세금

적격분할 후 분할신설법인 주식을 팔면 어떤 세금이 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

분할법인 지배주주 등이 받은 분할신설법인 주식을 사후관리 기간에 처분하면 분할신설법인에 세금이 추징됩니다. 미뤄 둔 양도차익과 공제받은 승계결손금이 익금에 들어가고 승계 감면도 추징됩니다. 세금은 주식을 판 주주가 아니라 분할신설법인이 냅니다. 다만 받은 주식의 2분의 1 미만만 처분했다면 부득이한 사유로 봅니다.

분할법인 지배주주 등이 받은 분할신설법인 주식을 사후관리 기간에 처분하면 분할신설법인에 세금이 추징됩니다. 미뤄 둔 양도차익과 공제받은 승계결손금이 익금에 들어가고 승계 감면도 추징됩니다. 세금은 주식을 판 주주가 아니라 분할신설법인이 냅니다. 다만 받은 주식의 2분의 1 미만만 처분했다면 부득이한 사유로 봅니다.

주주가 주식을 팔았는데 왜 회사에 세금이 나오나요?

적격분할의 과세특례를 받은 쪽이 분할신설법인이기 때문입니다. 적격분할을 하면 분할신설법인은 분할법인의 자산을 장부가액으로 넘겨받은 것으로 봅니다. 시가와 장부가액의 차이는 자산조정계정으로 따로 잡아 두고 나중에 처분할 때 과세합니다.

이 특례는 주주가 분할 뒤에도 지분을 유지해 사업을 계속한다는 전제 위에 서 있습니다. 그래서 지배주주 등이 받은 주식을 정해진 기간 안에 처분하면 전제가 무너진 것으로 보아 특례를 거둬들입니다. 그 결과 분할신설법인의 법인세가 늘어나는 구조입니다.

주식을 판 주주는 별도로 자기 양도소득세를 냅니다. 회사는 주주의 처분 때문에 법인세를 더 내게 되므로, 분할 직후 주주 사이에 처분 제한 약정을 두기도 합니다.

누가 주식을 처분하면 문제가 되나요?

분할법인의 지배주주 등이 대상입니다. 다만 지배주주 등 가운데 4촌 혈족과, 지분비율 1% 미만이면서 시가 기준 지분가액 10억원 미만인 주주는 제외됩니다. 일반 소액주주가 주식을 팔아도 이 규정의 사후관리 위반은 아닙니다. 따라서 상장회사 분할에서 시장에서 거래되는 소액주주 지분은 이 판단과 관계가 없습니다. 문제는 지배주주와 그 특수관계인이 보유한 지분입니다.

처분 비율에도 기준이 있습니다. 해당 주주들이 분할로 받은 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분했다면 부득이한 사유로 보아 추징하지 않습니다. 해당 주주끼리 서로 주식을 사고판 것은 처분으로 보지 않습니다.

그 밖의 부득이한 사유도 있습니다. 주주가 사망하거나 파산해 처분한 경우, 적격합병·적격분할 등 구조조정에 따라 처분한 경우가 해당합니다. 회생절차에서 법원 허가를 받아 처분한 경우와 법령상 의무를 이행하려고 처분한 경우도 포함됩니다.

추징되는 금액은 어떻게 계산하나요?

자산조정계정 잔액의 총합계가 0보다 크면 그 전액이 익금에 들어갑니다. 분할신설법인이 승계받은 결손금 가운데 이미 공제한 금액도 전액 익금에 산입합니다. 승계받아 공제한 감면과 세액공제액은 그 사업연도 법인세에 더해 납부하고 이후로는 적용받지 못합니다.

예를 들어 분할로 넘겨받은 공장의 장부가액이 50억원, 분할 당시 시가가 80억원이었다고 해 봅니다. 자산조정계정은 30억원이고, 지배주주가 받은 주식의 절반 이상을 2년 안에 팔면 그 사업연도에 30억원이 익금이 됩니다. 이미 감가상각으로 일부가 상계됐다면 남은 잔액만 익금이 됩니다.

분할매수차익이나 분할매수차손이 있었다면 사유가 생긴 날부터 분할등기일 후 5년이 되는 날까지 월할로 나누어 처리합니다. 이 계산을 위해 분할 사업연도 신고 때 자산조정계정 명세서를 제출하게 되어 있습니다.

