세금

외국 파트너와 공동사업이라며 부가세를 매기면 어떻게 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

부가가치세 납세의무자는 이익과 비용의 귀속이 아니라 누가 재화를 공급하고 공급받았는지로 정해집니다. 대법원은 외국 제약사와 협력계약을 맺은 회사를 공동사업자로 묶은 부가가치세 처분에 이 기준을 적용해 원심을 파기했습니다. 이익을 나누는 계약이 있다는 사정만으로 공동사업 과세를 받아들일 필요는 없습니다.

부가가치세 납세의무자는 이익과 비용의 귀속이 아니라 누가 재화를 공급하고 공급받았는지로 정해집니다. 대법원은 외국 제약사와 협력계약을 맺은 회사를 공동사업자로 묶은 부가가치세 처분에 이 기준을 적용해 원심을 파기했습니다. 이익을 나누는 계약이 있다는 사정만으로 공동사업 과세를 받아들일 필요는 없습니다.

협력계약으로 이익을 나누면 세법상 공동사업자가 되나요?

그것만으로 공동사업자로 보기는 어렵습니다. 대법원은 부가가치세를 거래의 외형에 매기는 거래세로 봅니다. 그래서 납세의무자도 원칙적으로 이익·비용의 귀속이 아니라 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단합니다. 이 기준은 신탁재산을 공급한 납세의무자를 수탁자로 본 2017년 전원합의체 판결이 밝힌 것입니다.

2023두55863 사건의 회사는 2001. 4.경 독일·이탈리아 제약회사와 백신 공동 개발·제조 협력계약을 맺었습니다. 회사는 외국 회사들에게서 4가 백신물질을 수입했습니다. 여기에 직접 생산한 1가 백신물질을 섞어 5가 백신을 만들어 팔았습니다. 과세관청은 회사와 외국 회사들을 공동사업자로 직권등록하고, 그 공동사업자를 거래당사자로 보아 부가가치세를 경정·고지했습니다.

대법원은 회사와 외국 회사들이 상호 협력한 정도를 넘어 공동사업관계를 형성했다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 거래에 따른 권리의무와 법률효과가 공동사업자에게 종국적으로 귀속된다고 보기도 어렵다고 했습니다. 사건은 원심법원으로 돌아가 다시 심리하게 되었습니다. 실질과세로 거래를 다시 짜는 일반 기준은 「실질과세 원칙, 대법원은 언제 거래를 다시 짜서 세금을 매기나요?」에서 설명했습니다.

내 이름으로 받은 수입세금계산서 매입세액을 부인하면요?

수입세금계산서를 받을 「수입하는 자」는 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자입니다. 수입세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적히면 원칙적으로 그 매입세액은 공제되지 않습니다. 과세관청은 진짜 수입자가 공동사업자라며 4가 백신물질 수입 매입세액을 공제하지 않았습니다.

대법원은 회사가 대량공급계약을 맺고 자기 계산과 책임으로 대금을 치러 수입했다고 보았습니다. 회사가 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자이므로 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우가 아니라고 판단했습니다. 공급가액을 정하면서 연구개발비 분담비율을 고려한 이익분할방법을 쓴 사정도 결론을 바꾸지 못했습니다. 그것을 이유로 공동사업자를 수입자로 보면 거래세의 성격에 반한다는 것이 대법원 판단입니다.

같은 기준이 납세자에게 불리하게 쓰인 사건도 있습니다. 같은 회사의 본점이 계약하고 대금을 치렀는데 지점 명의로 수입세금계산서를 받은 사안입니다. 대법원은 매입세액을 공제하지 않은 처분이 적법하다는 원심 판단을 수긍했습니다. 계약서, 송금 내역, 수입신고 명의가 같은 사업자와 사업장을 가리키는지가 결론을 가릅니다.

직접 수출한 매출과 자기 원료 사용분도 공동사업 거래로 보나요?

대법원은 두 거래 모두 회사 자신의 거래로 보았습니다. 회사는 단독으로 세계보건기구, 유엔아동기금 등 국제기구와 공급계약을 맺고 백신을 수출했습니다. 수출대금도 회사가 직접 받았습니다. 대법원은 그 권리의무와 법률효과가 회사에 귀속되었으므로 회사 명의의 영세율과세표준 신고가 적법하다고 했습니다.

