양도소득세

2013년 감면 아파트가 있어도 재건축 입주권을 팔면 비과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

감면 아파트가 있어도 입주권 비과세를 주장할 여지는 있지만, 조문만으로 결론이 확정되지는 않습니다. 조세특례제한법 제99조의2 제2항은 감면주택을 소득세법 제89조 제1항 제3호(주택 비과세)를 적용할 때 소유주택에서 빼도록 정할 뿐, 입주권 비과세(제4호)의 「양도일 현재 다른 주택」 요건에서도 빼는지는 적지 않았습니다. 지금은 감면 아파트 매매계약서에 확인 날인이 있는지와 관리처분계획인가일 현재 기존주택 요건부터 확인하십시오.

2013년 4월부터 12월 사이에 산 감면 대상 아파트를 가지고 있으면, 다른 집이나 입주권을 팔 때 1주택자가 아니라고 생각하기 쉽습니다. 법은 주택 비과세(소득세법 제89조 제1항 제3호)를 판단할 때 그 감면주택을 소유주택으로 보지 않지만, 입주권 비과세에 대해서는 따로 적지 않았습니다.

이런 상담이 많습니다

H씨는 2013년 7월 지방의 미분양 아파트를 감면 확인 날인을 받아 샀고, 2015년부터 서울 재건축 단지의 아파트에 살았습니다. 이 아파트는 2023년 3월 관리처분계획인가를 받아 조합원입주권이 됐고, H씨는 인가일 당시 이미 2년 넘게 보유하며 거주한 상태였습니다. 2026년 8월 입주권을 팔려고 하면서 감면 아파트 때문에 2주택자로 약 1억 5천만원의 세금을 내야 하는지 물었습니다. 감면주택을 빼고 입주권 비과세를 주장할 근거와 조문에 명시되지 않은 부분, 양도가액 12억원 초과분은 과세된다는 점을 함께 설명드렸습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면 아파트가 있으면 입주권 비과세가 막히나요?

반드시 막히는 것은 아니지만, 조문만으로 비과세가 확정되지도 않습니다. 조세특례제한법 제99조의2 제2항은 감면대상주택을 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 소유주택으로 보지 않도록 정하고 있고, 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항도 그대로입니다.

입주권 비과세(제4호)는 관리처분계획인가일 현재 기존주택이 제3호가목의 1세대1주택 요건을 갖췄는지를 묻기 때문에, 그 인가일 판단에서는 감면주택을 빼고 볼 근거가 있습니다. 반면 제4호 가목의 「양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것」 요건에서도 감면주택이 빠지는지는 조문에 적혀 있지 않아 과세관청과 판단이 갈릴 수 있습니다. 비과세로 신고하려면 이 쟁점과 근거를 함께 정리해 두어야 합니다.

입주권 비과세는 어떤 요건을 따지나요?

입주권 비과세는 관리처분계획인가일 현재의 기존주택 요건과 양도일 현재의 보유 상태를 따로 봅니다. 두 시점을 모두 갖춰야 합니다.

• 인가일 현재 기존주택 - 관리처분계획인가일(인가 전에 철거됐으면 철거일) 현재 기존주택이 2년 이상 보유, 취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 이상 거주 요건을 갖춰야 합니다.
• 양도일 현재 보유 - 입주권 외에 다른 주택이나 분양권이 없어야 합니다. 감면주택을 여기서도 빼는지는 조문에 명시돼 있지 않습니다.
• 다른 주택 1채가 있는 경우 - 분양권이 없고 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세를 따질 수 있습니다.

감면주택으로 인정받으려면 무엇이 필요한가요?

감면주택으로 인정받으려면 2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 최초로 매매계약을 체결해 취득했고, 취득가액 6억원 이하 또는 전용면적 85제곱미터 이하 등 법정 요건을 갖춰야 합니다. 여기에 감면대상주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서가 있어야 합니다.

확인 날인이 없으면 감면주택으로 인정받지 못해 주택 수에 들어갈 수 있습니다. 그러면 입주권을 팔 때 다른 주택을 가진 상태가 되어 비과세 계산이 달라집니다. 계약서 원본을 잃어버렸다면 분양사나 해당 지방자치단체에 날인 기록이 남아 있는지 확인합니다.

입주권 양도가액이 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?

입주권 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 비과세 요건을 갖췄더라도 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익에는 양도소득세가 과세됩니다. 서울 재건축 입주권은 이 기준을 넘는 경우가 많습니다.

이때는 비과세가 아니라 일부 과세이므로 예정신고를 해야 합니다. 신고서에는 관리처분계획인가일 현재 기존주택의 보유·거주 요건과 감면주택을 주택 수에서 뺀 근거를 함께 정리합니다.

감면주택 보유 세대 입주권 양도 대응 순서

• 감면주택 서류 확인 - 확인 날인을 받은 매매계약서, 취득 당시 분양계약서를 찾습니다. 날인이 없으면 감면주택 여부부터 다시 따집니다.
• 인가일 요건 확인 - 관리처분계획인가 공고로 인가일을 확인하고, 그날 현재 기존주택의 보유·거주기간을 주민등록표 초본으로 계산합니다.
• 양도일 보유 상태 확인 - 감면주택 외에 다른 주택이나 분양권이 없는지 확인합니다.
• 예정신고 - 양도가액이 12억원을 넘으면 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 예정신고하고 날인 계약서 사본을 함께 냅니다.
• 사후 대응 - 비과세가 부인돼 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 이미 낸 세금이 비과세 대상이었다면 5년 안에 경정청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감면주택을 상속받았거나 감면주택 자체가 재건축된 경우에는 계약서와 등기를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 감면주택·조합원입주권 관련 비과세 부인 처분의 과세전적부심사와 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면 아파트는 주택 수에서 완전히 빠지나요?
  주택 비과세(소득세법 제89조 제1항 제3호)를 판단할 때는 소유주택으로 보지 않습니다. 입주권 비과세의 다른 주택 요건이나 다주택 중과, 종합부동산세 등의 주택 수 계산에서도 빠지는지는 각 규정을 따로 확인해야 합니다.
• 확인 날인이 없는 계약서면 어떻게 되나요?
  감면 특례를 받으려면 확인 날인을 받은 매매계약서 사본을 신고와 함께 내야 합니다. 날인이 없으면 감면주택으로 인정받지 못해 주택 수에 들어갈 수 있으므로 지방자치단체나 분양사에서 날인 기록을 먼저 확인합니다.
• 관리처분인가일에 2년 거주를 못 채웠다면요?
  기존주택을 취득할 당시 조정대상지역이었다면 관리처분계획인가일 현재 2년 이상 거주해야 입주권 비과세를 받을 수 있습니다. 거주가 모자라면 입주권 양도는 과세되며, 인가 후 거주기간은 원칙적으로 더하지 않습니다.
• 입주권 양도가액이 15억원이면 세금이 있나요?
  네. 비과세 요건을 갖춰도 실지거래가액 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익에는 양도소득세가 과세됩니다. 이 경우 비과세가 아니라 일부 과세이므로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 해야 합니다.
• 감면 아파트를 나중에 팔 때는 어떻게 되나요?
  감면 아파트는 취득일부터 5년 안에 팔면 양도소득세가 전액 감면되고, 5년이 지나면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 뺍니다. 비과세 요건을 갖추면 비과세가 먼저 검토됩니다.
• 이미 세금을 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  감면주택을 주택 수에 넣어 입주권 양도세를 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 날인 계약서와 인가일 기준 보유·거주 자료를 붙이면 세무서가 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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