세금

부당행위계산 부인에서 시가를 입증할 책임은 회사와 세무서 중 누구에게 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

시가를 증명할 책임은 원칙적으로 세무서, 곧 과세관청에 있습니다. 대법원은 부당행위계산 부인의 기준인 시가에 대한 주장·증명책임이 과세관청에 있다고 판시했습니다. 회사가 먼저 시가를 증명할 필요는 없습니다. 다만 과세관청이 비교 거래를 내놓으면 그 거래가 정상거래가 아니라는 점을 구체적으로 짚어야 합니다.

시가를 증명할 책임은 원칙적으로 세무서, 곧 과세관청에 있습니다. 대법원은 부당행위계산 부인의 기준인 시가에 대한 주장·증명책임이 과세관청에 있다고 판시했습니다. 회사가 먼저 시가를 증명할 필요는 없습니다. 다만 과세관청이 비교 거래를 내놓으면 그 거래가 정상거래가 아니라는 점을 구체적으로 짚어야 합니다.

세무서가 시가를 증명해야 한다는 근거는 무엇인가요?

시가는 부당행위계산 부인의 과세요건이기 때문입니다. 과세요건을 갖췄다는 사실은 과세하는 쪽이 증명하는 것이 원칙입니다. 대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결은 시가에 대한 주장·증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있다고 밝혔습니다.

그 사건은 고속도로 민자사업 회사가 주주에게서 빌린 후순위차입금의 이자율이 문제 됐습니다. 과세관청은 회사의 선순위차입 이자율 등에 가산율을 붙여 시가를 계산했습니다. 그러나 대법원은 그 이자율이 시가라는 점을 과세관청이 증명하지 못했다고 보았습니다. 같은 무렵 다른 선순위차입을 기준으로 하면 계산 결과가 크게 달라졌기 때문입니다. 후순위차입은 상환 순위가 밀려 위험이 크다는 사정도 고려됐습니다.

이 판결은 금전 대여의 시가를 정한 시행령 규정에도 한계를 그었습니다. 이자율은 채무액, 만기, 보증 여부, 신용도에 따라 달라지기 때문입니다. 가중평균차입이자율 등을 시가로 볼 수 없는 사정이 있으면, 과세관청이 정상거래 이자율을 따로 증명해야 한다고 했습니다.

세무서가 내놓은 다른 거래가격은 언제 시가로 인정되지 않나요?

정상적인 거래로 형성된 객관적 교환가격이 아니면 시가로 인정되지 않습니다. 대법원 2004. 10. 27. 선고 2003두12493 판결이 대표적인 사례입니다. 과세관청은 비상장주식의 시가로 세 가지 거래를 제시했지만 법원은 모두 배척했습니다.

첫째, 퇴직하는 임원들이 같은 날 액면가로 주식을 넘긴 거래였습니다. 명의신탁 주식을 돌려준 것에 가깝고 특수한 친분관계 사이의 거래여서 시가가 아니라고 보았습니다. 둘째, 다른 회사가 대주주에게 주식을 평가액의 두 배에 판 거래였습니다. 특수관계인 사이에 재무구조 개선을 위해 비싸게 산 것이어서 시가가 아니라고 했습니다. 셋째, 대주주가 외국 회사와 장부가액으로 사기로 약정한 사정도 시가의 근거가 되지 못했습니다.

제3자 사이의 거래라도 같습니다. 대법원 2005. 6. 23. 선고 2005두3059 판결은 비상장주식이 주당 7,500원에 거래된 사례 2건을 과세관청이 시가로 내세운 사안입니다. 그 무렵 같은 주식은 5,000원에서 9,000원 사이로 크게 오르내렸고 거래도 드물었습니다. 원심은 그 2건이 객관적 교환가치를 반영했다고 보기 부족하다며 보충적 평가방법으로 시가를 정했고, 대법원은 이를 수긍했습니다.

이 판결은 구 법인세법 시행령 기준입니다. 그러나 현행 법인세법 제52조 제2항도 시가를 정상 거래가격으로 정합니다. 그래서 현행법에서도 같은 취지로 볼 수 있습니다.

상장주식은 사정이 다릅니다. 장외에서 거래하거나 대량매매를 했다면 거래일의 거래소 최종시세가액이 시가입니다. 경영권 이전이 따르면 그 가액에 20%를 더합니다. 시가가 법령으로 정해지므로 증명책임을 두고 다툴 여지가 좁습니다. 상장주식에는 3억원·5% 기준도 적용되지 않습니다.

시가가 불분명하면 증명책임은 어떻게 되나요?

정상 거래가격을 찾을 수 없으면 시행령이 정한 순서로 시가를 계산합니다. 감정가액이 있으면 그 가액, 감정가액이 둘 이상이면 평균액입니다. 그다음은 상속세 및 증여세법의 평가방법을 준용한 가액입니다. 주식과 가상자산은 감정가액을 쓸 수 없습니다.

