심판청구 같은 불복은 세법에 따른 처분이나 필요한 처분의 거부를 대상으로 합니다. 고충민원에 대한 회신은 처분이 아니어서 다툴 수 없고, 불복기간을 놓친 처분을 되살리지도 못합니다. 반면 세무조사 결정은 대법원이 항고소송 대상으로 보았고, 경정청구 거부와 2개월 무응답도 불복할 수 있습니다. 통고처분과 과태료는 다른 절차로 다툽니다.
기한
처분은 통지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 해야 합니다. 이 기한을 넘긴 뒤 고충민원을 내도 그 답변으로 다시 불복할 수는 없습니다.
세무서에서 받는 문서는 많지만, 모두가 불복할 수 있는 처분은 아닙니다. 다툴 수 있는 문서인지, 어떤 절차로 다투는지를 먼저 가려야 기한을 지킬 수 있습니다. 특히 고충민원은 기한을 놓친 뒤의 보충 수단이라는 점을 알아 두어야 합니다.
이런 상담이 많습니다
J씨는 2025. 12. 양도소득세 납부고지서를 받았지만 바쁜 일정 때문에 90일 안에 불복하지 못했습니다. 2026. 5. 세무서에 고충민원을 냈고, 2026. 7. 「받아들일 수 없다」는 회신을 받았습니다. J씨는 이 회신을 받은 날부터 다시 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하면 되는지, 이 밖에 세무조사를 하겠다는 결정 같은 통지도 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
어떤 통지를 불복으로 다툴 수 있나요?
2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」은 「이 법 또는 세법에 따른 처분」으로 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못해 권리나 이익을 침해당한 사람이 불복할 수 있다고 정합니다. 납부고지처럼 세액을 정하는 처분, 경정청구나 환급 신청을 거부하는 처분이 대표적입니다.
같은 조는 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분, 감사원 심사청구를 한 처분, 이 법과 세법에 따른 과태료 부과처분을 불복 대상에서 뺍니다. 통고처분은 이행하지 않으면 고발로 이어지는 형사 절차이고, 과태료는 부과 통지를 받은 날부터 60일 안에 행정청에 이의제기를 하는 별도 절차로 다툽니다.
고충민원 회신에도 심판청구를 할 수 있나요?
할 수 없습니다. 조세심판원은 불복기간이 지난 양도소득세 처분에 대해 고충민원을 내고 받은 회신에 심판청구를 한 사건에서, 고충민원은 국세기본법이 정한 정식 불복절차가 아니고 그 회신은 단순한 민원회신에 불과해 불복 대상인 처분으로 보기 어렵다며 부적법한 청구로 판단했습니다(조세심판원 2010. 9. 29. 조심2010부0119).
2026. 2. 27. 개정된 「국세기본법 시행령」은 고충민원을 경정청구, 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원 심사청구, 소송을 기한까지 하지 않은 사항에 대해 과세관청에 직권으로 처분의 취소·변경이나 필요한 처분을 신청하는 민원으로 정의했습니다. 과태료·벌금이 부과된 사항, 통고처분이나 고발이 있는 사항, 위원회 심의로 결정이 끝났거나 심의 중인 사항은 고충민원에서도 빠집니다.
현행 법령은 이렇게 정한 고충민원의 신청인도 국선대리인 선정을 신청할 수 있도록 하고 있습니다. 개인은 종합소득금액 5천만원 이하이고 소유 재산 평가가액 합계가 5억원 이하이며, 다투는 금액이 5천만원 이하이고 상속세·증여세·종합부동산세가 아닌 세목이어야 하는 등 요건을 모두 갖추어야 합니다.
J씨의 경우 회신을 받은 날부터 90일을 새로 셀 수 없습니다. 고충민원은 세무서가 직권으로 잘못을 고쳐 달라고 요청하는 길이어서, 사실관계를 바꿀 새 증빙을 충실히 내는 것이 사실상 유일한 수단입니다. 신고를 했던 세목이라면 증액된 세액에 대한 경정청구가 가능했는지도 따져 보지만, 그 기한은 처분이 있음을 안 날부터 3개월로 짧습니다.
세무조사를 하겠다는 결정도 다툴 수 있나요?
대법원은 세무조사결정이 있으면 납세자는 질문에 답하고 검사를 받아들일 법적 의무를 지게 되고, 같은 세목·과세기간의 재조사는 원칙적으로 금지되어야 하며, 조사 단계에서 다투는 것이 분쟁을 일찍 해결하는 길이라는 점을 들어 세무조사결정은 항고소송의 대상이 된다고 보았습니다(대법원 2011. 3. 10. 선고 2009두23617 판결).
실무에서 이 판결이 의미 있는 경우는 같은 세목·같은 과세기간을 다시 조사하는 중복조사처럼 조사 자체가 위법하다고 볼 사정이 있을 때입니다. 조사 결과 통지나 과세예고통지를 받은 뒤에는 고지 전 단계의 과세전적부심사를 그 통지를 받은 날부터 30일 안에 청구할 수 있습니다.
이미 세금이 고지된 뒤라면 조사결정을 따로 다투기보다, 고지된 처분에 대한 불복에서 조사 절차의 위법을 함께 주장하는 것이 일반적입니다. 중복조사로 얻은 자료에 근거한 과세는 그 자체로 위법하다고 다툴 여지가 있기 때문입니다. 어느 쪽이든 고지서를 받은 날부터 90일 기한은 그대로 지켜야 합니다.
경정청구에 답이 없거나 사업자등록이 말소되면요?
경정청구를 했는데 세무서가 거부하면 그 거부가 불복 대상입니다. 청구를 받은 날부터 2개월 안에 아무 통지가 없으면, 통지를 받기 전이라도 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다.
사업자등록 직권말소는 대법원이 폐업 사실을 기재하는 것일 뿐 사업자의 지위를 바꾸지 않는다며 불복 대상인 처분이 아니라고 보았습니다(대법원 2000. 12. 22. 선고 99두6903 판결). 다만 국세청 기준으로는 등록 신청 뒤 기한 안에 등록증을 받지 못했거나, 받은 등록증의 등록사항에 이의가 있으면 불복할 수 있다고 봅니다.
받은 문서별 대응 순서
문서 성격 확인 - 받은 문서가 세액을 정하거나 거부한 처분인지, 단순 안내·민원 회신인지 나눕니다.
기한 계산 - 처분이면 받은 날부터 90일, 과세예고통지는 30일, 과태료는 60일처럼 절차별 기한을 적습니다.
다른 절차 확인 - 통고처분은 형사 절차, 과태료는 이의제기, 세무조사결정은 소송 가능성을 따로 봅니다.
기한을 놓쳤다면 - 고충민원으로 직권 시정을 요청하되, 새 증빙과 계산 근거를 갖추어 냅니다.
불복서 작성 - 다툴 수 있는 처분이 특정되면 변호사가 청구 대상과 이유를 정리해 기한 안에 청구합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 받은 문서가 처분인지, 기한이 남았는지, 다른 절차가 따로 있는지에 따라 다툴 방법이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무서 통지의 성격 판단과 그에 맞는 불복을 수행합니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
