양도소득세

한 해에 부동산을 두 번 팔고 각각 예정신고했는데 확정신고도 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

같은 해에 부동산을 두 번 이상 팔고 건마다 따로 예정신고했다면 다음 해 5월에 확정신고를 해야 하는 경우가 많습니다. 양도소득을 합치면 누진세율 구간이 올라가고 기본공제 250만원도 한 번만 인정되기 때문입니다. 두 번째 예정신고 때 앞의 소득과 합산해 신고했다면 확정신고를 하지 않아도 됩니다.

한 건만 팔았다면 예정신고로 끝나는 것이 보통입니다. 문제는 같은 해에 두 건 이상을 팔면서 건마다 따로 예정신고를 한 경우입니다. 양도세는 1년 동안의 양도소득을 합쳐 누진세율을 적용하므로, 따로 계산한 세액의 합계는 실제 내야 할 세액보다 적어지는 경우가 많습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」과 같은 법 시행령으로 설명합니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2026. 3. 오래 보유한 상가 한 칸을 팔고 4월에 예정신고를 마쳤습니다. 2026. 9.에는 지방의 토지를 팔고 다른 세무사 사무실에서 따로 예정신고를 했습니다. 두 건 모두 과세표준이 5,000만원 정도였고 각각 624만원씩 냈습니다. 지인에게서 내년 5월에 다시 신고해야 할 수 있다는 말을 들은 E씨는 이미 두 번이나 신고했는데 왜 또 해야 하는지, 더 낼 세금이 얼마인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

예정신고를 했으면 확정신고는 안 해도 되나요?

원칙적으로는 그렇습니다. 예정신고를 한 사람은 그 소득에 대해 확정신고를 하지 않을 수 있습니다. 한 해에 한 건만 팔고 예정신고를 제대로 했다면 다음 해 5월에 다시 신고할 필요가 없습니다.

예외가 있습니다. 같은 해에 누진세율이 적용되는 자산의 예정신고를 두 번 이상 하면서 앞의 신고와 합산하지 않은 경우, 토지·건물 같은 자산을 두 번 이상 팔아 기본공제를 다시 계산하면 세액이 달라지는 경우, 세율이 다른 자산을 둘 이상 팔아 비교산출세액 규정을 적용하면 세액이 달라지는 경우에는 확정신고를 해야 합니다.

왜 합치면 세금이 늘어나나요?

양도세 기본세율은 과세표준이 커질수록 세율이 올라가는 누진 구조입니다. 5,000만원짜리 두 건을 따로 계산하면 각각 15% 구간에서 끝나지만, 합치면 1억원이 되어 35% 구간까지 올라갑니다. E씨의 경우 따로 낸 세액은 1,248만원인데 합산 세액은 1,956만원이어서 708만원을 더 내야 합니다.

기본공제도 같은 원리입니다. 토지·건물 등의 양도소득에서는 1년에 250만원만 공제하는데, 건마다 따로 신고하면서 두 번 공제했다면 확정신고에서 한 번만 남기고 다시 계산합니다. 공제는 먼저 양도한 자산부터 적용합니다.

합산은 같은 과세기간, 곧 1월 1일부터 12월 31일까지 양도한 것끼리만 합니다. 양도일은 원칙적으로 잔금일이므로 두 번째 거래의 잔금일이 해를 넘기면 다음 해 소득이 됩니다. 아직 두 번째 거래 전이라면 잔금일을 언제로 정할지에 따라 세액이 달라질 수 있습니다.

두 번째 예정신고 때 합산하면 어떻게 되나요?

두 번째 예정신고를 할 때 이미 신고한 양도소득금액과 합쳐 신고할 수 있습니다. 앞의 소득과 이번 소득을 더하고 기본공제를 뺀 금액에 세율을 적용한 뒤, 이미 낸 예정신고 세액을 빼는 방식입니다. 이렇게 했다면 누진세율이 이미 반영되었으므로 첫 번째 예외 사유에서 벗어납니다.

같은 세무사에게 두 건을 맡기면 보통 이렇게 합산 신고가 되지만, E씨처럼 다른 사무실에서 따로 신고하면 앞의 신고가 반영되지 않기 쉽습니다. 두 번째 양도를 앞두고 있다면 첫 번째 신고서를 함께 전달해 합산 여부를 확인하는 것이 좋습니다.

손해 본 거래가 있으면 어떻게 되나요?

같은 그룹에 속하는 자산끼리는 한 건의 양도차손을 다른 건의 양도소득금액에서 뺄 수 있습니다. 토지·건물·부동산에 관한 권리·기타자산이 한 그룹이고, 주식은 별도 그룹입니다. 상가에서 손해를 보고 토지에서 이익을 봤다면 확정신고에서 손익을 합쳐 세액이 줄어들 수 있습니다.

반대로 주식에서 난 손실은 부동산 양도소득과 합치지 않습니다. 손실이 난 거래도 예정신고를 해 두면 확정신고에서 통산할 근거가 분명해집니다. 세율이 다른 자산을 함께 판 경우의 계산은 「세율이 다른 부동산 두 건을 같은 해에 팔면 양도세는 어떻게 계산하나요?」에서 따로 설명했습니다.

