세금

공동도급 공사에서 대표사가 세금계산서를 한꺼번에 발급해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 국가계약 공동도급에서 대표사가 대가를 받는다면 대표사가 발주처에 한꺼번에 발급할 수 있습니다. 각 구성원은 자기 몫을 대표사에게 세금계산서로 발급합니다. 그러면 구성원이 발주처에 직접 발급한 것으로 봅니다. 구성원별로 따로 발급하는 원래 방식도 쓸 수 있습니다.

네, 국가계약 공동도급에서 대표사가 대가를 받는다면 대표사가 발주처에 한꺼번에 발급할 수 있습니다. 각 구성원은 자기 몫을 대표사에게 세금계산서로 발급합니다. 그러면 구성원이 발주처에 직접 발급한 것으로 봅니다. 구성원별로 따로 발급하는 원래 방식도 쓸 수 있습니다.

대표사 일괄 발급은 어떤 구조인가요?

공동도급 공사에서 실제 용역을 공급하는 자는 공동수급체의 각 구성원입니다. 그래서 원칙대로라면 구성원마다 자기 지분에 해당하는 대가로 발주처에 세금계산서를 발급해야 합니다. 발주처가 대가를 구성원별로 나눠 지급할 때 주로 쓰는 방식입니다.

시행령은 대표사가 대가를 받는 경우를 위해 특례를 둡니다. 전력 공급에서 명의자와 실제 소비자가 다를 때의 발급 방식을 공동도급에 준용하는 구조입니다. 각 구성원이 대표사를 공급받는 자로 해 자기 몫의 세금계산서를 발급합니다. 대표사는 받은 세금계산서의 공급가액 범위에서 발주처를 공급받는 자로 해 세금계산서를 발급합니다.

이 두 단계를 거치면 법은 구성원이 발주처를 공급받는 자로 해 세금계산서를 발급한 것으로 봅니다. 대표사가 구성원 몫까지 자기 매출로 잡는 것이 아니라는 점이 중요합니다. 대표사 신고에는 그 몫이 매출과 매입으로 같은 금액만큼 함께 잡힙니다. 대표사는 구성원에게서 받은 세금계산서의 매입세액을 공제받고, 같은 금액을 발주처에 발급하므로 결과적으로 중개자 역할만 합니다.

민간 공사 공동도급에도 이 특례가 적용되나요?

시행령 문언은 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 따른 공동 도급계약을 명시합니다. 그래서 민간 발주 공사에 그대로 적용된다고 단정하기는 어렵습니다.

다만 같은 조항은 동업자가 조직한 조합이나 이와 유사한 단체가 구성원을 위해 공급하거나 공급받는 경우도 함께 정하고 있습니다. 공동수급체는 민법상 조합의 성격을 가진다고 보는 것이 일반적입니다. 그래서 민간 공사의 공동수급체도 이 조합 유형으로 같은 방식을 적용할 수 있다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 국가 발주 공사에 한정된 특례라는 반론이 있습니다. 지방자치단체 발주 공사도 같은 문제가 있으므로 발주처와 미리 발급 방식을 맞추는 것이 안전합니다.

민간 공사에서 해석이 불분명하다면 구성원별로 발주처에 직접 발급하는 원칙 방식을 쓰는 것이 위험이 가장 적습니다. 대금도 구성원별로 지급받도록 공동수급 협정서와 도급계약서에 적어 두면 됩니다. 발주처 입장에서도 구성원별 세금계산서를 받으면 지급 내역과 세금계산서가 일대일로 맞아 정산이 간단해집니다. 대표사 일괄 방식을 쓰려면 발주처가 그 방식을 받아들이는지 계약 전에 확인해야 합니다.

이름만 빌려준 공동수급체라면 어떻게 되나요?

실제로 공사를 하지 않은 구성원이 주고받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부인될 수 있습니다. 특례는 정상적으로 공동 이행하는 공동수급체를 전제로 합니다.

조세심판원 2018. 10. 25. 조심 2018서0183 결정이 이를 보여 줍니다. 공공기관 발주 개발용역에 공동수급체로 참여했지만 실제로는 수주 가점과 실적을 위해 이름만 올리고 수수료를 받은 사안입니다. 심판원은 이를 비정상적 컨소시엄으로 보아 정상적인 조합 성격의 공동수급체 법리를 그대로 적용하기 어렵다고 했습니다. 그래서 발급·수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 처분을 유지했습니다.

