부가가치세

일반과세자에서 간이과세자로 바뀌면 재고납부세액은 언제 얼마나 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

일반과세자가 간이과세자로 바뀌면 그날 남은 재고와 2년 안에 산 설비(건물은 10년)에 대해 공제받은 매입세액 일부를 재고납부세액으로 냅니다. 1기 확정신고 때 재고품등을 신고하고 다음 해 1월에 납부하며, 공급대가 4,800만원 미만으로 납부의무가 면제돼도 재고납부세액은 내야 합니다.

매출이 줄어 간이과세자가 되면 세율 부담이 가벼워지지만, 일반과세자일 때 공제받은 매입세액 가운데 아직 쓰지 않은 재고와 설비에 해당하는 부분은 다시 내야 합니다. 이것이 재고납부세액입니다. 모든 자산이 대상은 아니고, 신고를 빠뜨리면 세무서가 직접 조사해 정합니다.

이런 상담이 많습니다

카페를 운영하는 E씨는 2025년 공급대가가 9,000만원으로 줄어 2026. 7. 1.부터 간이과세자가 된다는 통지를 받았습니다. 2025. 3. 10. 커피머신을 공급가액 2,000만원에 사면서 매입세액 200만원을 공제받았고, 7. 1. 현재 원두와 포장재 재고가 300만원어치 남아 있었습니다. 2026. 7. 25.이 토요일이어서 2026. 7. 27.에 1기 확정신고를 하면서 재고품등 신고서는 내지 않았습니다. 하반기 매출이 4,800만원에 못 미칠 것 같은 E씨는 납부의무가 면제되면 재고납부세액도 안 내도 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 재고와 자산에 재고납부세액이 생기나요?

일반과세자가 간이과세자로 바뀌는 날 현재 남아 있는 상품, 제품, 재료, 건설 중인 자산과 감가상각자산이 대상입니다. 일반과세자일 때 매입세액을 공제받은 것만 해당하고, 사업을 양수하면서 넘겨받은 자산은 양도자가 공제받았다면 포함됩니다.

감가상각자산은 기간 제한이 있습니다. 건물과 구축물은 취득·건설 후 10년 이내, 그 밖의 설비·비품은 취득·제작 후 2년 이내의 것만 들어갑니다. E씨의 커피머신은 산 지 1년 4개월이 채 안 되어 대상입니다. 반면 2024. 6. 이전에 산 비품처럼 전환일 현재 2년이 지난 것은 공제를 받았더라도 계산에서 빠집니다.

간이과세자가 되는 것을 원하지 않는다면 간이과세를 포기하고 일반과세자로 남을 수 있습니다. 적용받으려는 달의 전달 마지막 날까지 신고해야 하고, 포기하면 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 원칙적으로 다시 간이과세를 적용받지 못합니다. 다만 직전 연도 공급대가가 4,800만원 이상 간이과세 기준금액 미만인 개인사업자 등은 그 전이라도 과세기간 개시 10일 전까지 신고해 간이과세로 돌아갈 수 있습니다.

재고납부세액은 얼마인가요?

재고품은 재고금액의 10%에서 간이과세자로서 공제받을 수 있는 부분을 뺀 금액, 즉 재고금액 × 10% × (1 - 0.5% × 110/10)로 계산합니다. 재고금액은 장부나 세금계산서로 확인되는 취득가액이고, 기록이 없으면 시가입니다.

감가상각자산은 경과된 과세기간 수만큼 가치를 줄여 계산합니다. 매입한 설비·비품은 취득가액 × (1 - 25% × 경과된 과세기간 수) × 10% × (1 - 0.5% × 110/10)이고, 건물·구축물은 25% 대신 5%를 씁니다. 과세기간 중간에 취득했다면 그 과세기간 첫날에 취득한 것으로 보고 셉니다.

E씨의 커피머신은 2025년 1기에 취득한 것으로 보아 경과된 과세기간이 3개여서 2,000만원 × 25% = 500만원을 기준으로 47만 2,500원, 재고 300만원은 28만 3,500원으로 모두 75만 6,000원입니다. 커피머신 매입 때 공제받은 200만원 가운데 4분의 1 가까이를 다시 내는 셈입니다.

납부의무가 면제되는 간이과세자도 내야 하나요?

