감면·공제

병원 직원으로 받은 중소기업 취업자 감면, 대상 업종이 아니라며 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

중소기업 취업자 소득세 감면은 시행령이 열거한 24개 업종을 주된 사업으로 하는 회사에 다닐 때만 받습니다. 병원·의원 같은 보건업이나 대표 친족은 대상이 아니어서, 부적격 통지를 받으면 덜 걷힌 세액의 105%를 다시 내야 합니다. 퇴사 후 부과되면 90일 안에 다툴 수 있습니다.

중소기업 취업자 감면은 회사가 중소기업이기만 하면 받는다고 오해하기 쉽습니다. 실제로는 회사의 주된 업종과 근로자 본인의 관계까지 따지므로, 감면을 몇 년 받은 뒤에 부적격 통지를 받는 일이 생깁니다. 모든 통지가 정당한 것은 아니므로 업종 판단의 근거부터 확인해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 27세였던 2023. 3. 개인 의원에 간호사로 취업해 중소기업 취업자 감면을 신청했고, 회사는 매달 감면율을 적용해 원천징수했습니다. 2026. 9. 의원 측은 세무서에서 의원은 감면 대상 업종이 아니라는 통지를 받았다며, 그동안 덜 걷힌 세액 450만원의 105%를 10월 급여에서 떼겠다고 알려 왔습니다. F씨는 연말에 퇴사할 예정입니다. F씨는 이 금액을 정말 한 번에 내야 하는지, 다툴 방법이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 회사에 다녀야 감면을 받나요?

감면은 청년, 60세 이상인 사람, 장애인, 경력단절 근로자가 중소기업기본법상 중소기업 중 시행령이 정한 업종을 주된 사업으로 하는 회사에 2026. 12. 31.까지 취업한 경우에 받습니다. 청년은 취업일부터 5년, 그 밖의 사람은 3년 동안 소득세의 90% 또는 70%를 과세기간별 200만원 한도로 감면합니다.

감면 기간은 처음 감면받은 회사의 취업일부터 셉니다. 다른 대상 중소기업으로 옮기거나 같은 회사에 다시 들어가도 기간이 새로 시작되지 않으므로, 이직 뒤 새 회사에서 다시 5년을 받는 것으로 신청하면 나중에 기간 초과분이 정산 대상이 됩니다.

감면을 받으려면 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 회사에 감면신청서를 내야 하고, 회사는 신청 다음 달 10일까지 명단을 세무서에 냅니다. 이 명단 확인 과정에서 업종이나 인적 요건이 맞지 않는 사람이 걸러집니다.

대상 업종은 제조업, 건설업, 도매 및 소매업, 정보통신업, 사회복지 서비스업, 컴퓨터 학원 등 24개(제1호부터 제23호까지와 제18호의2)로 정해져 있습니다. 병원·의원 같은 보건업, 금융·보험업, 법무·회계·세무 같은 전문 서비스업, 일반 교습학원은 목록에 없습니다. 주점업, 부동산 임대업, 수의업, 통관업처럼 업종 안에서 따로 빠진 것도 있습니다.

국가·지방자치단체, 공공기관, 지방공기업은 업종과 관계없이 제외됩니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「조세특례제한법」과 같은 법 시행령에서도 이 업종 목록과 취업 기한은 그대로입니다.

업종 말고 사람 때문에 감면이 빠지는 경우도 있나요?

회사 업종이 맞아도 근로자가 임원이거나, 최대주주나 대표자와 그 배우자, 그들의 직계존비속과 친족이면 감면을 받을 수 없습니다. 일용근로자와 국민연금·건강보험 직장가입자 보험료 납부가 확인되지 않는 사람도 제외됩니다. 다만 국민연금 가입 대상이 아니거나 건강보험 가입자가 되지 않는 사람에게는 보험료 납부 확인을 요구하지 않습니다. 청년과 60세 이상 여부는 근로계약 체결일 현재 나이로 따지고, 청년은 병역을 마친 기간을 6년 한도로 빼고 계산합니다.

