양도소득세
가족 지분까지 합쳐 대주주라며 주식 양도세를 내라는데 맞나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신
본인과 특수관계인을 합쳐 최대주주가 아니면 가족 지분 합산 자체가 틀린 과세입니다. 소득세법 시행령 제157조는 최대주주 쪽인 경우에 배우자·직계존비속 지분을 합산하도록 정하고, 그렇지 않으면 본인 지분만으로 판단합니다. 기준일은 직전 사업연도 종료일입니다.
본인과 특수관계인을 합쳐 최대주주인지부터 확인합니다
합산은 최대주주에 해당할 때 따라오는 효과이므로, 본인과 특수관계인의 합계가 그 법인의 최대주주가 아니면 합산 자체가 잘못된 것입니다. 주주명부와 가족관계 자료로 누구의 지분이 더해졌는지를 먼저 특정해야 합니다. 최대주주가 아니라는 점이 확인되면 본인 지분만으로 대주주 여부를 다시 판단합니다.
지분율과 시가총액은 기준이 서로 다르게 붙습니다
코스피 상장법인은 지분율 1퍼센트, 코스닥은 2퍼센트, 코넥스는 4퍼센트 이상이면 대주주이고, 종목별 보유 시가총액이 직전 사업연도 종료일 기준 50억원 이상인 경우도 대주주입니다. 시가총액 기준은 2024년 1월 1일 이후 양도분부터 50억원입니다. 지분율은 연중 취득으로 기준을 넘긴 날부터 대주주가 되지만 시가총액 기준은 직전 사업연도 종료일 하루의 평가액만 보므로, 두 기준의 기산점을 나누어 계산해야 합니다.
대주주가 맞더라도 취득가액 증명을 먼저 세웁니다
대주주는 과세표준 3억원 이하 20퍼센트, 초과분 25퍼센트로 과세되고, 보유 기간 1년 미만인 중소기업 외 법인의 주식은 30퍼센트입니다. 신고는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 예정신고하고 다음 해 5월 확정신고로 정산합니다. 오래 보유한 주식은 취득가액 증명 여부가 세액을 크게 좌우하므로, 세율을 다투기 전에 취득 경위 자료부터 모아야 합니다.
경정청구와 불복, 증여세를 한 흐름으로 봅니다
대주주가 아닌데 신고·납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구할 수 있고, 이미 고지받은 세액은 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툽니다. 주주명부, 가족관계 자료, 기준일 시세 자료가 청구의 뼈대가 됩니다. 기준일 전에 가족에게 주식을 넘긴 경우에는 그 이전 자체가 증여세 대상이 되고 상장주식은 평가기준일 전후 2개월 종가 평균으로 평가되므로, 양도소득세와 증여세를 함께 보아야 합니다.
준비 자료와 질문
기준일 현재의 주주명부, 가족관계증명서, 직전 사업연도 종료일의 종가와 보유 수량, 주식 취득 경위와 취득가액 증빙, 받은 고지서와 신고서를 준비합니다. 질문은 ‘본인과 특수관계인 합계가 최대주주인가’, ‘지분율과 시가총액 중 어느 기준으로 걸렸는가’, ‘경정청구와 불복 중 어느 쪽인가’로 나누면 좋습니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.
이 상황에서 자주 묻는 것
기준일 지분 내역과 가족관계, 받은 고지서와 궁금한 점을 정리해 보세요.
질문을 정리하는 과정은 상담 범위를 미리 정하거나 제한하지 않습니다. 자료 제출과 유료 상담은 선택이고, 정보만 확인하고 끝내셔도 됩니다. 온라인 상담은 55,000원부터입니다.
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출처
2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.
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