확정신고를 안 하면 어떻게 되나요?

확정신고를 해야 하는데 하지 않으면 세무서가 합산 세액을 결정해 추가 세액을 고지합니다. 이때 추가 세액에 대한 신고 관련 가산세와 납부지연가산세가 함께 문제 됩니다. 확정신고기한이 지난 뒤라도 세무서가 결정해 통지하기 전에 스스로 신고하면 가산세 감면을 받을 여지가 있습니다.

다만 예정신고를 이미 한 사람이 확정신고를 빠뜨린 경우에는 무신고가산세(기한 후 신고 감면 1개월 50%, 3개월 30%, 6개월 20%)와 과소신고가산세(수정신고 감면 1개월 90%부터) 중 어느 쪽으로 보는지에 따라 가산세율과 감면율이 달라집니다. 신고 전에 이 점부터 확인해야 합니다. 납부지연가산세는 감면되지 않고 하루 10만분의 22씩 붙으므로, 의무가 있다는 것을 알게 되었다면 신고와 납부를 함께 서두르는 편이 낫습니다.

두 건 이상 양도 확정신고 대응 순서

• 양도 목록 작성 - 그해에 판 부동산, 권리, 주식을 날짜순으로 적고 자산 그룹을 나눕니다.
• 예정신고 대조 - 건마다 낸 예정신고서를 모아 합산 신고를 했는지, 기본공제를 몇 번 받았는지 확인합니다.
• 합산 세액 계산 - 그룹별 양도소득금액을 합치고 손실을 통산한 뒤 기본공제 250만원을 한 번 빼고 세율을 적용합니다.
• 추가 세액 확정 - 합산 세액에서 예정신고 납부세액을 빼 추가로 낼 금액을 구합니다. 1천만원을 넘으면 분할납부도 가능합니다.
• 확정신고와 납부 - 다음 해 5월 31일까지 확정신고서를 내고 추가 세액을 납부합니다.
• 고지 후 대응 - 확정신고를 놓쳐 결정 고지가 나왔다면 계산 내역을 대조하고 과세전적부심사나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자산별 세율이 같은지, 손실이 난 거래가 있는지, 감면 대상 소득이 섞였는지에 따라 합산 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 여러 건의 양도가 얽힌 양도소득세 확정신고 쟁점 검토와 결정 고지 뒤 과세전적부심사·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산 두 건을 같은 세무사가 합산해 예정신고했으면 끝인가요?
  두 번째 예정신고 때 앞의 양도소득금액과 합산해 신고했다면 누진세율이 반영되어 그 사유로는 확정신고를 하지 않아도 됩니다. 다만 세율이 다른 자산이 섞여 비교산출세액이 달라지면 확정신고가 필요할 수 있습니다.
• 기본공제 250만원은 건마다 받나요?
  아닙니다. 토지·건물 등 같은 그룹의 양도소득에서는 1년에 250만원만 공제합니다. 건마다 따로 공제했다면 확정신고에서 한 번만 남기고 다시 계산하며, 먼저 양도한 자산부터 공제합니다.
• 한 건은 손해를 봤는데 합칠 수 있나요?
  같은 그룹 안에서는 한 자산의 양도차손을 다른 자산의 양도소득금액에서 뺄 수 있습니다. 토지·건물·부동산 권리·기타자산이 한 그룹이고 주식은 따로이므로, 주식 손실을 부동산 이익과 합칠 수는 없습니다.
• 확정신고를 안 하면 가산세가 붙나요?
  확정신고 의무가 있는데 하지 않으면 세무서가 합산 세액을 결정해 추가 세액을 고지하고 가산세가 문제 됩니다. 결정 통지 전에 스스로 신고하면 가산세 감면을 받을 여지가 있으니 빨리 정리하는 것이 낫습니다.
• 확정신고 추가 세액도 나눠 낼 수 있나요?
  확정신고로 낼 세액이 1천만원을 넘으면 예정신고 때와 별도로 분할납부를 할 수 있습니다. 2천만원 이하이면 1천만원 초과분, 그 이상이면 절반까지 납부기한 뒤 2개월 안에 냅니다.
• 주식과 부동산을 같은 해에 팔면 합산하나요?
  주식 양도소득은 부동산과 다른 그룹이라 합산하거나 손익을 통산하지 않고, 기본공제 250만원도 그룹별로 따로 받습니다. 주식끼리 여러 번 팔았다면 주식 그룹 안에서 확정신고 의무를 따로 따져야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 대주주 주식을 상·하반기 나눠 예정신고했으면 확정신고는 안 해도 되나요?
• 양도세 예정신고를 놓쳤는데 지금 기한 후 신고하면 가산세가 얼마나 줄어드나요?
• 양도세가 1천만원을 넘는데 나눠 낼 수 있나요? 분할납부 한도와 기한
• 양도소득세 신고 뒤 세무조사 대상이 되는 경우, 세무서가 대조하는 항목은?
• 해외주식 손실을 국내주식 예정신고 때 빼면 안 되나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기