불복·환급

분식회계로 더 낸 법인세, 경정청구하면 바로 환급받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 분식회계로 과다 납부한 법인세는 경정청구가 받아들여져도 즉시 환급하지 않고 이후 사업연도 법인세에서 매년 100분의 20 한도로 나누어 공제합니다. 국세청은 감사인 지적으로 분식이 확인되고 검찰 수사나 감리가 진행 중이면 조치 전이라도 이 세액공제 방식을 적용한다고 해석했습니다. 지금은 분식 금액과 수사·감리 진행 상황을 날짜순으로 정리하는 것부터 시작하십시오.

경정청구 자체를 미룰 필요는 없습니다. 과다 납부한 세액은 경정청구를 해야 공제든 환급이든 받을 수 있고, 경정청구 기간은 법정신고기한이 지난 후 5년입니다.

이런 상담이 많습니다

상장법인 A사는 2025년 3월 외부감사 과정에서 감사인으로부터 2022·2023사업연도 매출을 부풀려 회계처리한 사실을 지적받았습니다. A사는 2025년 6월 부풀린 이익에 대해 낸 법인세 약 30억원을 돌려 달라는 경정청구를 했습니다. 그런데 분식회계 혐의로 검찰 수사와 금융감독원 감리가 진행 중이었고, 금융위원회의 조치는 아직 나오지 않은 상태였습니다. 재무담당 임원은 조치가 나오기 전이니 30억원을 바로 환급받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

분식회계로 더 낸 법인세는 바로 돌려받을 수 있나요?

아니요, 사업보고서나 감사보고서에서 수익·자산을 부풀리거나 비용·부채를 줄여 법인세를 더 냈다면, 경정청구가 받아들여져도 그 세액은 환급하지 않고 이후 사업연도 법인세에서 나누어 공제합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 각 사업연도마다 과다 납부한 세액의 100분의 20까지만 공제하도록 정합니다.

이 특례가 적용되려면 두 가지 요건이 모두 필요합니다. 하나는 사업보고서나 외부감사 감사보고서를 낼 때 사실과 다르게 회계처리했을 것이고, 다른 하나는 법인이나 감사인, 소속 공인회계사가 임원해임권고, 과징금, 징역 또는 벌금형 선고 같은 조치를 받았을 것입니다.

국세청은 조치 전 경정청구를 어떻게 해석했나요?

국세청은 감사인의 회계감사로 분식회계 사실이 확인되고 검찰 수사나 금융감독원 회계감리가 진행 중인 상태에서 경정청구를 했다면, 경고·주의 조치를 받기 전이라도 사실과 다른 회계처리에 따른 세액공제 규정을 적용한다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석법인-4352, 2016. 10. 18.). 즉시 환급하지 않는다는 결론입니다.

회신은 이 규정이 분식회계를 막으려고 만들어졌다는 입법 취지를 이유로 들었습니다. 분식 사실이 확인되고 수사까지 시작됐는데 조치가 나오기 전이라는 이유로 바로 환급하면 규정이 무의미해진다는 것입니다. 다만 법 문언은 조치를 받을 것을 요건으로 적고 있어, 조치가 끝내 나오지 않거나 무혐의로 끝난 경우까지 같은 결론이 유지되는지는 사실관계에 따라 다툴 여지가 있습니다.

2016년 개정 뒤 공제 방식은 어떻게 바뀌었나요?

회신 당시 검토 내용은 5년간 이월공제한 뒤 남은 금액을 환급하는 구조를 전제로 했지만, 2016. 12. 20. 개정된 현행법에는 5년 뒤 환급 규정이 없고 각 사업연도 100분의 20 한도로 공제한 뒤 남은 금액을 계속 이월합니다. 그 결과 법인세 부담이 적은 해가 이어지면 공제가 길어질 수 있습니다.

경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 수정신고로 낼 세액이 있으면, 그 세액에서 과다 납부한 세액을 100분의 20 한도로 먼저 공제합니다.

같은 사업연도에 분식회계 외의 다른 경정청구 사유가 섞여 있으면 과다 계상한 과세표준 비율로 나누어 공제 대상과 환급 대상을 가릅니다.

공제가 남은 상태에서 회사가 해산하면 어떻게 되나요?

