불복·환급

추계로 종합소득세를 신고했는데 장부로 다시 계산해 경정청구할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

국세청은 추계신고 후 장부 방식으로 바꾸는 경정청구를 받아들이지 않지만, 조세심판원은 간편장부대상자라면 증빙으로 확인되는 경비를 빼 다시 계산해야 한다고 결정했습니다. 복식부기의무자는 경정청구를 해도 무신고가산세가 소급해 없어지지 않아 실익이 작으므로, 의무 구분과 증빙부터 확인해야 합니다.

장부 없이 업종별 경비율로 소득을 계산하는 추계신고는 간편하지만, 실제 경비가 많은 해에는 세금을 더 내게 됩니다. 뒤늦게 장부와 영수증으로 다시 계산해 돌려받을 수 있는지는 간편장부대상자인지 복식부기의무자인지에 따라 결론이 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 상가 한 곳을 임대하며 2023년 임대수입이 6,800만원이었고 2024년에는 7,200만원이었습니다. 2025. 5. 2024년 귀속 종합소득세를 기준경비율로 추계신고했는데, 그해 상가 담보대출 이자 2,400만원과 방수 공사비 600만원을 냈습니다. 2026. 9. 장부로 계산했다면 세금이 크게 줄었을 것이라는 말을 들은 C씨는, 이미 추계로 신고한 세금을 장부 기준으로 경정청구할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청과 조세심판원은 왜 결론이 다른가요?

국세청은 법정신고기한 안에 추계로 신고한 뒤 장부에 의한 방법으로 바꿔 신고서를 내는 것은 수정신고나 경정청구 대상이 아니라고 봅니다. 신고 방법을 고르는 일은 신고할 때 끝난다는 입장입니다. 실제로 세무서는 이런 경정청구를 거부하는 경우가 많습니다.

조세심판원의 판단은 다릅니다. 간편장부대상자가 추계로 신고했더라도 장부와 증빙으로 소득금액을 계산할 수 있다면 실지조사 방법으로 다시 계산할 수 있고, 증빙으로 확인되는 필요경비를 빼 세액을 경정해야 한다고 결정했습니다. 세무서만 장부로 경정할 수 있고 납세자는 못 한다고 볼 근거가 없다는 이유입니다.

C씨는 직전 연도 임대수입이 7,500만원에 못 미쳐 간편장부대상자입니다. 거부 통지를 받더라도 심판청구에서 다툴 여지가 있습니다. 세무서 단계에서 거부될 수 있다는 점을 감안해, 처음 경정청구서를 낼 때부터 조세심판원 결정 요지와 비용별 계산표를 붙여 두면 심판청구에서도 같은 자료를 그대로 쓸 수 있습니다.

다만 심판원 결정은 개별 사건에 대한 판단이므로 모든 청구가 받아들여지는 것은 아닙니다. 결정도 청구인이 낸 이자 내역이 그 사업장의 필요경비인지는 따로 따지고, 증빙으로 사업 관련 필요경비로 확인되는 금액만 빼도록 했습니다. 결국 승부는 증빙에서 갈립니다.

복식부기의무자가 추계신고했다면 어떻게 되나요?

복식부기의무자가 장부 대신 추계로 신고하면 재무제표와 조정계산서를 내지 않은 것이 되어 신고를 하지 않은 것으로 봅니다. 그래서 무신고가산세와 무기장가산세 가운데 큰 금액이 붙습니다.

법원은 이런 사업자도 신고서를 기한 안에 냈으므로 경정청구 자체는 할 수 있다고 보았습니다. 그러나 뒤늦게 재무제표를 내도 무신고가산세의 근거가 소급해 사라지지 않고, 필요경비를 증빙 없이 0원으로 다시 잡은 장부는 복식부기 장부로 볼 수 없다며 환급을 거부한 처분을 유지했습니다.

결국 복식부기의무자는 경정청구로 본세 일부를 바로잡을 수는 있어도 가산세까지 되돌리기는 어렵습니다. 처음 신고 때 장부로 신고하는 것이 가장 확실한 방법입니다.

장부로 다시 계산할 때 무엇을 증명해야 하나요?