지방세도 함께 따라옵니다. 적격분할로 취득한 사업용 재산은 2027. 12. 31.까지 취득세의 50%를 경감받습니다. 분할등기일부터 3년 안에 법인세법 사후관리 사유가 생기면 경감받은 취득세도 추징됩니다. 법인세는 다음 사업연도부터 2년, 취득세는 분할등기일부터 3년이어서 기간이 다르므로 따로 계산해야 합니다. 물적분할이라면 같은 구조에서 법인세법 제47조 제3항의 사후관리 사유가 추징 기준이 됩니다. 이 경우 주식을 받은 주주는 분할법인 자신입니다.

주식 처분 말고 다른 사후관리 사유도 있나요?

두 가지가 더 있습니다. 분할신설법인이 승계받은 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다. 또 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 분할 사업부문 근로자 수의 80% 미만으로 떨어지면 위반이 됩니다.

고용 요건만은 기간이 3년입니다. 사업 폐지 판단의 자산가액은 유형자산, 무형자산, 투자자산을 기준으로 합니다. 분할로 넘겨받은 공장을 매각하고 임차로 바꾸는 거래도 이 기준에 걸릴 수 있으므로 매각 전 비율 계산이 필요합니다. 분할 사업부문과 존속 사업부문에 함께 종사하던 근로자처럼 일부 근로자는 계산에서 뺄 수 있습니다. 분할 뒤 인력 재배치를 계획하고 있다면 이 기준부터 확인해야 합니다.

적격분할 주식 처분 대응 순서

• 대상 주주 확정 - 분할법인 지배주주 등 가운데 4촌 혈족과 소액 요건 해당자를 빼고 명단을 만듭니다.
• 처분 한도 계산 - 해당 주주들이 받은 전체 주식의 2분의 1 미만 범위를 수량으로 정리합니다.
• 주주 약정 체결 - 사후관리 기간 동안 처분·증여를 제한하거나 사전 협의하도록 약정합니다.
• 예외 사유 확인 - 상속, 회생, 적격 구조조정 등 부득이한 사유에 해당하는지 검토합니다.
• 추징 대비 - 위반이 불가피하면 자산조정계정 잔액과 추징세액을 미리 계산해 처분 시기를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처분한 주주의 범위와 처분 비율에 따라 추징 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 적격분할 이후 주주 지분 변동에 따른 법인세 사후관리 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지배주주가 신설법인 주식을 자녀에게 증여해도 처분인가요?
  직접 판단한 대법원 판결은 아직 없지만 처분으로 볼 수 있습니다. 비슷한 과세이연 규정에서 주식 증여를 처분으로 본 판결이 확정되었습니다. 무상 이전은 처분이 아니라는 반대 논거도 있어 2분의 1 미만 범위를 먼저 계산해야 합니다.
• 주주가 사망해 상속되면 사후관리 위반인가요?
  아니요, 주주가 사망해 주식이 처분된 경우는 부득이한 사유로 보아 추징하지 않습니다. 상속인이 그 뒤 다시 처분하는 경우는 따로 따져야 합니다.
• 사후관리 기간은 분할등기일부터 2년인가요?
  아니요, 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년입니다. 12월 결산법인이 연중에 분할했다면 실제 기간은 분할등기일부터 2년보다 길어집니다.
• 존속법인 주식을 팔아도 사후관리 위반인가요?
  이 규정은 분할신설법인등으로부터 받은 주식의 처분을 사유로 정하고 있습니다. 존속하는 분할법인 주식의 처분은 이 조항의 사유에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있습니다.
• 추징이 되면 분할 당시 분할법인도 다시 과세되나요?
  이 조항에 따른 익금산입과 감면 추징은 분할신설법인등에 대한 것입니다. 분할법인 쪽 과세는 분할 당시 적격 요건 충족 여부에 따라 별도로 판단합니다.
• 자산조정계정이 마이너스이면 익금이 없나요?
  자산조정계정 잔액 총합계가 0보다 작으면 없는 것으로 보아 그 부분 익금은 없습니다. 다만 승계결손금 공제액 익금산입과 감면·세액공제 추징은 따로 적용됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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