법인세·소득세

업무무관 부동산으로 세금을 더 내게 되면 결손금 소급공제를 더 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 유예기간 중 쓰지 않고 판 토지 때문에 종전 사업연도 비용을 손금불산입해 양도한 사업연도 법인세에 더해 내는 경우에는 결손금 소급공제를 추가로 신청할 수 없다는 것이 국세청 회신입니다. 추가 세액은 양도한 사업연도의 법인세로 내는 것이고, 소급공제의 한도가 되는 직전 사업연도 법인세 자체가 다시 과세되는 것은 아니기 때문입니다. 지금은 이미 받은 소급공제 환급액과 직전 사업연도 법인세 한도부터 확인하십시오.

업무무관 부동산 때문에 지난 사업연도들의 세액을 다시 계산한다고 해서 그 사업연도 법인세를 다시 고지받는 것은 아닙니다. 다시 계산한 차액을 양도한 사업연도 법인세에 더해 내고, 가산세도 붙지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

건설업을 하는 중소기업 A법인은 2019년 사옥을 지을 토지를 샀습니다. 2020년에 결손이 나서 결손금 소급공제로 2019년 법인세를 모두 돌려받았고, 2020년 결손금은 일부 남아 있었습니다. 경기가 나빠져 착공하지 못한 채 2024년 토지를 팔자, 2019~2023년의 업무무관 비용을 손금불산입해 다시 계산한 세액을 2024년 법인세에 더해 내야 했습니다. 담당자는 이렇게 2019년 세금이 사실상 늘었으니 남은 2020년 결손금으로 소급공제를 더 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

유예기간 중 쓰지 않고 판 토지는 왜 업무무관 부동산이 되나요?

업무에 쓰려고 산 토지라도 유예기간 안에 업무에 직접 쓰지 않고 팔면 업무무관 부동산으로 봅니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 유예기간 중 업무에 쓰지 않고 양도한 부동산을 업무무관 부동산으로 정하고, 부동산매매업이 주업인 법인만 뺍니다.

건축물 신축용 토지의 유예기간은 취득일부터 5년입니다. 이 경우 취득일부터 양도일까지 전체 기간을 업무무관 기간으로 보므로, 그동안 생긴 관리비와 관련 지급이자를 손금에 넣을 수 없습니다.

지난 사업연도 비용은 어떻게 다시 계산해 내나요?

양도한 날이 속하는 사업연도 전에 끝난 각 사업연도의 업무무관 비용과 지급이자를 손금불산입해 계산한 세액을 양도한 사업연도의 법인세에 더해 냅니다. 계산 방법은 두 가지 가운데 하나를 고를 수 있습니다.

• 결정세액 재계산 방식 - 종전 사업연도 소득금액과 과세표준을 다시 계산해 나온 결정세액에서 당초 결정세액을 뺍니다.
• 세율 적용 방식 - 종전 사업연도 과세표준에 손금불산입 지급이자등을 더한 금액에 세율을 적용한 세액에서 당초 산출세액을 뺍니다.

두 방식 모두 가산세는 빼고 계산합니다. 이월결손금이 남아 있는 법인은 결정세액 재계산 방식을 고르면 다시 계산한 소득에서 결손금을 공제할 수 있어 추가 세액이 줄어드는 경우가 많습니다.

결손금 소급공제를 추가로 신청할 수 있나요?

아니요, 직전 사업연도 법인세를 이미 전액 환급받았다면 업무무관 비용 손금불산입으로 추가 세액을 내더라도 결손금 소급공제를 더 받을 수 없습니다. 소급공제 환급은 직전 사업연도 법인세액을 한도로 하는데, 추가 세액은 양도한 사업연도의 법인세여서 그 한도가 늘지 않기 때문입니다.