경정청구에서 필요경비는 납세자가 증빙으로 증명해야 합니다. 대출이자는 대출 약정서와 이자 납입 내역, 그 대출금이 상가 취득이나 운영에 쓰였다는 자금 흐름이 필요합니다. 수선비는 계약서와 세금계산서, 이체 내역으로 실제 지출과 사업 관련성을 보여야 합니다.

같은 사업장의 소득을 일부는 장부로, 일부는 추계로 계산할 수는 없습니다. 국세청도 같은 사업장 안에서 섞어 계산하지 못한다고 봅니다. 경정청구를 하려면 그 사업장의 수입과 경비 전체를 장부로 다시 정리해야 합니다.

반대로 신고를 아예 하지 않아 세무서가 결정하는 경우에도, 사업자가 갖춘 장부와 증빙이 객관적이라면 그 장부로 소득을 계산할 수 있습니다. 장부가 인정되지 않을 때만 추계로 넘어갑니다.

경정청구를 하면 세무서는 무엇을 확인하나요?

경정청구를 받은 세무서는 신고한 세액이 세법에 따라 냈어야 할 정당한 세액을 넘는지 조사하고 확인해야 합니다. 그래서 경비 증빙만이 아니라 임대차계약서, 통장 입금 내역처럼 수입이 빠짐없이 장부에 들어갔는지도 함께 봅니다. 경정청구를 거부한 처분을 다투는 소송에서도 세무서는 처음 내세운 거부 이유 외의 다른 이유를 새로 주장할 수 있습니다.

다시 정리한 장부에서 신고하지 않은 수입이 드러나면 그 부분은 오히려 세금을 더 내야 할 수 있습니다. 보증금에 대한 간주임대료나 관리비 수입처럼 놓치기 쉬운 항목을 먼저 점검한 뒤 청구하는 편이 안전합니다.

추계신고 경정청구 대응 순서

• 의무 구분 확인 - 직전 연도 수입금액으로 간편장부대상자인지 복식부기의무자인지 확인합니다.
• 장부 다시 작성 - 해당 사업장의 수입과 경비 전체를 증빙과 맞춰 장부로 정리합니다.
• 세액 비교 - 추계와 장부 방식의 세액을 지방소득세까지 계산해 실익을 봅니다.
• 경정청구서 제출 - 법정신고기한 후 5년 안에 장부와 증빙을 붙여 냅니다.
• 2개월 결과 확인 - 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.
• 심판청구 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 결정례를 들어 변호사와 함께 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 장부 의무의 종류와 증빙으로 확인되는 경비의 범위에 따라 경정청구가 받아들여질지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 추계신고 사업자의 경정청구, 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 추계신고 후 장부로 경정청구가 되나요?
  국세청은 추계로 신고한 뒤 장부 방식으로 바꾸는 것은 경정청구 대상이 아니라고 봅니다. 반면 조세심판원은 간편장부대상자가 장부와 증빙으로 소득을 계산할 수 있으면 다시 계산해 경정해야 한다고 결정했습니다.
• 세무서가 거부하면 어떻게 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 간편장부대상자라면 조세심판원이 경정을 인정한 결정례가 있으므로, 증빙을 갖춰 다툴 실익이 있는지 먼저 검토하는 것이 좋습니다.
• 복식부기의무자도 경정청구할 수 있나요?
  법원은 신고서를 기한 안에 냈다면 경정청구 자체는 할 수 있다고 보았습니다. 다만 추계신고로 붙은 무신고가산세는 뒤늦게 장부를 내도 소급해 없어지지 않아 환급 실익이 크지 않을 수 있습니다.
• 비용 일부만 장부로 넣어도 되나요?
  같은 사업장의 소득을 일부는 장부로, 일부는 추계로 나눠 계산할 수 없습니다. 경정청구를 하려면 그 사업장의 수입과 경비 전체를 증빙에 맞춰 장부로 다시 정리해야 하고, 큰 비용만 골라 넣을 수는 없습니다.
• 어떤 증빙이 필요한가요?
  대출이자는 약정서, 이자 납입 내역과 대출금이 사업에 쓰인 자금 흐름이 필요합니다. 수선비는 계약서, 세금계산서, 이체 내역으로 실제 지출과 사업 관련성을 보여야 하며 영수증만으로는 부족할 수 있습니다.
• 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  종합소득세 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 세무서가 2개월 안에 통지하지 않으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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