양도소득세

가로주택정비사업으로 받은 입주권을 팔아도 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 2022년 1월 1일 이후 사업시행계획인가로 받은 가로주택정비사업 입주권은 조합원입주권이어서 인가일 현재 비과세 요건을 갖추고 팔 때 다른 주택이나 분양권이 없으면 비과세됩니다. 소득세법 제88조 제9호가 가로주택정비사업 조합원의 입주자 지위를 조합원입주권에 포함합니다. 지금은 사업시행계획인가일과 그날 현재 기존주택의 보유·거주기간부터 확인해야 합니다.

가로주택정비사업은 재건축이 아니라서 입주권 비과세가 없다고 미리 포기할 필요는 없습니다. 2022. 1. 1.부터는 가로주택정비사업 조합원의 입주자 지위도 소득세법상 조합원입주권에 들어갑니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2021년 5월 산 연립주택에서 3년 넘게 살았습니다. 이 연립주택 일대가 2023년 가로주택정비사업 조합을 설립했고, 2025년 3월 사업시행계획인가를 받았습니다. B씨는 2025년 8월 조합원 지위를 8억원에 팔았고, 그 밖에 세대가 가진 주택이나 분양권은 없었습니다. B씨는 재개발·재건축이 아닌 가로주택정비사업 입주권도 1세대 1주택처럼 비과세를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

가로주택정비사업 입주권도 조합원입주권으로 보나요?

네, 2022. 1. 1. 이후 사업시행계획인가로 취득한 가로주택정비사업 조합원의 입주자 지위는 소득세법상 조합원입주권입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업, 소규모재개발사업 조합원이 사업시행계획인가로 취득한 지위를 조합원입주권으로 정합니다. 주민합의체를 구성한 사업이면 토지등소유자가 취득한 지위도 포함됩니다.

2021. 12. 31.까지 시행된 소득세법은 재건축사업, 재개발사업, 소규모재건축사업 조합원이 취득한 지위만 조합원입주권으로 보았습니다. 그래서 그 전에는 가로주택정비사업 입주자 지위가 조합원입주권에 들어가지 않았습니다. 2021. 12. 8. 개정 소득세법 부칙은 이 개정 규정을 2022. 1. 1. 이후 취득하는 조합원입주권부터 적용하도록 정했습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 3년 이상 거주한 집이 가로주택정비사업 사업시행계획인가로 입주권이 된 뒤 그 입주권을 판 사안에서 비과세를 적용할 수 있다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 사례로, 가로주택정비사업 입주자 지위는 2022. 1. 1. 이후 취득분부터 조합원입주권으로 보고, 질의자가 사업시행계획인가일 현재 2년 이상 보유·거주해 비과세 요건을 갖췄으며 양도 당시 다른 주택이나 분양권이 없었다는 점을 근거로 들었습니다. 실지거래가액 12억원 초과분은 과세되고, 다른 조합원에게서 산 승계 입주권은 제외됩니다.

그 전 해석도 같은 흐름입니다. 국세청은 가로주택정비사업 조합원이 사업시행계획인가로 취득한 지위는 조합원입주권에 해당하지 않는다고 회신했는데(서면-2019-법령해석재산-0898, 2019. 9. 3.), 사례집은 이 해석이 2022. 1. 1. 전 취득분에만 해당한다고 밝혔습니다. 2022. 6. 13. 회신(서면-2021-법규재산-5050)도 2020. 12. 31. 이전에 사업시행계획인가로 취득한 가로주택정비사업 입주자 지위는 당시 소득세법상 조합원입주권이 아니라고 답했습니다. 이 안내는 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 하므로 인가일이 2022. 1. 1. 전이거나 양도일에 분양권이 있었다면 결론이 달라집니다.

비과세 요건은 재건축·재개발 입주권과 같나요?

네, 판정 기준일이 관리처분계획인가일 대신 사업시행계획인가일이라는 점 말고는 같습니다. 사업시행계획인가일 현재 기존주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추고, 입주권을 팔 때 다른 주택이나 분양권이 없어야 합니다.

• 판정 기준일 - 사업시행계획인가일 현재로 봅니다. 인가일 전에 기존주택이 철거됐다면 철거일 현재로 봅니다.
• 보유·거주 - 기존주택 보유기간 2년 이상, 취득 당시 조정대상지역이면 거주기간도 2년 이상이어야 합니다.
• 1주택 함께 보유 - 입주권 외에 1주택이 있으면 그 주택 취득일부터 3년 안에 입주권을 팔아야 합니다.
• 고가 기준 - 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.

