양도소득세

고가 다가구주택을 팔 때 땅과 건물의 양도차익을 따로 계산할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 1세대 1주택인 고가 다가구주택을 팔 때도 땅과 건물의 양도차익을 자산별로 따로 계산하고 장기보유특별공제도 각각 적용할 수 있습니다. 국세청은 토지와 건물을 함께 양도하면 자산별로 양도차익과 공제액을 계산한다고 회신했습니다. 지금은 땅과 건물을 산 날이 같은지, 계약서에 가액이 나뉘어 있는지부터 확인해야 합니다.

땅과 건물을 한 장의 계약서로 팔았다고 해서 양도차익을 하나로 묶어 계산해야 하는 것은 아닙니다. 자산별로 나눠 계산하고 장기보유특별공제도 각각 적용할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2005년에 산 다가구주택 한 채를 2026년 7월 18억원에 팔았습니다. 이 집 한 채뿐이어서 1세대 1주택이지만 12억원을 넘는 고가주택입니다. 처음 살 때 계약서를 이사 중에 잃어버려 취득가액은 환산가액으로 신고하려고 합니다. B씨는 땅과 건물의 양도차익을 따로 계산해도 되는지, 장기보유특별공제도 따로 받는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

땅과 건물을 따로 계산할 수 있는 근거는 무엇인가요?

소득세법은 토지와 건물을 각각 독립된 양도 대상 자산으로 정하고 있습니다. 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 때 토지와 건물을 함께 사거나 팔았다면 각각 나눠 기장하는 것이 원칙입니다. 가액 구분이 분명하지 않을 때만 기준시가 등을 써서 나눕니다.

장기보유특별공제의 보유기간도 자산마다 그 자산을 취득한 날부터 양도한 날까지로 셉니다. 땅과 건물을 산 날이 다르면 공제율도 달라질 수 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」도 이 구조를 그대로 두고 있습니다.

국세청은 고가 다가구주택을 어떻게 계산하라고 했나요?

국세청은 1세대 1주택인 고가 다가구주택을 팔 때 양도차익과 장기보유특별공제는 토지와 건물별로 계산할 수 있다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석재산-0409, 2019. 3. 13.). 질의자는 2001년에 산 다가구주택 한 채를 2018년에 팔면서 취득계약서를 잃어버려 환산가액으로 신고하려던 사람이었습니다.

국세청은 기존 해석인 서면인터넷방문상담4팀-3620(2007. 12. 21.)을 참고하라고 답했습니다. 그 해석은 토지와 건물을 함께 양도하면 자산별로 양도차익을 산정할 수 있고, 장기보유특별공제도 자산별로 계산해 각각의 양도차익에서 뺀다고 했습니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 사전답변이어서, 다가구주택을 여러 사람에게 나눠 팔았거나 일부가 상가라면 계산 방식이 달라질 수 있습니다.

땅과 건물 보유기간이 다르면 12억원은 어떻게 나누나요?

땅과 건물의 보유기간이 다르면 12억원을 두 자산의 양도가액 비율로 나눠 각각 계산합니다. 시행령은 고가주택의 주택과 부수토지 보유기간이 다르거나 일부만 양도하면, 12억원에 각 자산의 양도가액이 전체 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 나누도록 정하고 있습니다.

고가주택의 과세 양도차익은 전체 양도차익에 (양도가액 - 12억원) / 양도가액을 곱해 구합니다. 장기보유특별공제액도 같은 비율을 곱합니다. 땅만 오래 갖고 있다가 건물을 나중에 새로 지은 경우처럼 보유기간이 다르면 이 계산이 결과를 바꿉니다.

단순 예시로 18억원에 판 집의 양도가액이 땅 15억원, 건물 3억원이라면 12억원은 땅에 10억원, 건물에 2억원씩 나뉩니다. 땅은 15억원 중 10억원, 건물은 3억원 중 2억원 부분이 비과세 몫이 됩니다.

계약서를 잃어버려 환산가액으로 신고하면 무엇을 확인하나요?

계약서가 없어 취득가액을 환산가액으로 정할 때도 땅과 건물을 나눠 계산하면 각 자산의 기준시가로 따로 환산합니다. 환산취득가액은 양도 당시 실지거래가액에 취득 당시 기준시가를 양도 당시 기준시가로 나눈 비율을 곱해 구합니다.