사실과 다른 세금계산서로 판단되면 매입세액은 공제되지 않습니다. 발급자와 수취자 모두 공급가액의 2% 가산세 대상이 될 수 있습니다. 거래 실질이 전혀 없었다고 보면 가산세율은 3%로 올라가고 형사처벌 문제까지 생깁니다. 공동수급체 구성원은 자기 분담 공사의 이행 자료를 남겨 두어야 합니다. 작업일지, 투입 인력 명단, 자재 구매 내역이 그 자료입니다.

대표사가 받은 대금을 나눠 주기 전에 세금계산서를 발급해도 되나요?

세금계산서 발급 시기는 대금 배분이 아니라 공급시기를 기준으로 합니다. 건설용역은 대개 기성고나 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기입니다. 기성 검사가 끝나 대가가 확정된 때를 기준으로 보는 경우가 많습니다. 구성원은 그 공급시기에 대표사에게 자기 몫을 발급하고, 대표사는 같은 시기에 발주처에 발급해야 합니다.

대표사가 대금을 받아 두고 구성원에게 늦게 나눠 준다고 해서 구성원의 세금계산서 발급 시기가 늦춰지지는 않습니다. 반대로 대표사가 구성원 몫을 빼고 자기 몫만 발주처에 발급하면 발주처가 받는 세금계산서 금액과 지급 금액이 어긋납니다. 이 경우 구성원별 직접 발급과 대표사 일괄 발급이 섞이지 않도록 공사 단위로 한 방식을 정해야 합니다.

공동도급 세금계산서 대응 순서

• 발급 방식 결정 - 구성원별 직접 발급과 대표사 일괄 발급 가운데 하나를 공사 단위로 정합니다.
• 협정서 반영 - 공동수급 협정서에 대금 수령자와 세금계산서 발급 방식을 적습니다.
• 구성원 발급 - 일괄 방식이면 구성원이 공급시기에 대표사를 공급받는 자로 발급합니다.
• 대표사 발급 - 대표사는 받은 공급가액 범위에서 발주처에 발급합니다.
• 이행 자료 보관 - 구성원별 분담 공사의 실제 이행 자료를 남깁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발주처 유형과 대금 수령 방식, 구성원의 실제 이행 여부에 따라 세금계산서의 효력이 달라집니다. 법무법인 윤성은 공동도급 공사의 세금계산서 구조 검토와 사실과 다른 세금계산서 처분 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대표사가 구성원 몫까지 자기 매출로 신고해야 하나요?
  아니요, 일괄 발급 특례를 쓰면 대표사는 구성원에게서 받은 세금계산서의 매입세액을 공제받고 같은 금액을 발주처에 발급합니다. 구성원 몫은 실질적으로 구성원의 매출입니다.
• 구성원이 대표사에 발급하는 세금계산서는 전자로 해야 하나요?
  네, 법인 구성원이라면 전자세금계산서로 발급하고 발급일 다음 날까지 전송해야 합니다. 특례는 발급 상대방을 정한 것이지 전자 발급 의무 같은 발급 방식을 바꾸지 않습니다.
• 주계약자 관리방식 공동도급도 같은가요?
  주계약자가 대가를 일괄해 받는 구조라면 대표자가 받는 경우와 같이 볼 수 있습니다. 다만 구성원별로 대가를 직접 받는다면 각자 발급해야 하므로 대금 지급 구조를 먼저 확인합니다.
• 발주처가 면세사업자이면 대표사 일괄 발급이 달라지나요?
  발주처의 과세 여부와 관계없이 건설용역을 공급하면 세금계산서를 발급합니다. 발주처가 매입세액공제를 받지 못할 뿐 대표사 일괄 발급 방식은 같게 적용됩니다.
• 구성원이 중간에 탈퇴하면 세금계산서는 어떻게 하나요?
  탈퇴 전까지 이행한 부분은 탈퇴 구성원이 공급한 것이고, 이후 부분은 승계한 구성원이 공급합니다. 탈퇴 시점의 기성 정산서를 남겨 공급가액을 나눠야 합니다.
• 사실과 다른 세금계산서로 판단되면 형사처벌도 되나요?
  공급 없이 세금계산서를 주고받으면 3년 이하 징역 또는 세액의 3배 이하 벌금 대상입니다. 공급은 있었으나 거짓으로 기재한 경우도 처벌 규정이 있습니다. 이행 자료가 중요한 이유입니다.

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