장기보유특별공제는 어느 기간까지 인정되나요?

원조합원의 가로주택정비사업 입주권을 팔 때 장기보유특별공제는 사업시행계획인가 전 토지분이나 건물분 양도차익에만 적용됩니다. 인가 뒤 권리분 양도차익에는 공제가 없고, 다른 조합원에게서 산 입주권은 공제 대상이 아닙니다. 그래서 12억원을 넘는 입주권은 인가 당시 평가액을 확인해 두어야 세액을 정확히 계산할 수 있습니다.

가로주택 입주권 양도 비과세 대응 순서

• 인가일 확인 - 사업시행계획인가 고시일을 확인합니다. 2022. 1. 1. 이후인지, 기존주택 철거가 먼저였는지에 따라 판정 기준이 달라집니다.
• 기존주택 요건 점검 - 등기부등본과 주민등록초본으로 인가일 현재 보유 2년, 거주 2년을 채웠는지 봅니다. 취득 당시 조정대상지역이었는지도 확인합니다.
• 세대 보유 현황 - 잔금일 현재 세대원 전체의 주택, 다른 입주권, 분양권을 확인합니다. 입주권이 2개이면 1개를 팔아도 이 비과세를 받기 어렵습니다.
• 신고 - 양도가액이 12억원을 넘으면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다. 인가 당시 평가액 자료를 함께 준비합니다.
• 불복 준비 - 비과세가 부인돼 고지를 받으면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고분은 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업시행계획 변경인가가 있었거나 주민합의체 방식으로 사업이 진행됐다면 인가서와 조합원 명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조합원입주권 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2022년 전에 인가받은 가로주택 입주권은요?
  2021. 12. 31.까지 시행된 소득세법은 가로주택정비사업 입주자 지위를 조합원입주권에 넣지 않았습니다. 국세청도 서면-2019-법령해석재산-0898(2019. 9. 3.)에서 조합원입주권이 아니라고 회신했고, 사례집은 이를 2022. 1. 1. 전 취득분에 해당한다고 밝혔습니다. 인가일이 그 전이면 입주권 비과세 특례가 아닌 다른 기준으로 따져야 합니다.
• 소규모재개발이나 자율주택정비사업도 같은가요?
  네, 현행 소득세법은 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업, 소규모재개발사업 조합원이 사업시행계획인가로 취득한 지위를 모두 조합원입주권으로 봅니다. 주민합의체를 구성한 사업이면 토지등소유자가 취득한 지위도 포함됩니다. 사업 유형마다 인가일과 시행 시점을 따로 확인해야 합니다.
• 가로주택 입주권이 2개면 1개를 팔 때 비과세되나요?
  입주권을 2개 가진 상태에서 1개를 팔면 1세대 1주택으로 보는 조합원입주권에 해당하지 않는다는 것이 국세청 해석입니다(서면-2019-부동산-0737, 2019. 10. 31.). 소득세법은 조합원입주권을 1개 보유한 세대의 양도만 비과세하기 때문입니다. 두 입주권의 양도 순서와 시기를 미리 따져야 합니다.
• 입주권 비과세 거주요건은 언제 기준인가요?
  거주요건은 기존주택을 기준으로 사업시행계획인가일 현재 판단합니다. 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 2년 이상 거주했어야 하고, 인가일 전에 철거됐다면 철거일까지의 기간으로 봅니다. 인가 뒤 이주해 다른 곳에 살았다는 사정만으로 요건을 잃지는 않습니다.
• 입주권 외에 이주용으로 산 집이 있으면요?
  입주권 외에 1주택을 함께 가진 경우 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세가 적용됩니다. 분양권을 함께 갖고 있으면 이 특례를 받을 수 없습니다. 3년 안에 팔지 못하면 시행령이 정한 부득이한 사유에 해당하는지 따져야 합니다.
• 입주권 장기보유특별공제는 어떻게 계산하나요?
  원조합원 입주권의 장기보유특별공제는 사업시행계획인가 전 토지분이나 건물분 양도차익에만 적용됩니다. 승계로 산 입주권은 공제 대상이 아닙니다. 12억원을 넘는 입주권은 인가 전후 양도차익을 나눠 계산하므로 인가 당시 평가액 자료가 필요합니다.
• 비과세가 부인되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 비과세를 부인하고 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 신고해 세금을 냈는데 비과세 대상이었다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지서 수령일을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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