세금

대출이 남은 건물을 공익법인에 기부하면 부가가치세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

공익법인이 그 대출을 떠안는다면 대출금에 해당하는 건물 부분은 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 면세지만, 채무를 넘기는 부분은 대가를 받은 것과 같기 때문입니다. 나머지 무상 부분은 면세로 볼 수 있으므로 건물과 토지, 넘기는 채무를 나누어 계산해야 합니다.

공익법인이 그 대출을 떠안는다면 대출금에 해당하는 건물 부분은 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 면세지만, 채무를 넘기는 부분은 대가를 받은 것과 같기 때문입니다. 나머지 무상 부분은 면세로 볼 수 있으므로 건물과 토지, 넘기는 채무를 나누어 계산해야 합니다.

공익법인에 건물을 기부하면 원래 부가가치세가 없나요?

네, 정해진 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 부가가치세가 면제됩니다. 국가나 지방자치단체에 무상으로 넘기는 경우도 같습니다. 사업에 쓰던 건물을 기부하더라도 대가가 없으면 면세 규정을 적용받을 수 있습니다.

공익단체는 주무관청의 허가나 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법상 공익법인 사업을 하는 단체입니다. 의료법인, 사회복지법인, 학교법인, 공익재단이 대표적입니다. 주무관청 승인을 받아 공익사업 기금을 모집하는 단체도 공익단체로 봅니다.

토지는 처음부터 부가가치세가 면제되므로 문제 되는 것은 건물입니다. 건물에 딸린 시설물과 구축물도 건물과 함께 봅니다. 사업자가 아닌 개인이 자기 집이나 비사업용 건물을 기부하면 부가가치세 문제는 생기지 않습니다. 회사나 임대사업자가 사업용 건물을 기부할 때 이 쟁점이 생깁니다.

대출을 떠안기면 어느 부분에 부가가치세가 붙나요?

공익법인이 인수하는 채무 중 건물에 해당하는 몫이 과세 대상이 될 수 있습니다. 근저당이 붙어 있다는 사실만으로 과세되는 것은 아니고, 채무를 넘기는지가 기준입니다. 부가가치세법은 명목이 무엇이든 재화를 넘기고 받는 대가를 과세표준으로 봅니다. 기부자가 갚아야 할 대출을 공익법인이 대신 떠안으면 그만큼 대가를 받은 것과 같습니다. 그래서 그 부분은 「무상」 공급이라는 면세 요건에서 벗어난다고 보는 것입니다.

토지와 건물에 함께 근저당이 설정되어 있다면 채무를 두 자산의 가액 비율로 나눕니다. 예를 들어 감정평가가액이 건물 6억원, 토지 14억원이고 인수 채무가 10억원이라고 하겠습니다. 채무 중 건물 몫은 3억원이고, 이 부분이 과세 대상입니다. 건물의 나머지 3억원은 무상 부분으로 면세를 주장할 수 있습니다.

채무 인수 부분을 어떻게 나누어 계산할지는 사안마다 다툼이 생길 수 있습니다. 부가가치세 포함 여부가 분명하지 않으면 그 금액에 110분의 100을 곱한 금액이 공급가액입니다. 감정평가가액 등 가액 자료로 안분 근거를 미리 갖추어야 합니다.

기부하는 법인은 세금계산서와 법인세 신고를 어떻게 하나요?

과세되는 건물 몫에는 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 거래징수해야 합니다. 공익법인이 면세사업자라면 받은 세금계산서로 매입세액을 공제받지 못하므로 부담 주체를 미리 정해야 합니다. 약정서에 부가가치세 별도 여부를 적어 두지 않으면 나중에 분쟁이 생깁니다. 세금계산서에는 건물 몫 채무를 기준으로 한 공급가액과 세액을 적습니다.

법인이 기부하는 경우 법인세도 함께 봐야 합니다. 하나의 거래가 양도와 기부로 나뉘므로 장부도 두 부분으로 나누어 처리합니다. 채무를 넘기는 부분은 자산을 양도한 것이어서 처분손익이 생깁니다. 무상 부분은 기부금입니다. 특례기부금이나 특수관계 없는 곳의 일반기부금이면 장부가액을 기부금으로 보아 한도 안에서 손금에 넣습니다.