합병이나 분할로 해산하면 남은 과다 납부 세액은 합병법인이나 분할신설법인이 넘겨받아 계속 공제하고, 그 밖의 사유로 해산하면 청산소득에 대한 법인세를 빼고 남은 금액을 즉시 환급합니다. 공제 기간 중 조직개편을 계획한다면 승계 여부를 미리 확인해야 합니다.

분식회계 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?

세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 경정을 거부하거나 세액공제 방식으로만 처리했다면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

분식결산으로 신고한 법인이 나중에 분식을 이유로 세금을 다투는 것이 신의성실 원칙에 어긋나는지도 자주 문제 됩니다. 대법원은 과거 언동에 반하는 행위이기는 하지만 신의칙 위반이라고 할 정도의 심한 배신행위로 보기 어렵다는 원심 판단을 유지한 바 있습니다.

분식회계 경정청구 대응 순서

• 분식 내용 확정 - 감사인의 지적 사항과 수정 재무제표를 기준으로 사업연도별 과다 계상 이익을 정리합니다. 분식과 무관한 경정 사유는 따로 구분합니다.
• 조치 진행 상황 기록 - 검찰 수사, 금융감독원 감리, 금융위원회 조치의 시작일과 결과를 날짜순으로 적어 둡니다. 세액공제 특례 적용 여부의 기준이 됩니다.
• 경정청구서 제출 - 법정신고기한 후 5년 안에 과세표준 및 세액의 경정청구서를 냅니다. 분식 경위와 수정 재무제표, 감사보고서를 첨부합니다.
• 세액공제명세서 관리 - 경정 후에는 매년 법인세 신고 때 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다납부한 금액의 세액공제명세서를 작성해 남은 금액을 이월합니다.
• 거부·축소 처리 시 불복 - 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토하고, 이의신청은 선택 절차로만 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조치 여부와 분식 금액의 범위는 감사보고서와 감리 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분식회계 세액공제는 매년 얼마까지 받나요?
  각 사업연도마다 과다 납부한 세액의 100분의 20까지 공제합니다. 그 해 법인세액이 적어 다 공제하지 못한 금액은 다음 사업연도로 넘어가 계속 공제합니다. 2016. 12. 20. 개정 전처럼 5년 뒤 남은 금액을 환급하는 규정은 현행법에 없습니다.
• 금융위원회 조치가 없으면 바로 환급되나요?
  법 문언은 경고·주의 등 조치를 요건으로 정하지만, 국세청은 분식이 확인되고 수사나 감리가 진행 중이면 조치 전이라도 세액공제 방식을 적용한다고 해석합니다. 조치가 끝내 없었다면 그 사정을 근거로 환급을 다툴 여지가 있습니다.
• 어떤 조치가 경고·주의 등 조치에 해당하나요?
  자본시장법상 임원해임권고 등 조치와 과징금, 징역·벌금형 선고, 외부감사법상 감사인 등록취소나 업무정지 건의, 감사업무 제한, 임원 해임권고, 유가증권 발행제한 등이 해당합니다. 단순한 감리 착수나 수사 개시는 조치 목록에 없습니다.
• 분식회계 경정청구는 언제까지 해야 하나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 해야 합니다. 이 기간이 지나면 세액공제 특례든 환급이든 받을 수 없으므로 오래된 사업연도부터 기한을 확인하십시오. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 분식과 다른 경정 사유가 섞여 있으면 어떻게 하나요?
  같은 사업연도에 다른 경정청구 사유가 있으면 분식으로 과다 계상한 과세표준이 전체 과다 계상 과세표준에서 차지하는 비율만큼만 세액공제 대상이 됩니다. 나머지는 일반 경정청구처럼 처리됩니다.
• 공제 중 회사가 합병되면 남은 금액은요?
  합병이나 분할로 해산하면 합병법인이나 분할신설법인이 남은 과다 납부 세액을 넘겨받아 계속 공제합니다. 청산으로 해산하면 청산소득 법인세를 뺀 나머지를 즉시 환급받습니다. 조직개편 일정을 잡을 때 이 차이를 함께 따져 보십시오.
• 분식한 회사가 세금을 다투면 신의칙 위반인가요?
  대법원은 분식결산으로 신고한 뒤 분식을 이유로 과세처분 취소를 구하는 것이 과거 언동에 반하기는 하나 신의칙 위반이라 할 정도의 배신행위는 아니라는 원심 판단을 유지했습니다. 따라서 분식을 이유로 한 경정청구나 불복 자체가 막히지는 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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