과세관청은 회사가 1가 백신물질을 공동사업자에게 공급했다며 그 금액을 공급가액에 넣기도 했습니다. 대법원은 회사가 자기 사업장에서 만든 원료를 자기 제품 제조에 직접 쓴 것이라고 보았습니다. 이는 과세대상에서 빠지는 재화의 자가공급일 뿐입니다. 공동사업자를 공급받는 자로 한 공급거래가 있었다고 인정하기는 어렵다고 판단했습니다.

영세율과세표준 신고불성실 가산세와 사업자미등록 가산세도 공동사업자를 전제로 매겨졌습니다. 현행 법령으로 보면 영세율과세표준을 과소·무신고하면 그 과세표준의 1천분의 5가 가산세에 더해집니다. 미등록에는 공급가액의 1퍼센트가 붙습니다. 본세의 전제를 다투면 이 가산세들의 근거도 함께 다툴 수 있습니다.

계약 명의와 대금 흐름은 어떻게 따지나요?

재화나 용역을 공급받는 자는 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 공급받는 자를 말합니다. 대법원은 계약의 당사자와 내용, 누구를 위한 공급인지, 대가를 누가 지급했는지를 종합해 정합니다. 2023두55863 판결도 이 기준을 그대로 인용했습니다.

이 기준으로 납세자가 이긴 사건이 2016두30187입니다. 한국철도시설공단은 한국철도공사에게서 선로 유지보수비 세금계산서를 받아 매입세액을 공제했습니다. 세무서는 공단이 유지보수계약을 맺지 않았다며 과세했습니다. 대법원은 유지보수 용역이 공단을 위해 이루어졌고 대가도 공단이 부담했다고 보았습니다. 그래서 공단을 공급받는 자로 보고 원심을 파기했습니다.

공동사업자로 묶이는 것은 세액만의 문제가 아닙니다. 공동사업에 관계되는 국세는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 집니다. 다른 회사 명의로 주고받은 세금계산서 문제는 「계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?」에서 다루었습니다.

공동사업 부가가치세 처분 대응 순서

• 처분 전제 확인 - 세무조사 결과통지와 고지서에서 공동사업자 직권등록 여부와 거래당사자를 누구로 보았는지 처분 항목별로 확인합니다.
• 거래별 자료 확보 - 수입은 공급계약서·송금 내역·수입신고필증을, 수출은 수출계약서와 대금 입금 내역을 한 묶음으로 정리합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 청구하고, 거래행위 기준과 수입자 판단을 쟁점으로 세웁니다.
• 행정소송 - 기각 결정을 받으면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 냅니다.
• 다른 과세기간 경정청구 - 같은 전제로 스스로 고쳐 신고한 기간이 있다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래별 계약 당사자와 대금을 누가 치르고 받았는지에 따라 공동사업 과세의 당부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 납세의무자 쟁점의 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 심판청구를 거치지 않고 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 안 됩니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 낼 수 있습니다. 심판청구의 재조사 결정에 따른 처분처럼 법이 정한 경우만 예외입니다.
• 대법원이 파기환송했다면 그 회사의 세금은 취소된 건가요?
  대법원 판결만으로 세액이 정해진 것은 아닙니다. 대법원은 원심 판단에 법리오해가 있다며 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 처분별 결론은 환송 후 원심에서 다시 정해집니다.
• 신탁재산을 팔 때 부가가치세는 위탁자와 수탁자 중 누가 내나요?
  현행 부가가치세법은 신탁재산과 관련된 재화나 용역을 공급할 때 수탁자가 신탁재산별로 납세의무를 진다고 정합니다. 위탁자 명의로 공급하거나 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배·통제하는 경우 등은 위탁자가 냅니다.
• 위탁매매나 대리인을 통한 거래는 누가 공급한 것으로 보나요?
  위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 봅니다. 대법원도 위탁매매나 대리처럼 법에 별도 규정이 있는 경우를 거래행위 기준의 예외로 들었습니다. 위탁자나 본인을 알 수 없는 경우에는 수탁자나 대리인을 기준으로 봅니다.
• 이미 낸 부가가치세는 몇 년 전 것까지 경정청구할 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안이면 경정청구할 수 있습니다. 세무서가 결정·경정으로 늘린 세액은 처분을 안 날부터 3개월 안에도 청구할 수 있습니다. 이 경우에도 법정신고기한이 지난 후 5년 안이어야 합니다.
• 심판청구에서 기각되면 소송은 언제까지 내야 하나요?
  결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 하고 이 기간은 불변기간입니다. 결정기간 안에 결정 통지를 받지 못했다면 그 기간이 지난 날부터 통지 전이라도 소송을 낼 수 있습니다.

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