기부받는 법인이 특수관계인이면 일반기부금도 장부가액과 시가 중 큰 금액으로 계산합니다. 기부금 가액 산정은 「법인이 토지 같은 자산을 기부하면 기부금액은 장부가액인가요 시가인가요?」에서 자세히 설명했습니다.

채무를 떠안은 공익법인은 증여세 요건을 어떻게 지키나요?

출연받은 재산에 증여세가 붙지 않도록 공익목적 사용 요건을 지켜야 합니다. 공익법인이 출연받은 재산은 증여세 과세가액에 넣지 않는 것이 원칙입니다. 다만 출연받은 날부터 3년 안에 직접 공익목적사업에 쓰지 않으면 증여세가 나올 수 있습니다.

채무를 떠안은 부분은 출연이 아니라 대가를 주고 산 것과 비슷합니다. 그 부분을 출연재산으로 볼지는 별도로 따져야 하므로 출연재산 보고서에 채무 인수 내역을 함께 적어 두는 편이 좋습니다. 인수한 대출을 운용소득으로 갚는 것이 공익목적 사용으로 인정되는지도 문제 될 수 있습니다.

출연자가 공익법인의 이사이거나 특수관계에 있으면 이사 수 제한 등 다른 요건도 함께 봅니다. 기부자와 공익법인이 같은 사실관계를 두고 다른 세무 처리를 하면 양쪽 모두 불리해질 수 있습니다. 「공익법인이 세금 낸 대출을 운용소득으로 갚으면 증여세가 나오나요?」에서 관련 쟁점을 다루었습니다.

담보 건물 기부 대응 순서

• 단체 요건 확인 - 기부받는 단체가 주무관청 허가를 받은 공익단체인지 서류로 확인합니다.
• 채무 범위 확정 - 넘길 대출 잔액과 근저당 범위, 인수 방식(면책적·병존적)을 정합니다.
• 시가 안분 - 건물과 토지의 시가 자료로 채무를 나눠 건물 몫 과세표준을 계산합니다.
• 세금계산서와 약정 - 과세 부분 세금계산서 발급과 부가가치세 부담 주체를 약정서에 적습니다.
• 법인세 정리 - 채무 부분 처분손익과 무상 부분 기부금을 구분해 신고합니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 공익법인이 채무를 실제로 인수했는지, 건물과 토지 가액을 어떻게 나눴는지, 특수관계가 있는지에 따라 과세 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공익법인 출연과 기부에 따른 부가가치세·법인세 검토와 불복 업무를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대출을 기부자가 계속 갚기로 하면 어떻게 되나요?
  공익법인이 채무를 인수하지 않고 기부자가 계속 갚는다면 공익법인이 대가를 지급한 것이 없으므로 무상 공급으로 볼 수 있습니다. 근저당이 남아 있더라도 채무자가 누구인지를 약정서로 분명히 해야 합니다.
• 임차보증금이 있는 건물을 기부하면 어떻게 되나요?
  공익법인이 임차인에게 돌려줄 보증금 반환채무를 넘겨받으면 그 부분도 대가로 볼 수 있습니다. 대출과 마찬가지로 건물 몫 보증금을 계산해 과세 범위를 정해야 합니다.
• 주무관청 허가가 없는 단체에 기부하면요?
  정해진 공익단체가 아니면 무상 공급 면세 규정을 적용받을 수 없습니다. 이때 무상 이전이 재화의 공급으로 과세되는지는 사업과의 관련성과 증여 상대방에 따라 따로 따져야 합니다.
• 인수 채무를 토지와 건물에 나누는 비율은 무엇으로 정하나요?
  계약에서 구분한 가액이 없거나 법정 안분 금액과 30% 이상 차이 나면 법정 방법으로 나눕니다. 감정평가가액이 있으면 그 비율이, 없으면 기준시가 비율이 기준입니다.
• 기부받은 건물을 3년 안에 공익사업에 쓰지 않으면 어떻게 되나요?
  공익법인이 출연받은 재산은 원칙적으로 증여세 과세가액에 넣지 않습니다. 그러나 출연받은 날부터 3년 안에 직접 공익목적사업에 쓰지 않으면 증여세가 나올 수 있습니다.
• 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 건물도 같은가요?
  국가와 지방자치단체에 무상으로 공급하는 재화도 면세입니다. 다만 기부채납의 대가로 무상사용권이나 인허가 혜택을 받으면 대가가 있는 공급으로 볼 수 있어 따로 따져야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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