불복·환급

실질과세 원칙, 대법원은 언제 거래를 다시 짜서 세금을 매기나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

대법원은 거래 형식이 처음부터 조세회피 수단에 불과하고 실질이 직접 거래와 같다고 평가될 때만 재구성을 허용합니다. 목적, 단계를 거친 경위, 사업상 필요, 시간 간격, 위험부담을 종합합니다. 2008두8499 전원합의체 판결부터 2025년 2023두37896 판결까지 재구성이 인정된 사안과 부정된 사안을 나란히 정리했습니다.

실질과세 원칙을 내세운 처분이라고 해서 곧 정당한 것은 아닙니다. 대법원은 명의와 귀속을 바꾸는 경우와 여러 단계의 거래를 하나로 묶는 경우를 나누어 과세관청이 넘어야 할 요건을 따로 세워 두었고, 소송에서는 그 요건 하나하나가 다툼의 대상이 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 가족이 주주인 B법인은 2023. 4. 보유 상가를 120억원에 팔기로 하고 계약금과 중도금을 받았습니다. B법인은 2023. 5. 사업 일부를 떼어 새 법인을 세우면서 받은 대금을 그쪽으로 넘겼고, 가족은 같은 달 다른 회사를 인수해 남은 B법인을 합병시켰습니다. 합병법인은 상가를 시가로 승계해 양도차익이 거의 없는 것으로 법인세를 신고했습니다. 세무서는 2025. 6. 분할과 합병을 없는 것으로 보고 B법인의 옛 장부가액으로 법인세를 다시 계산해 고지했고, 2026. 9. 심판청구도 기각됐습니다. A씨는 법원에서 이 재구성을 다툴 수 있는지, 대법원은 어떤 기준으로 보는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

실질과세 원칙은 어떤 경우에 거래를 다시 짜나요?

국세기본법 제14조는 세 갈래입니다. 제1항은 명의와 실제 귀속이 다르면 실제 귀속자에게 과세하고, 제2항은 과세표준 계산을 명칭이나 형식이 아닌 실질에 따르게 하며, 제3항은 제3자를 끼우거나 둘 이상의 거래를 거쳐 세법상 혜택을 부당하게 받으면 직접 거래나 하나의 거래로 보아 세법을 적용합니다.

출발점은 대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결입니다. 네덜란드 모회사가 지분 전부를 가진 자회사 두 곳이 국내 법인 두 곳의 지분을 나누어 취득하자, 구청장은 모회사를 과점주주로 보고 취득세를 부과했습니다. 원심은 모회사가 직접 취득하지 않았다며 처분을 취소했지만, 대법원은 실질과세 원칙이 조세법률주의와 상호보완 관계에 있다고 보고 취득의 형식과 외관에만 치중한 원심을 파기했습니다. 반대의견은 가장행위가 아닌 한 납세자가 고른 거래 형식을 존중해야 한다고 보았습니다.

명의와 실제 주인이 다르면 누가 세금을 내나요?

2008두8499 판결은 명의자에게 재산을 지배·관리할 능력이 없고, 명의자를 지배해 실제로 관리하는 사람이 따로 있으며, 그 괴리가 조세회피 목적에서 비롯된 경우에 실제 관리자를 납세의무자로 본다고 했습니다. 판단 요소는 취득 경위와 목적, 자금 출처, 관리·처분 과정, 명의자의 능력과 지배관계입니다. 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결은 이 원칙이 거주자가 조세피난처에 사업 능력 없는 기지회사를 세워 소득을 유보하는 국제거래에도 적용된다고 했습니다.

반대로 납세자가 실질 귀속을 주장한다고 쉽게 받아들여지지도 않습니다. 대법원 2026. 7. 16. 선고 2026두30111 판결에서, 비의료인이 실제로 운영한 요양병원의 명의상 개설자인 의료법인은 과세대상이 그 비의료인에게 귀속됐다고 다퉜습니다. 대법원은 그가 운영수익을 부당하게 빼냈다는 사정만으로는 실질 귀속이 옮겨졌다고 볼 수 없다는 원심을 수긍했습니다.

여러 단계를 거친 거래는 어떤 기준으로 하나로 묶나요?

대법원은 거래 형식이 처음부터 조세회피 목적을 이루기 위한 수단에 불과해 실질이 직접 거래나 하나의 거래와 같다고 평가될 때만 재구성을 허용합니다. 그 형식을 택한 목적, 제3자를 끼우거나 단계를 거친 경위, 세금 경감 외의 사업상 필요, 거래 사이의 시간 간격, 그 형식에 따른 손실과 위험부담 가능성을 종합합니다(대법원 2017. 2. 15. 선고 2015두46963 판결).

대법원 2022. 8. 25. 선고 2017두41313 판결이 위 사례와 같은 구조입니다. 부동산을 390억원에 팔기로 하고 계약금과 중도금 269억원을 받은 회사가 계약 9일 뒤 인적분할로 그 돈을 새 회사에 넘겼고, 주주들이 인수한 다른 회사가 남은 회사를 흡수합병하면서 부동산 장부가액이 43억여 원에서 339억여 원으로 올라갔습니다. 대법원은 분할과 합병에 법인세 회피 외의 합리적 이유를 찾기 어렵고 양도와의 시간 간격까지 더하면 재구성할 수 있다는 원심을 수긍했습니다. 교차 증여를 직접 증여로 본 2015두46963 판결의 사안은 「서로의 자녀에게 주식을 교차 증여하면 증여세는 어떻게 다시 계산되나요?」에서 다룹니다.

