감면·공제

중소기업에 취업한 청년인데 소득세 감면은 언제까지 어떻게 신청하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.28 갱신

중소기업 취업 청년 소득세 감면은 감면신청서에 병역 증명서류를 붙여 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 회사에 내면 신청이 끝납니다. 조세특례제한법 제30조와 시행령 제27조 제5항이 대상과 신청 절차를 정하고, 감면은 취업일부터 5년간 소득세의 100분의 90입니다. 지금은 근로계약서상 계약일과 병역복무기간부터 확인해 두십시오.

기한을 넘겼다고 감면 자체가 사라지는 것은 아닙니다. 재직 중이면 회사에 늦게라도 신청서를 내고, 이미 퇴직했으면 주소지 관할 세무서장에게 직접 신청할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨(29세)는 2025년 3월 3일 직원 40명 규모의 소프트웨어 개발 중소기업에 입사했습니다. 입사 첫해 연말정산 때 동료가 소득세 감면 이야기를 꺼내 확인해 보니 신청 기한인 2025년 4월 30일이 이미 지난 뒤였습니다. A씨는 회사에 감면신청서와 병역복무기간 증명서류를 냈고, 회사는 다음 달 10일까지 세무서에 명단을 제출했습니다. 감면기간은 늦게 신청했더라도 취업일부터 계산하므로, A씨는 2030년 3월이 속하는 달까지 소득세의 100분의 90을 연 200만원 한도로 감면받게 됩니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중소기업 취업 청년 소득세 감면은 누가 얼마나 받나요?

근로계약 체결일 현재 15세 이상 34세 이하인 청년이 대상이고, 취업일부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 소득세의 100분의 90을 과세기간별 200만원 한도로 감면받습니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「조세특례제한법」은 2012년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 중소기업체에 취업하는 경우를 대상으로 합니다. 60세 이상, 장애인, 경력단절 근로자는 3년간 100분의 70입니다.

병역을 이행한 사람은 그 기간을 6년 한도로 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼서 34세 이하인지 봅니다. 현역병(상근예비역, 의무경찰·의무소방원 포함), 사회복무요원, 현역 장교·준사관·부사관 복무가 여기에 해당합니다. 그래서 군 복무 2년을 마친 36세도 청년 감면 대상이 될 수 있습니다.

감면 대상 기업은 중소기업기본법상 중소기업으로서 제조업·건설업·도소매업·정보통신업 등 시행령이 정한 업종을 주된 사업으로 하는 곳입니다. 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업은 제외되고, 부동산 임대업·주점업·전문직 일부 업종도 빠집니다. 임원, 최대주주와 그 배우자·직계존비속, 일용근로자, 국민연금·건강보험 납부 사실이 확인되지 않는 사람도 대상이 아닙니다.

감면 신청은 어떤 서류를 언제 어디에 내나요?

중소기업 취업자 소득세 감면신청서에 병역복무기간을 증명하는 서류 등을 붙여 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수의무자인 회사에 냅니다. 회사는 신청서를 받은 달의 다음 달부터 감면율을 적용해 매월 소득세를 원천징수할 수 있습니다.

회사는 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신청자 명단을 원천징수 관할 세무서장에게 냅니다. 퇴직한 뒤라면 근로자가 주소지 관할 세무서장에게 직접 감면을 신청할 수 있습니다.

이직하거나 군 복무 후 복직하면 감면기간은 어떻게 되나요?

감면기간은 처음 감면받은 최초 취업일부터 계산합니다. 다른 중소기업으로 옮기거나 같은 회사에 재취업해도, 합병·분할·사업 양도로 고용이 승계돼도 기산일은 바뀌지 않습니다. 첫 회사에서 2년을 받았으면 다음 회사에서는 남은 3년만 받습니다.

병역을 마친 뒤 1년 이내에 복무 전에 다니던 중소기업에 복직하면 복직한 날부터 2년이 되는 날까지 감면되고, 복직일이 최초 취업일부터 5년이 지나지 않았으면 최초 취업일부터 7년이 되는 날까지로 늘어납니다. 요건에 맞지 않는 사람이 감면받은 사실이 확인되면 회사는 덜 낸 세액에 100분의 105를 곱한 금액을 추가로 원천징수합니다.

