세금

본사를 지방으로 옮긴 회사의 법인세 감면은 2026년부터 어떻게 달라졌나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

2026. 1. 1. 이후 본사를 옮기는 법인은 감면받는 법인세 총액에 한도가 생겼습니다. 한도는 투자누계액의 70%에 이전본사 상시근로자 1명당 1,500만원을 더한 금액입니다. 청년과 감면대상 서비스업은 1명당 2,000만원입니다. 2026. 2. 27. 이후 이전분은 수도권 인원 비율 40% 이상이면 추징됩니다.

2026. 1. 1. 이후 본사를 옮기는 법인은 감면받는 법인세 총액에 한도가 생겼습니다. 한도는 투자누계액의 70%에 이전본사 상시근로자 1명당 1,500만원을 더한 금액입니다. 청년과 감면대상 서비스업은 1명당 2,000만원입니다. 2026. 2. 27. 이후 이전분은 수도권 인원 비율 40% 이상이면 추징됩니다.

2026년부터 무엇이 바뀌었나요?

수도권과밀억제권역에 3년 이상 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 옮기면 법인세를 감면받습니다. 이전본사 투자액이 10억원 이상이고 근무인원이 20명 이상이어야 합니다. 2025. 12. 23. 법 개정으로 이 감면에 처음으로 총액 한도가 붙었습니다. 한도를 고용 인원과 연결해, 감면받은 뒤 인원이 줄면 다시 내도록 하는 사후관리도 새로 생겼습니다.

적용기한은 2028. 12. 31.까지 사업을 시작하는 경우입니다. 본사를 새로 짓는 경우는 다릅니다. 2028. 12. 31.까지 부지를 보유하고 그해 과세표준신고 때 이전계획서를 내면 2031. 12. 31.까지 사업을 시작하면 됩니다.

감면기간은 옮겨 가는 지역에 따라 다릅니다. 처음 소득이 생긴 과세연도부터 5년, 7년 또는 10년은 법인세 전액을 감면합니다. 그다음 3년, 4년 또는 5년은 절반을 감면합니다. 성장촉진지역 등 낙후지역으로 갈수록 기간이 깁니다. 종전 규정의 절반 감면기간은 2년 또는 3년이었고, 개정으로 지역에 따라 1년에서 3년이 늘었습니다.

종전 규정이 그대로 적용되는 경우도 있습니다. 2026. 1. 1. 전에 본사를 옮겼다면 한도가 없습니다. 그 뒤에 옮기더라도 그 전에 이전에 착수했다면 종전 규정을 따릅니다. 이전계획서 제출, 기존 본사 양도 계약, 신규 부지 매입 계약, 건축허가 등이 착수에 해당합니다. 종전 규정을 따르면 한도와 고용 사후관리가 없는 대신 절반 감면기간도 종전대로 짧습니다. 착수일 하루 차이로 적용 규정이 갈리므로 계약일과 허가일을 문서로 확정해 두어야 합니다.

감면한도는 어떻게 계산하나요?

한도는 두 부분을 더한 금액입니다. 첫째는 감면받는 과세연도까지 사업용자산에 투자한 합계액의 70%입니다. 둘째는 그 과세연도 이전본사 상시근로자 수에 1,500만원을 곱한 금액입니다. 청년 상시근로자와 감면대상 서비스업은 2,000만원을 곱합니다. 공장과 본사를 함께 옮겼다면 이전한 공장의 인원도 셉니다.

예를 들어 투자누계액이 30억원이면 투자 부분은 21억원입니다. 그해 이전본사 상시근로자가 일반 40명, 청년 10명이면 고용 부분은 8억원입니다. 이 경우 감면한도는 29억원이 됩니다. 실제 감면 계산은 투자 부분을 먼저 쓰고, 모자라는 만큼 고용 부분을 씁니다. 이 한도는 감면기간 전체의 감면세액 합계에 거는 한도입니다. 투자 부분은 그해까지의 누계액, 고용 부분은 그해 인원으로 정합니다. 그래서 해마다 누계 감면액을 그해 한도와 비교한다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 판결은 아직 없고, 연도별 고용 부분을 더해야 한다는 반대 해석도 있습니다.

서비스업 2,000만원을 적용받으려면 감면대상 서비스업과 다른 사업을 따로 장부에 적어야 합니다. 구분경리를 하지 않으면 높은 금액을 주장하기 어렵습니다.

고용이 줄면 감면세액을 다시 내야 하나요?

네, 고용 부분 한도로 감면을 받았다면 그 뒤 2년 동안 인원을 지켜야 합니다. 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지가 대상입니다. 이 기간 중 이전본사 상시근로자가 감면받은 해보다 줄면 감면세액 일부를 법인세로 냅니다.