가족 회사에 다니는 자녀나 조카가 감면을 받다가 세무서 확인 과정에서 부적격 통지를 받는 경우가 많습니다. 친족관계는 국세기본법 시행령이 정한 범위로 따지므로, 촌수와 혼인 관계를 정확히 확인해야 합니다.

감면이 잘못 적용되면 얼마를 다시 내나요?

세무서는 회사가 낸 감면 대상자 명단을 확인해 요건에 맞지 않으면 회사에 통지합니다. 통지를 받은 회사는 그 뒤 급여를 줄 때 원래 원천징수했어야 할 세액에 못 미친 금액 합계의 105%를 그달 원천징수세액에 더해 걷습니다.

F씨의 경우 덜 걷힌 세액 450만원에 105%를 곱한 472만 5천원이 10월 급여에서 원천징수됩니다. 법은 이 금액을 통지 뒤 급여를 줄 때 걷도록 정하고 있어, 나눠 걷는 방법은 따로 두지 않았습니다. 지방소득세는 별도입니다.

퇴사했다면 누가 걷나요?

통지를 받기 전에 근로자가 퇴사했다면 회사는 그 사실을 세무서에 알리고, 근로자 주소지 관할 세무서가 덜 걷힌 세액의 105%를 소득세로 바로 부과합니다. 퇴사 후 근로자가 직접 세무서에 감면을 신청했다가 요건에 맞지 않는 것으로 확인된 경우도 같습니다.

세무서가 근로자에게 직접 부과하면 그 고지는 불복의 대상이 됩니다. 회사의 주된 사업이 실제로는 대상 업종이라는 자료, 예를 들어 사업자등록 업종과 매출 구성, 실제 영업 내용을 정리해 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 다툴 수 있습니다.

감면 부적격 통지 대응 순서

• 통지 내용 확인 - 회사가 받은 통지가 업종 때문인지, 친족·임원 같은 인적 요건 때문인지 확인합니다.
• 주된 사업 자료 확보 - 사업자등록 업종, 매출 구성, 실제 영업 내용을 모아 대상 업종인지 따집니다.
• 회사와 정산 협의 - 105% 원천징수 시점과 금액을 회사와 확인하고 퇴사 일정과 맞춰 봅니다.
• 퇴사자 부과 대응 - 주소지 세무서가 부과하면 납부고지서의 근거와 계산을 확인합니다.
• 이의신청·심판청구 - 업종 판단에 다툴 여지가 있으면 고지를 받은 날부터 90일 안에 변호사와 불복을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 회사의 주된 사업이 무엇인지와 근로자가 회사 대표와 어떤 관계인지에 따라 감면 부적격 판단이 달라집니다. 법무법인 윤성은 중소기업 취업자 감면 추징에 대한 이의신청·조세심판 청구와 원천징수 정산 분쟁을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중소기업이면 어느 회사든 취업자 감면을 받나요?
  아닙니다. 시행령이 열거한 24개 업종을 주된 사업으로 하는 중소기업이어야 합니다. 공공기관과 지방공기업은 업종과 관계없이 제외됩니다.
• 병원이나 회계사무소 직원도 감면을 받을 수 있나요?
  보건업과 법무·회계·세무 같은 전문 서비스업은 대상 업종 목록에 없습니다. 실제 주된 사업이 무엇인지에 따라 판단하므로 회사 업종 자료를 확인해야 합니다.
• 아버지 회사에 다니면 감면이 안 되나요?
  최대주주나 대표자의 배우자, 직계존비속과 그 배우자, 국세기본법 시행령이 정한 친족은 감면 대상에서 빠집니다.
• 부적격 통지를 받으면 얼마를 다시 내나요?
  원래 원천징수했어야 할 세액에 못 미친 금액 합계의 105%를 회사가 통지 뒤 급여에서 원천징수합니다. 지방소득세는 별도입니다.
• 이미 퇴사했으면 누가 걷나요?
  회사가 퇴사 사실을 세무서에 알리고, 근로자 주소지 관할 세무서가 덜 걷힌 세액의 105%를 소득세로 바로 부과합니다.
• 부과된 세금은 다툴 수 있나요?
  세무서가 직접 부과한 경우 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다. 회사의 주된 사업이 대상 업종이라는 자료를 갖춰야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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