중소기업 취업 청년 소득세 감면 대응 순서

• 나이·병역 확인 - 근로계약 체결일 기준 34세 이하인지, 병역기간(6년 한도)을 빼면 34세 이하가 되는지 확인합니다. 병역기간은 복무확인서로 증명합니다.
• 회사 업종 확인 - 회사가 중소기업이고 감면 대상 업종인지 사업자등록증과 중소기업확인서로 확인합니다. 임원·최대주주 친족은 제외됩니다.
• 감면신청서 제출 - 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 회사에 냅니다. 늦었으면 재직 중 회사에, 퇴직 후에는 주소지 세무서에 냅니다.
• 원천징수 반영 확인 - 회사가 다음 달부터 감면율을 적용했는지 급여명세서로 확인합니다. 반영이 안 됐으면 연말정산에서 정산합니다.
• 이직 시 기산일 관리 - 최초 취업일과 감면받은 기간을 기록해 다음 회사에 남은 기간만 신청합니다. 최초 취업일이 기준입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 회사가 감면 대상 업종인지 애매하거나 최대주주와 친족관계가 얽혀 있으면 사업자등록증·주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 경정거부처분 취소소송과 후발적 경정청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 신청 기한을 넘기면 감면을 못 받나요?
  아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제27조 제5항의 기한은 회사가 원천징수에 감면율을 반영하는 시점을 정한 것이고, 감면기간은 제30조 제1항에 따라 최초 취업일부터 계산됩니다. 재직 중이면 회사에 늦게라도 신청서를 내고, 퇴직했으면 제30조 제2항 단서에 따라 주소지 관할 세무서장에게 직접 신청할 수 있습니다.
• 군 복무를 마친 36세도 청년 감면을 받을 수 있나요?
  받을 수 있습니다. 조세특례제한법 시행령 제27조 제1항 제1호는 현역병·사회복무요원·현역 장교·준사관·부사관 복무기간을 6년 한도로 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 나이가 34세 이하이면 청년에 포함합니다. 36세라도 복무기간이 2년 이상이면 요건을 충족합니다.
• 감면 한도 200만원은 어떻게 계산하나요?
  과세기간별로 감면세액이 200만원을 넘지 못합니다. 조세특례제한법 제30조 제1항은 소득세의 100분의 90(청년 외는 100분의 70)을 감면하되 과세기간별 200만원을 한도로 정하고, 시행령 제27조 제8항은 다른 종합소득이 있을 때 근로소득금액과 중소기업 급여 비율로 안분해 한도를 계산하도록 합니다.
• 다른 중소기업으로 이직하면 5년을 다시 받나요?
  아닙니다. 조세특례제한법 제30조 제1항 후단은 다른 중소기업체에 취업하거나 재취업하는 경우, 합병·분할·사업 양도로 고용이 승계되는 경우에도 감면기간을 최초 취업일부터 계산한다고 정합니다. 첫 회사에서 2년을 받았으면 새 회사에서는 남은 3년만 받습니다.
• 회사 대표의 자녀도 감면 대상인가요?
  아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제27조 제2항은 임원, 최대주주·최대출자자(개인사업자는 대표자)와 그 배우자, 이들의 직계존비속과 그 배우자, 친족관계인 사람, 일용근로자, 국민연금·건강보험 납부 사실이 확인되지 않는 사람을 감면 대상에서 제외합니다.
• 요건이 안 되는데 감면받으면 어떻게 되나요?
  추가 징수됩니다. 조세특례제한법 제30조 제4항에 따라 세무서장이 요건 미충족 사실을 회사에 통지하면, 회사는 제5항에 따라 통지 후 급여를 지급할 때 당초 원천징수했어야 할 세액에 미달하는 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 더해 원천징수합니다. 퇴직자는 주소지 세무서장이 같은 금액을 부과합니다.
• 2027년에 취업해도 감면이 되나요?
  현행 조문으로는 안 됩니다. 조세특례제한법 제30조 제1항은 2012년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 중소기업체에 취업하는 경우를 대상으로 정합니다. 적용기한은 세법 개정으로 연장돼 온 조항이므로 2026년 말 개정 여부를 확인해야 합니다.

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