세금

기한 후 신고 뒤 추가로 낼 세액이 없다는 통지를 받았다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 세무서가 정식으로 보낸 신고시인결정 통지는 심판청구와 소송으로 다툴 수 있는 처분입니다. 대법원은 고지할 세액이 없다는 이 통지를 과세관청의 결정으로 보았습니다. 다만 내부 결재만 하고 알리지 않았다면 다툴 처분이 아직 없습니다. 그때는 불복기간이 흐르지 않으니 서둘러 소송부터 낼 필요는 없습니다.

네, 세무서가 정식으로 보낸 신고시인결정 통지는 심판청구와 소송으로 다툴 수 있는 처분입니다. 대법원은 고지할 세액이 없다는 이 통지를 과세관청의 결정으로 보았습니다. 다만 내부 결재만 하고 알리지 않았다면 다툴 처분이 아직 없습니다. 그때는 불복기간이 흐르지 않으니 서둘러 소송부터 낼 필요는 없습니다.

추가로 낼 세액이 없다는 통지도 소송 대상인가요?

그렇습니다. 신고시인결정 통지는 항고소송의 대상인 처분입니다. 대법원은 기한 후 신고만으로는 양도소득세 납세의무가 확정되지 않는다고 보았습니다. 세무서장이 과세표준과 세액을 결정하는 때에 비로소 확정된다는 것입니다. 그래서 낸 세액과 같으니 더 고지할 세액이 없다는 통지도 그 결정에 해당합니다.

대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결의 원고는 2007년에 벤처기업 주식을 팔았습니다. 2010. 4. 30.에야 기한 후 신고를 하고 세액을 냈습니다. 세무서는 추가로 고지할 세액이 없다는 신고시인결정을 통지했습니다. 원고는 이 통지를 대상으로 무상주 양도분도 비과세라고 다퉜습니다. 대법원은 무상주 양도분도 과세특례 대상이라고 보아 원심을 파기환송했습니다.

대법원 2020. 2. 27. 선고 2016두60898 판결은 이 법리의 의미를 덧붙였습니다. 기한 후 신고에 경정청구가 허용되지 않던 시기에 쟁송으로 다툴 기회를 준다는 것입니다. 지금은 2019. 12. 31. 개정으로 기한 후 신고에도 경정청구가 허용됩니다.

세무서가 내부 결정만 하고 알려 주지 않았다면요?

그 결정은 아직 다툴 수 있는 처분이 아닙니다. 대법원은 처분이 외부에 공식적으로 표시되어야 성립한다고 보았습니다. 내부 결정만 하고 납세자에게 공식 통지하지 않았다면 처분이 존재한다고 할 수 없다는 것입니다.

이 사건 원고는 2015. 3. 31. 주식 양도소득세를 기한 후 신고했습니다. 가산세 9억 1,559만여 원도 함께 냈습니다. 세무서는 신고 내용대로 내부 결정을 했지만 원고에게 통지하지 않았습니다. 소송에서 답변서와 준비서면으로 결정 사실을 밝혔을 뿐입니다. 원심은 이를 처분으로 보고 무효 주장을 기각했습니다. 대법원은 소송서류로 밝힌 것은 공식 통지가 아니라고 했습니다. 가산세 감면 신청을 거부한 통지도 결정 통지로 볼 수 없다고 했습니다. 다른 사정이 없는 한 처분이 있다고 보기 어렵다며 원심을 파기환송했습니다.

이 사건에 적용된 구 국세기본법(2016. 12. 20. 개정되기 전의 것)은 3개월 안에 결정하라고만 정했습니다. 2018. 12. 31. 개정으로 결정해 신고인에게 통지할 의무가 더해졌습니다. 2019. 1. 1. 이후 기한 후 신고분부터 적용됩니다.

통지를 받지 못했다면 낸 세금은 어떻게 다투나요?

경정청구로 다툴 수 있습니다. 2020. 1. 1.부터 기한후과세표준신고서를 낸 사람도 경정청구를 할 수 있습니다. 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. 시행 전에 기한 후 신고를 했더라도 시행 이후 청구하면 이 규정이 적용됩니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.