땅과 건물의 양도가액을 어떻게 나누느냐에 따라 환산취득가액도 달라집니다. 양도계약서에 땅값과 건물값을 따로 적지 않았다면 감정평가가액이나 기준시가 비율로 나눈 금액을 씁니다. 건물을 직접 신축하거나 85제곱미터를 넘게 증축하고 5년 안에 팔면서 환산가액을 쓰면 건물 환산가액의 100분의 5가 가산세로 붙습니다.

고가주택 토지 건물 구분계산 대응 순서

• 취득일 확인 - 땅과 건물을 산 날, 증축이나 신축이 있었다면 사용승인일을 따로 확인합니다. 보유기간이 다르면 12억원 안분 계산을 해야 합니다.
• 양도가액 구분 - 매매계약서에 땅값과 건물값이 나뉘어 있는지 봅니다. 없으면 감정평가가액이나 기준시가 비율로 나눕니다.
• 자산별 계산 - 땅과 건물의 양도차익, 장기보유특별공제, 고가주택 과세 비율을 각각 계산해 합칩니다. 하나로 묶어 계산한 결과와 비교해 봅니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 환산가액을 쓰면 계산 근거가 된 기준시가 자료를 함께 남깁니다.
• 부인 시 대응 - 세무서가 계산 방식을 달리 보아 세금을 더 매기면, 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할지 검토합니다. 이미 많이 냈다면 경정청구로 바로잡습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다가구주택 일부가 상가이거나 증축 이력이 있으면 결론이 달라지므로 건축물대장과 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 다가구주택도 한 채로 보고 12억원을 따지나요?
  단독주택으로 보는 다가구주택은 그 전체를 하나의 주택으로 보아 고가주택 여부를 판단합니다. 여러 가구가 살더라도 한 사람에게 한꺼번에 팔면 전체 양도가액이 12억원을 넘는지로 봅니다. 가구별로 나눠 팔면 판단이 달라질 수 있으므로 매매 방식부터 확인해야 합니다.
• 땅과 건물 장기보유특별공제율이 다를 수 있나요?
  보유기간은 자산마다 그 자산을 취득한 날부터 양도한 날까지로 셉니다. 땅은 오래전에 사고 건물은 나중에 새로 지었다면 두 자산의 보유기간이 달라 공제율도 달라집니다. 이때 고가주택 계산의 12억원도 두 자산의 양도가액 비율로 나눠 적용합니다.
• 계약서에 땅값과 건물값이 안 나뉘어 있으면요?
  토지와 건물의 가액 구분이 불분명하면 시행령이 정한 방법으로 나눕니다. 감정평가가액이 있으면 그 비율로, 없으면 공급계약일 현재 기준시가 비율로 안분하는 것이 원칙입니다. 계약서에 가액을 나눠 적었더라도 안분 가액과 100분의 30 이상 차이 나면 불분명한 것으로 봅니다.
• 환산취득가액은 어떻게 계산하나요?
  양도 당시 실지거래가액에 취득 당시 기준시가를 양도 당시 기준시가로 나눈 비율을 곱해 계산합니다. 땅과 건물을 나눠 계산하면 각 자산의 양도가액과 기준시가로 따로 환산합니다. 기준시가 자료가 정확해야 하므로 공시 자료를 미리 확보해 두어야 합니다.
• 환산가액으로 신고하면 가산세가 붙나요?
  건물을 직접 신축하거나 바닥면적 85제곱미터를 넘게 증축하고 그날부터 5년 안에 팔면서 환산취득가액을 쓰면 건물 환산가액의 100분의 5가 가산세로 붙습니다. 오래전에 산 다가구주택을 그대로 파는 경우에는 이 요건에 해당하지 않는 경우가 많습니다.
• 주택 일부가 상가면 계산이 달라지나요?
  고가주택 계산을 할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 섞여 있으면 주택 외 부분은 주택으로 보지 않습니다. 상가 부분과 그 땅은 비과세 계산에서 빠지고 일반 양도 자산으로 따로 계산합니다. 건축물대장의 용도별 면적을 먼저 확인해야 합니다.
• 계산을 잘못해 세금을 더 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에는 경정청구로 과다하게 낸 세액을 바로잡아 달라고 청구할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 자산별 계산표와 기준시가 자료를 붙여 청구 이유를 구체적으로 적어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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