가장행위가 아니어도 재구성될 수 있나요?

그렇습니다. 대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37896 판결은 법인이 자금을 대 개인들이 농지를 사게 한 뒤 분양대행약정을 맺고 쪼개 팔아, 양도차익 대부분을 분양대행수수료 명목으로 가져간 사안입니다. 원심은 그 약정을 효력 없는 가장행위로 단정하기 어렵다며 처분을 취소했지만, 대법원은 실질과세 원칙이 가장행위에만 적용되는 것은 아니라며 파기했습니다. 사업상 필요가 있더라도 농지법 위반 같은 불법 목적에서 나왔다면 그것만으로 조세회피 목적이 부인되지 않는다고도 했습니다. 같은 날 같은 사실관계에 대해 선고된 2023두37865 판결도 같은 취지입니다.

거래 형식이 그대로 인정된 판례도 있나요?

있습니다. 대법원 2017. 1. 25. 선고 2015두3270 판결은 코스닥 상장사 대표가 회사 사채의 조기상환권과 전환권, 분리된 신주인수권을 행사해 신주를 받은 데 대한 증여세 처분을 적법하다고 본 원심을 파기했습니다. 자금조달 자체에 사업상 목적이 있었고 조건은 특수관계 없는 상대방과 객관적으로 정해졌으며 대표가 주가 하락 위험을 감수했다는 이유입니다. 대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결도 외국계 그룹 국내 계열사의 대출, 계열 금융회사 채무 상환, 모회사 유상증자를 채무의 출자전환으로 묶은 법인세 처분을 위법하다고 본 원심을 유지했습니다. 이 한계는 「세금을 줄일 목적이 있었다는 이유만으로 세무서가 거래를 부인할 수 있나요?」에서 자세히 정리했습니다.

실질과세 처분 불복 대응 순서

• 결정 통지일 확인 - 결정서를 받은 날부터 90일 제소기간을 계산하고 달력에 표시합니다.
• 적용 조항 특정 - 처분이 제14조 제1항(귀속), 제3항(단계 거래), 개별 세법 조항 중 무엇에 근거했는지 처분서와 결정서에서 확인합니다.
• 거래 시간표 작성 - 각 거래의 날짜, 자금 흐름, 의사결정 문서를 한 장으로 정리합니다.
• 사업상 이유 증거 확보 - 금융기관이나 투자자의 요구, 협상 기록, 실제로 진 손실 위험을 보여 주는 자료를 모읍니다.
• 불리한 자료 점검 - 세무 자문 문서에 절세 목적만 적혀 있지 않은지, 법령 위반 목적이 섞이지 않았는지 먼저 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 각 거래를 택한 이유와 거래 사이의 간격, 실제로 부담한 위험에 따라 재구성 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 실질과세 원칙에 따른 과세처분의 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 실질과세 원칙은 조세법률주의와 충돌하지 않나요?
  대법원 2008두8499 전원합의체 판결은 실질과세 원칙이 조세법률주의와 대립하지 않고 예측가능성과 법적 안정성을 해치지 않는 범위에서 서로 보완하는 관계라고 보았습니다. 다만 반대의견은 가장행위가 아닌 거래 형식은 존중해야 한다고 했습니다.
• 세무서가 여러 거래를 하나로 묶으려면 무엇을 보아야 하나요?
  거래 형식이 처음부터 조세회피 수단에 불과해 실질이 직접 거래와 같다고 평가되어야 합니다. 대법원은 목적, 단계를 거친 경위, 사업상 필요, 거래 사이의 시간 간격, 손실과 위험부담 가능성을 종합해 판단합니다.
• 가장행위가 아니면 재구성할 수 없는 것 아닌가요?
  아닙니다. 대법원 2023두37896 판결은 사법상 효력이 있는 거래라도 실질과 괴리되는 비합리적인 형식을 취한 조세회피행위라면 실질과세 원칙이 적용될 수 있다며, 가장행위가 아니라는 이유만으로 처분을 취소한 원심을 파기했습니다.
• 부동산을 팔기 직전에 회사를 분할하고 합병하면 어떻게 되나요?
  대법원 2017두41313 판결은 부동산 양도대금을 받은 직후 인적분할과 흡수합병으로 장부가액을 높인 사안에서, 법인세 회피 외의 합리적 이유를 찾기 어렵다며 분할 전 장부가액으로 재구성한 법인세 처분을 적법하다고 본 원심을 수긍했습니다.
• 조세피난처 회사 이름으로 받은 소득도 개인에게 과세되나요?
  될 수 있습니다. 대법원 2018두128 판결은 거주자가 조세피난처에 사업 능력 없는 기지회사를 세우고 법인 형식만 이용해 소득을 유보하는 국제거래에도 실질귀속자 과세 원칙이 적용된다고 했습니다. 실제 지배·관리 여부가 기준입니다.
• 거래 형식이 그대로 인정된 대법원 판례도 있나요?
  있습니다. 2015두3270 판결은 상장사 대표의 사채 전환과 신주인수권 행사에 사업상 목적과 위험부담이 있었다며 재구성을 부정했고, 2017두57516 판결은 외국계 계열사의 대출·상환·유상증자를 출자전환으로 묶은 처분을 위법하다고 본 원심을 유지했습니다.
• 심판청구에서 졌다면 언제까지 소송을 내야 하나요?
  심사청구나 심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내야 하고, 이 기간은 불변기간입니다. 결정기간 안에 통지를 받지 못했다면 결정기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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