세무서가 결정 통지를 끝내 하지 않은 채 부과제척기간이 지나는 경우도 있습니다. 증여세처럼 결정으로 확정되는 세목에서 문제 된 사안이 있습니다. 대법원 2025. 11. 20. 선고 2025두33652 판결은 이때 결정 통지가 없다는 확인을 구할 이익이 있다고 보았습니다. 낸 세금을 돌려받지 못할 우려가 있었기 때문입니다. 이 판결은 「증여세를 신고·납부했는데 결정 통지가 없으면 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

기한 후 신고 자체의 기한과 가산세는 「상속세·양도세 신고기한을 놓쳤다면 기한 후 신고는 언제까지 하고 무엇이 달라지나요?」에서 다뤘습니다.

신고시인결정 통지서를 받았다면 언제까지 무엇을 다투나요?

통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 국세 처분은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 소송을 낼 수 있습니다. 심판청구 결정의 통지를 받으면 그날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 결정기간 안에 결정이 없으면 통지를 받기 전이라도 소송을 낼 수 있습니다.

다툴 내용은 신고서에 적은 세액이 세법상 정당한지입니다. 대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결의 원고는 감면 요건 해석을 다퉈 파기환송 판결을 받았습니다. 신고 때 놓친 비과세·감면이나 계산 착오가 있다면 이 단계에서 주장합니다. 90일을 넘겼더라도 법정신고기한 후 5년 안이면 경정청구를 검토할 여지가 있습니다. 통지서의 날짜와 송달 방법은 기간 계산의 출발점이므로 원본을 보관해 둡니다.

기한 후 신고 불복 대응 순서

• 통지 여부 확인 - 신고시인결정 통지서가 공식적으로 송달됐는지, 받은 날이 언제인지 먼저 확인합니다. 소송서류나 가산세 관련 회신은 결정 통지가 아닙니다.
• 심판청구 - 통지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 세무서장을 상대로 소송을 냅니다.
• 경정청구 - 통지가 없었다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 세액을 바로잡습니다.
• 증거 확보 - 신고서 접수증, 납부 영수증, 홈택스 송달 기록, 비과세·감면 요건 자료를 날짜순으로 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 결정을 공식 통지했는지와 그 통지를 받은 날에 따라 다툴 대상과 기한이 달라집니다. 법무법인 윤성은 기한 후 신고 세액에 대한 심판청구와 행정소송, 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기한 후 신고를 하면 세무서는 언제까지 결정해야 하나요?
  신고일부터 3개월 안에 결정하거나 경정해 신고인에게 통지해야 합니다. 조사에 오래 걸리는 등 부득이한 사유로 기한을 넘기면 그 사유를 신고인에게 알려야 합니다.
• 가산세 감면 신청을 거부한 통지로 신고 세액을 다툴 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원은 가산세 감면 신청에 대한 거부 통지를 가산세 관련 통지로 보았습니다. 기한 후 신고에 대한 결정 통지로는 볼 수 없다는 것입니다.
• 기한 후 신고 뒤 세무서가 세금을 더 고지했다면 무엇을 하나요?
  증액 고지는 그 자체로 처분이므로 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 늘어난 세액은 고지를 받은 날부터 3개월 안에 경정청구로도 다툴 수 있고, 법정신고기한 후 5년 안이어야 합니다.
• 경정청구를 했는데 2개월 동안 답이 없으면 어떻게 하나요?
  2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 받기 전이라도 심판청구를 할 수 있습니다. 세무서가 기간 안에 처리하기 어려우면 진행 상황과 불복할 수 있다는 사실을 알려야 합니다.
• 기한 후 신고를 했어도 후발적 경정청구를 할 수 있나요?
  세무서의 결정을 받았다면 할 수 있다고 볼 수 있습니다. 후발적 경정청구는 결정을 받은 자에게도 허용됩니다. 판결 등으로 거래가 다르게 확정된 것을 안 날부터 3개월 안에 청구합니다.
• 심판청구 결정이 늦어지면 소송을 언제 낼 수 있나요?
  결정기간 안에 결정의 통지를 받지 못했다면 그 기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다. 결정 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 내야 하고 이 기간은 불변기간입니다.

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