과세관청은 먼저 정상 거래가격이 없다는 점을 전제로 이 순서를 따라야 합니다. 정상 거래가격이 있는데도 바로 보충적 평가액으로 계산했다면 그 자체로 다툴 수 있습니다. 반대로 회사가 제3자 거래가격을 시가로 주장하려면 그 거래의 실재와 조건을 보여 줄 자료를 내야 실제 다툼이 됩니다.

결국 증명책임이 과세관청에 있어도 회사가 손을 놓아도 되는 것은 아닙니다. 회사가 거래 당시 만든 평가서와 협상 기록이 과세관청의 시가 주장을 흔드는 출발점이 됩니다.

회사가 미리 준비해 두면 좋은 자료는 무엇인가요?

거래가격이 어떻게 정해졌는지 보여 주는 자료입니다. 같은 시기 특수관계 없는 거래처와의 계약서와 세금계산서가 가장 직접적인 자료입니다. 거래 조건이 다르다면 그 차이를 숫자로 정리한 비교표가 필요합니다.

부동산이면 감정평가서를 거래 전에 받아 두는 것이 좋습니다. 비상장주식이면 감정가액을 쓸 수 없으므로 상속세 및 증여세법 방식의 평가서를 준비합니다. 금전 대여라면 회사의 차입 내역과 가중평균차입이자율 계산표를 남겨 둡니다.

이사회 의사록도 중요합니다. 가격을 정한 논의, 다른 대안과 비교한 내용, 외부 자문을 받은 사실이 기록되어 있으면 경제적 합리성 판단에도 쓰입니다. 거래 뒤 몇 년이 지나 세무조사를 받으면 담당자가 바뀌어 경위를 설명할 사람이 없는 경우가 많습니다. 서류가 그 공백을 메웁니다.

시가 다툼 대응 순서

• 과세 근거 확보 - 세무조사 결과통지나 고지서의 시가 산정 근거와 비교 거래 내역을 받아 둡니다.
• 비교 거래 검증 - 그 거래가 특수관계 없는 자 사이의 정상 거래인지, 시기와 조건이 같은지 따집니다.
• 산정 순서 점검 - 정상 거래가격이 있는데 보충적 평가액을 쓰지 않았는지, 주식에 감정가를 쓰지 않았는지 봅니다.
• 반대 자료 제출 - 회사가 가진 제3자 거래 자료와 평가서를 정리해 제출합니다.
• 불복 기한 관리 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할지 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 과세관청이 시가로 삼은 거래의 조건과 회사가 가진 자료에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부당행위계산 부인 사건의 시가 다툼과 조세심판·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 증명책임이 세무서에 있으면 회사는 아무 자료도 안 내도 되나요?
  원칙상 그렇지만 실제로는 자료를 내는 편이 낫습니다. 과세관청이 비교 거래를 내놓으면 그 거래가 왜 시가가 아닌지 회사가 짚어야 합니다. 그래야 법원이 판단할 수 있습니다.
• 특수관계인끼리 거래한 가격도 시가가 될 수 있나요?
  원칙적으로 어렵습니다. 시가는 특수관계 없는 자 사이의 정상 거래가격이기 때문입니다. 대법원도 회사와 대주주 사이의 거래가격을 다른 주식 거래의 시가로 보지 않았습니다.
• 비상장주식 시가를 감정평가로 증명할 수 있나요?
  법인세법상 시가가 불분명할 때 쓰는 감정가액에서 주식은 제외됩니다. 그래서 정상 거래가격이 없으면 상속세 및 증여세법 평가방법을 준용합니다. 감정서는 참고자료로만 쓰일 수 있습니다.
• 세무서가 고른 감정가액이 한 곳뿐이면 다툴 수 있나요?
  감정가액이 둘 이상이면 평균액이 시가입니다. 회사가 받은 다른 감정가액이 있다면 평균을 주장할 수 있습니다. 감정의 기준일과 전제 조건이 거래와 맞는지도 함께 보아야 합니다.
• 이자율 시가도 세무서가 증명해야 하나요?
  시행령이 가중평균차입이자율 등을 시가로 정해 두어 원칙적으로 그 이율이 기준입니다. 다만 그 이율을 시가로 볼 수 없는 사정이 있으면 과세관청이 정상 이자율을 증명해야 합니다.
• 시가 다툼에서 이기면 가산세도 함께 취소되나요?
  부당행위계산 부인이 취소되면 그에 따른 법인세와 가산세도 함께 취소됩니다. 일부 금액만 줄면 가산세도 줄어든 세액을 기준으로 다시 계산됩니다. 소득처분도 같은 범위로 바뀝니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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