2018년 말 개정으로 직전 사업연도 법인세액이나 과세표준이 달라지면 당초 환급세액을 경정해 추가로 환급하는 규정이 생겼습니다. 그러나 업무무관 부동산의 추가 세액은 직전 사업연도를 경정하는 것이 아니어서 이 규정이 적용된다고 보기 어렵고, 이 점은 회신 이후 따로 다툴 여지가 있는 부분입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 소급공제법인세환급신청서를 내 결손금 소급공제로 환급받은 법인이, 그 뒤 유예기간 중 부동산을 양도해 업무무관 비용을 손금불산입하고 그 세액을 양도한 사업연도 법인세에 더해 내는 경우 경정청구로 추가 환급을 신청할 수 없다고 회신했습니다(사전-2016-법령해석법인-0063, 2016. 4. 19.). 취득일로 소급해 업무무관 부동산으로 보는 것은 유예기간 중 받은 이익을 걷어내는 계산 절차일 뿐 직전 사업연도를 다시 과세하는 것이 아니라는 이유였습니다.

회신은 직전 사업연도 법인세를 이미 전액 환급받은 사실관계를 전제로 합니다. 당초 일부만 환급받아 한도가 남아 있었다면 별도로 따져 볼 수 있습니다.

업무무관 부동산 추가 납부 대응 순서

• 유예기간 확인 - 토지 용도와 취득일로 유예기간을 정하고, 착공이나 정당한 사유가 있었는지 자료를 모읍니다.
• 계산 방식 선택 - 결정세액 재계산 방식과 세율 적용 방식으로 각각 계산해 유리한 쪽을 고릅니다.
• 신고 - 업무무관부동산등에관련한차입금이자조정명세서를 붙여 양도한 사업연도 법인세에 더해 신고합니다.
• 소급공제 점검 - 당초 소급공제 환급액과 직전 사업연도 법인세 한도를 대조해 추가 환급 여지가 있는지 봅니다.
• 다툼 대비 - 부득이한 사유가 있는데도 업무무관으로 과세되면 고지 뒤 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 법령상 사용 제한이나 인허가 지연 같은 부득이한 사유가 있었다면 인허가 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분과 경정거부처분에 대한 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산매매업 법인도 같은 기준인가요?
  부동산매매업을 주업으로 하는 법인은 유예기간 중 업무에 쓰지 않고 양도한 부동산이라도 업무무관 부동산으로 보지 않습니다. 매매용 부동산 자체가 업무용 자산이기 때문이며, 부동산매매업이 주업인지는 사실관계로 따로 확인해야 합니다.
• 착공만 해도 업무에 쓴 것으로 보나요?
  토지를 업무용으로 쓰기 위해 건설에 착공하면 업무에 직접 사용한 것으로 봅니다. 착공일이 불분명하면 착공신고서 제출일을 기준으로 하므로 착공신고 서류와 공사계약서를 함께 보관해 두어야 합니다.
• 추가 납부할 때 가산세도 붙나요?
  업무무관 부동산으로 종전 사업연도 비용을 손금불산입해 양도한 사업연도 법인세에 더해 내는 세액은 가산세를 빼고 계산합니다. 정해진 방식대로 신고하면 지난 사업연도의 과소신고 가산세나 납부지연 가산세를 따로 내지 않습니다.
• 결손금 소급공제는 어떤 법인이 받을 수 있나요?
  결손금 소급공제는 중소기업에 해당하는 법인만 받을 수 있고, 결손금이 생긴 사업연도와 직전 사업연도의 법인세를 각각 신고기한 안에 신고했어야 합니다. 중소기업이 아닌 법인이 환급받으면 이자상당액과 함께 징수됩니다.
• 처음에 직전 연도 세금을 일부만 환급받았다면요?
  직전 사업연도 법인세 한도가 남아 있고 결손금도 남아 있다면 추가 환급 여지를 따져 볼 수 있습니다. 회신은 이미 전액을 환급받은 사안이므로, 일부만 환급받은 경우에는 한도 계산표를 만들어 경정청구 가능성을 검토합니다.
• 남은 결손금은 어떻게 쓰나요?
  소급공제를 받지 못한 결손금은 이월결손금으로 남아 뒤 사업연도 소득에서 공제할 수 있습니다. 결정세액 재계산 방식을 고르면 다시 계산한 종전 사업연도 소득에서도 이월결손금을 공제할 수 있어 추가 세액이 줄어듭니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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