간이과세자의 한 해 공급대가가 4,800만원 미만이면 부가가치세 납부의무가 면제됩니다. 그러나 법은 재고납부세액만은 이 면제에서 뺐습니다. E씨처럼 하반기 매출이 적어 납부의무가 면제되더라도 재고납부세액 75만 6,000원은 내야 합니다.

간이과세로 바뀐 해의 과세기간은 7. 1.부터 12. 31.까지이고, 공급대가 기준은 12개월로 환산해 판단합니다. 2026년 하반기 공급대가가 2,400만원 미만이어야 4,800만원 미만으로 보아 면제됩니다.

신고를 빠뜨리거나 금액이 틀리면 어떻게 되나요?

재고품등 신고를 하지 않거나 적게 신고하면 세무서가 재고금액을 조사해 재고납부세액을 정하고 통지합니다. 신고를 받은 경우에도 세무서는 간이과세자로 바뀐 날부터 90일 안에 조사·승인해 통지하고, 그때까지 통지가 없으면 신고한 금액을 승인한 것으로 봅니다.

결정된 재고납부세액은 간이과세자로 바뀐 날이 속하는 과세기간의 확정신고 때 납부할 세액에 더해 냅니다.

승인된 금액에 오류나 누락이 있으면 나중에라도 경정될 수 있습니다. 확정신고 때 재고납부세액을 더해 신고·납부하지 않으면 덜 낸 세액에 대해 과소신고가산세와 납부지연가산세가 문제 될 수 있습니다. 반대로 세무서가 대상이 아닌 자산을 넣었거나 기간 계산을 잘못했다면 경정청구나 불복으로 다툴 수 있습니다.

간이과세 전환 대응 순서

• 전환 여부 결정 - 재고납부세액과 앞으로의 세부담을 비교해 6. 30.까지 간이과세 포기 여부를 정합니다.
• 대상 자산 정리 - 7. 1. 현재 재고와 기간 안의 감가상각자산, 공제받은 매입세액을 장부와 세금계산서로 확인합니다.
• 재고품등 신고 - 1기 확정신고 때 신고서를 내고, 빠뜨렸다면 세무서 결정 전에 제출합니다.
• 통지 확인 - 90일 안의 통지 내용을 계산식과 대조합니다.
• 납부와 다툼 - 다음 해 1월 확정신고 때 납부하고, 과다하게 결정됐다면 경정청구나 고지 후 90일 안 불복을 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자산의 취득 시기와 공제 여부, 재고 평가 방법에 따라 재고납부세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 간이과세 전환과 포기 검토, 재고납부세액 결정에 대한 경정청구와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 간이과세자로 바뀌면 왜 세금을 더 내나요?
  일반과세자일 때 공제받은 매입세액 가운데 바뀌는 날 남아 있는 재고와 설비에 해당하는 부분을 간이과세자의 공제율과의 차이만큼 다시 내게 하는 것이 재고납부세액입니다. 공제받지 않은 자산은 대상이 아닙니다.
• 오래된 설비도 재고납부세액 대상인가요?
  건물과 구축물은 취득·건설 후 10년 이내, 그 밖의 설비·비품은 취득·제작 후 2년 이내인 것만 대상입니다. 그보다 오래된 자산은 매입세액을 공제받았더라도 재고납부세액을 계산하지 않습니다.
• 재고품등 신고는 언제 하나요?
  간이과세자로 바뀌는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 재고품등 신고서를 냅니다. 7. 1.부터 바뀐다면 1기 확정신고 때이고, 재고납부세액은 그해 간이과세자 확정신고 때 더해 냅니다.
• 납부의무가 면제되면 재고납부세액도 안 내나요?
  아닙니다. 간이과세자의 공급대가가 4,800만원 미만이면 납부의무가 면제되지만, 법은 재고납부세액을 면제 대상에서 명시적으로 뺐으므로 재고납부세액은 그해 확정신고 때 그대로 내야 합니다.
• 재고품등 신고를 안 하면 어떻게 되나요?
  세무서가 재고금액을 조사해 재고납부세액을 결정하고 통지합니다. 장부나 세금계산서가 없으면 시가로 평가하므로, 세무서 결정 전에 직접 신고해 취득가액 기준으로 계산받는 편이 유리할 수 있습니다.
• 간이과세자가 되지 않을 수도 있나요?
  간이과세를 적용받으려는 달의 전달 마지막 날까지 포기신고를 하면 일반과세자로 남습니다. 포기하면 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 원칙적으로 다시 간이과세를 적용받지 못합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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