납부액은 직전 2년 안에 고용 부분으로 감면받은 세액에서 줄어든 인원 기준 한도를 뺀 금액입니다. 고용 부분으로 7억원을 감면받은 뒤 인원이 50명에서 40명으로 줄었다고 해 봅니다. 모두 일반 근로자라면 40명 기준 한도는 6억원이고, 1억원을 내야 합니다. 2년 연속 줄면 두 번째 해에는 앞서 낸 금액을 빼고 계산합니다.

수도권 사무소는 어느 정도까지 남겨도 되나요?

본사를 옮긴 뒤 수도권에 본사를 다시 두거나 일정 규모 이상의 사무소를 두면 감면세액을 추징합니다. 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 그 기준이 40%로 정해졌습니다. 이전일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 뒤가 기준입니다. 본사업무 종사자 중 수도권 사무소 인원 비율이 40% 이상이면 추징 사유입니다.

이때 추징액은 그 사무소를 둔 날부터 거슬러 5년 안에 감면된 세액입니다. 이자상당가산액도 더해집니다. 2026. 2. 27. 전에 본사를 옮겼거나 그 전에 이전에 착수했다면 종전 기준을 따릅니다.

임원 기준도 따로 있습니다. 감면기간에 상시 근무 임원 중 이전본사 근무 임원 비율이 50%에 못 미치면 추징됩니다. 그 과세연도부터는 감면도 받을 수 없습니다. 대표이사와 주요 임원이 실제로 어디에서 일하는지가 쟁점이 됩니다.

본사 지방이전 감면 대응 순서

• 종전 규정 여부 확인 - 2026. 1. 1. 전 이전 또는 착수 행위가 있었는지 계약서와 허가서로 확인합니다.
• 요건 점검 - 과밀억제권역 3년, 투자 10억원, 근무인원 20명, 업종 동일 요건을 확인합니다.
• 한도 계산 - 투자누계액과 이전본사 상시근로자 수로 연도별 감면한도를 계산합니다.
• 인원 관리 - 감면 후 2년 동안 상시근로자 수와 수도권 사무소 인원 비율을 관리합니다.
• 임원 근무지 정리 - 임원 근무 장소와 출근 기록을 이전본사 기준으로 갖춰 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이전 착수 시점과 투자·고용 규모에 따라 감면액과 추징 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 본사 이전 법인의 감면 요건 검토와 추징 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2025년에 이미 본사를 옮겼다면 감면한도가 적용되나요?
  아니요, 2026. 1. 1. 전에 본사를 이전한 경우의 감면은 종전 규정을 따르므로 새 감면한도가 적용되지 않습니다. 이전 시점은 등기와 사업 개시 자료로 확인해야 합니다.
• 2026년에 옮기지만 2025년에 부지 매매계약을 했다면 어떻게 되나요?
  2026. 1. 1. 전에 신규 본사 부지나 건축물 매입 계약을 했다면 종전 규정이 적용됩니다. 기존 본사 양도 계약, 건축허가, 이전계획서 제출도 같습니다.
• 이전본사 근무인원이 20명에 못 미치면 어떻게 되나요?
  근무인원 20명 요건을 채우지 못한 과세연도부터는 감면을 받을 수 없습니다. 근무인원은 이전본사에서 본사업무를 하는 상시 근무인원의 연평균으로 셉니다.
• 공장과 본사를 함께 옮기면 감면을 따로 받나요?
  함께 옮기면 본사 감면대상소득과 이전한 공장에서 생긴 소득을 합쳐 감면대상소득으로 봅니다. 다만 그 과세연도 소득금액이 한도이고, 감면한도 인원에도 이전한 공장 인원이 들어갑니다.
• 부동산 임대업을 하는 법인도 본사 이전 감면을 받나요?
  아니요, 부동산 임대업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업, 해운중개업 등은 감면 대상에서 빠집니다. 혁신도시법상 이전공공기관이 하는 사업은 예외입니다.
• 이전 후 3년 안에 폐업하면 어떻게 되나요?
  본사를 옮겨 사업을 시작한 날부터 3년 안에 폐업하거나 해산하면 그날부터 거슬러 3년 안에 감면된 세액을 냅니다. 합병이나 분할에 따른 해산은 예외입니다.
• 한 번 감면받은 법인이 다시 본사를 옮기면 또 받을 수 있나요?
  이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 거슬러 10년 안에 이 감면을 받은 법인은 대상에서 빠집니다. 다시 옮기려면 그 기간이 지났는지 먼저 확인해야 합니다.
• 종전 규정을 적용받으면 절반 감면기간도 늘어나나요?
  아니요, 2026. 1. 1. 전 이전분과 착수분은 종전 규정을 따르므로 절반 감면기간도 종전대로 2년 또는 3년으로 볼 수 있습니다. 감면한도와 고용 사후관리가 없는 대신 기간이 짧습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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