 관련 영리법인에 대한 대여는 고유목적사업으로 설명하기 어렵습니다. 공익법인이라면 상속세 및 증여세법상 출연재산 사용 의무 등 별도 규정도 함께 검토해야 합니다.

비영리법인 회원 대여 대응 순서

• 근거 조항 확인 - 대여가 법령이나 정관의 어느 사업에 해당하는지 확인합니다.
• 구분경리 - 대여 자금이 수익사업 회계에서 나오는지, 고유목적사업 회계에서 나오는지 기록합니다.
• 의사결정 기록 - 이사회 의사록에 대여 목적과 근거 조항, 대상 회원을 적습니다.
• 대상 점검 - 임원이나 관련 영리법인 등 설립목적과 무관한 대여가 섞여 있지 않은지 봅니다.
• 과세 시 대응 - 인정이자나 지급이자 손금불산입 과세를 받으면 고유목적사업 해당 여부로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대여가 정관상 고유목적사업에 해당하는지와 자금의 회계 구분에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 비영리법인 수익사업·고유목적사업 거래의 법인세 검토와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회원 조합이 특수관계인이어도 고유목적사업이면 괜찮나요?
  판결 사안의 회원 조합도 세무서가 특수관계인으로 본 상대방이었습니다. 대법원은 거래가 고유목적사업에 속하면 특수관계 여부와 관계없이 두 규정을 적용할 수 없다고 보았습니다.
• 고유목적사업준비금으로 빌려줘야 하나요?
  판결은 준비금을 계상하지 않고 수익사업 자금을 고유목적사업에 쓴 경우도 다뤘습니다. 이 경우 수익사업의 잉여금과 자본원입액에서 상계하는 방식으로 처리된다고 보았습니다.
• 같은 판결에서 가산세는 어떻게 판단했나요?
  과소신고가산세 산정에서 손금으로 계상했어야 할 금액도 원칙적으로 「과세표준이 되지 아니하는 금액」에 포함된다고 보았습니다. 다만 법인세 본세가 파기되면서 가산세 부분도 함께 파기됐습니다.
• 비영리법인 임직원 인건비도 고유목적사업 지출로 보나요?
  고유목적사업 수행에 직접 드는 인건비는 지출로 봅니다. 다만 일정한 법인은 임직원 총급여가 8천만원을 넘는 부분을 인건비로 보지 않습니다. 주무관청 승인을 받은 경우는 예외입니다.
• 비영리법인이 산 자산을 고유목적사업에 쓰지 않고 팔면 어떻게 되나요?
  취득 뒤 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 않고 처분하면 그 취득비용을 고유목적사업 지출로 보지 않습니다. 처분 계획이 있다면 사용 기간을 먼저 확인하십시오.
• 정관에 없는 사업으로 회원에게 빌려주면 어떻게 되나요?
  고유목적사업은 법령이나 정관의 설립목적을 직접 수행하는 사업입니다. 근거가 없으면 수익사업 거래로 보아 인정이자와 지급이자 손금불산입이 적용될 위험이 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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