부가가치세

손실보상금으로 가스관 이설공사비를 냈어도 매입세액공제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 가스관 소유자가 원인 제공자에게서 손실보상금을 받아 직접 이설공사를 발주하고 공사비를 치르며 받은 세금계산서의 매입세액은 공제됩니다. 매입세액공제는 공사비 재원이 아니라 그 공사가 자기 과세사업에 쓰였는지로 판단합니다. 공제를 미뤄 신고했다면 경정청구 기한부터 확인하십시오.

공사비를 낸 돈이 부가가치세가 붙지 않는 손실보상금이었다고 해서 그 공사비의 매입세액까지 공제받지 못하는 것은 아닙니다. 매입세액공제는 돈의 출처가 아니라 그 공사가 내 과세사업에 쓰였는지로 판단합니다. 공제를 미뤄 두었다면 기한 안에 되찾는 절차를 밟으면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

도시가스를 공급하는 K사는 2025년 철도 신설 공사 구간에 묻혀 있던 자사 가스배관을 옮겨야 했습니다. 철도 사업을 시행하는 공공기관과 맺은 이설 협약에 따라 K사는 이설 비용 약 30억원을 손실보상금으로 받고, 직접 시공업체에 이설공사를 발주해 공사비를 치르며 세금계산서를 받았습니다. 내부 검토에서 "보상금으로 낸 공사비이니 매입세액을 공제하면 안 된다"는 의견이 나와 2025년 제2기 신고 때 공제를 미뤄 두었고, 2026년 공제 가능 여부를 문의했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

손실보상금으로 낸 이설공사비도 매입세액공제가 되나요?

네, 가스관 소유자가 원인 제공자에게서 손실보상금을 받아 이설공사를 하고 시공업체에 공사비를 지급하며 받은 세금계산서의 매입세액은 공제됩니다. 가스관 이설은 가스 판매라는 자기 과세사업을 위한 것이기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업자가 자기 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 부가가치세를 매출세액에서 공제합니다. 조문은 그 대가를 어떤 돈으로 치렀는지를 요건으로 두지 않습니다.

• 공제 요건 - 이설한 가스관이 과세사업(가스 판매)에 계속 쓰일 것
• 증빙 - 시공업체가 가스관 소유자를 공급받는 자로 발급한 세금계산서
• 재원과 무관 - 공사비 재원이 과세되지 않는 손실보상금이나 정부출연금이어도 결론은 같음
• 공급받는 자 - 공사를 발주하고 대금을 치른 사람이 시설 소유자여야 그 소유자가 공제받음

보상금 재원이면 불공제된다는 오해는 왜 생기나요?

보상금은 부가가치세 과세대상이 아니어서 매출세액이 없는데 매입세액만 공제받는 것이 이상해 보이기 때문입니다. 그러나 불공제 사유는 법에 정해진 것뿐이고, 재원이 보상금이라는 사정은 그 목록에 없습니다.

불공제가 문제 되는 경우는 따로 있습니다. 이설한 시설이 면세사업에 쓰이거나 토지의 조성 등 자본적 지출에 해당하면 그 이유로 불공제될 수 있습니다. 재원 문제와 이런 불공제 사유를 섞지 않고 따로 검토해야 합니다.

• 면세사업 관련 - 이설 시설이 면세사업에 쓰이면 불공제
• 토지 관련 - 공사가 토지의 형질변경이나 조성에 해당하면 불공제
• 사업 무관 - 내 사업과 상관없이 남의 시설을 대신 옮겨 준 것이면 불공제

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 철도시설공단과 가스공사가 맺은 가스배관 이설공사 협약에 따라 가스관 소유자인 가스공사가 이전 원인을 제공한 철도시설공단에서 보상을 받고 가스관을 이설하면서 이설공사 사업자에게서 받은 세금계산서의 매입세액은 가스공사의 매출세액에서 공제된다고 회신했습니다(법규과-1100, 2013. 10. 10.).

검토 의견은 가스관 이설공사가 가스공사의 과세사업인 가스판매사업과 관련된 것이고, 과세되지 않는 손실보상금을 재원으로 했다고 달리 볼 것이 아니라고 보았습니다. 회신은 2013. 6. 7. 개정 전 제17조 제1항을 근거로 했고, 현행 제38조 제1항도 같은 내용이어서 결론은 같습니다. 원인 제공자가 시공업체에 직접 공사를 발주하고 세금계산서를 받은 구조라면 공급받는 자가 달라지므로 따로 봐야 합니다.

손실보상금 이설공사 매입세액 대응 순서

• 협약 구조 확인 - 이설 협약서에서 공사 발주자와 공사비 지급자가 시설 소유자인지 확인합니다.
• 세금계산서 점검 - 시공업체 세금계산서의 공급받는 자가 시설 소유자로 적혀 있는지 봅니다.
• 사업 관련성 정리 - 이설한 시설이 과세사업에 계속 쓰인다는 자료(배관도, 공급 구역)를 준비합니다.
• 공제 누락분 경정청구 - 공제를 미뤄 신고한 과세기간은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구서로 바로잡습니다.
• 불복 검토 - 불공제 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사, 납부고지 뒤 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이설 비용 가운데 원인 제공자 소유 시설을 함께 옮기는 공사가 섞여 있으면 항목별로 나눠 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 매입세액 불공제와 경정청구를 둘러싼 부가가치세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 보상금 자체에도 부가가치세가 붙나요?
  질의 사례에서 원인 제공자가 시설 소유자에게 지급한 이전비용은 손실보상금으로 부가가치세 과세대상이 아닌 돈으로 전제됐습니다. 보상금이 과세되지 않아도 소유자가 공사업체에서 받은 세금계산서의 매입세액 공제에는 영향이 없습니다.
• 정부출연금으로 산 설비도 공제되나요?
  매입세액공제는 재화·용역이 자기 과세사업에 쓰였는지로 판단하므로, 대가의 재원에 정부출연금이 들어 있는지와는 관계없습니다. 다만 그 설비가 면세사업에 쓰이면 그 이유로 불공제되므로 설비의 용도를 함께 정리합니다.
• 공제를 안 받고 신고했으면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한까지 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 세금계산서와 이설 협약서를 첨부해 공제 누락분의 환급을 청구하고, 세무서가 거부하면 그 거부처분을 다툴 수 있습니다.
• 원인 제공자가 공사업체에 직접 주면 어떻게 되나요?
  원인 제공자가 공사를 발주하고 공사비를 직접 지급하면 공급받는 자가 시설 소유자가 아니게 될 수 있습니다. 이 경우 세금계산서를 누구에게 발급하는지부터 협약 내용을 보고 따로 따져야 합니다.
• 토지 관련 매입세액으로 보면 불공제되나요?
  이설공사가 토지의 형질변경이나 부지 조성 같은 자본적 지출에 해당하면 토지 관련 매입세액으로 불공제됩니다. 가스관처럼 토지와 구분되는 시설을 옮기는 공사라면 이에 해당하지 않는 것이 일반적입니다.
• 불공제 통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받았다면 90일 이내 심판청구를 하고 이설 시설이 과세사업에 쓰인다는 사업 관련성 자료를 냅니다.

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