부가가치세

가족 임대 공동사업자가 구성원 의원에 세를 줘도 세금계산서를 발급하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 가족이 함께 등록한 부동산임대 공동사업자가 구성원인 부부가 운영하는 의원에 건물을 빌려주면 다른 임차인과 똑같이 세금계산서를 발급해야 합니다. 공동사업체는 구성원 개인의 사업과 별개인 사업자이므로 구성원에게 하는 임대도 과세되는 용역의 공급입니다. 임대 공동사업자와 임차 사업장의 사업자등록 구성부터 확인하십시오.

가족끼리 만든 임대 공동사업이라고 해서 임대료를 장부 정리로만 처리해도 되는 것은 아닙니다. 반대로 공동사업 구성원이 각자 따로 세금계산서를 발급할 필요도 없고, 공동사업자 명의로 한 장을 발급하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

B원장 부부는 공동명의 건물 4층에서 함께 의원을 운영하고 나머지 층은 다른 임차인에게 세를 주어 왔습니다. 2024년 부부가 각자 지분 일부를 두 자녀에게 증여하면서 건물 임대업은 가족 4명의 공동사업이 됐고, 의원은 그대로 부부 공동사업으로 남았습니다. 임대 공동사업자는 다른 층 임차인에게만 세금계산서를 발급하고, 의원이 쓰는 4층은 "우리 건물"이라며 월 약 800만원의 임대료를 받으면서도 세금계산서를 발급하지 않았습니다. 2026년 부가가치세 신고를 앞두고 4층 임대료도 과세되는지 문의가 들어왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공동사업자가 자기 구성원에게 세를 줘도 부가가치세가 붙나요?

네, 임대 공동사업자가 그 구성원이 운영하는 다른 사업장에 건물을 빌려주면 부가가치세가 과세되는 부동산 임대용역의 공급입니다. 공동사업체는 구성원 개인의 사업과 별개인 사업자이기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 시설물 등 재화를 사용하게 하는 것을 용역의 공급으로 봅니다. 그리고 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자를 사업자로 정의하므로, 여러 사람이 출자해 만든 공동사업체도 하나의 사업자가 됩니다.

이 사례에서 임대 공동사업자(4명)와 의원 공동사업자(부부)는 구성원이 일부 겹칠 뿐 서로 다른 사업자입니다. 그래서 4층 임대는 남에게 세를 준 것과 똑같이 다룹니다.

세금계산서는 누구 명의로 누구에게 발급하나요?

세금계산서는 임대 공동사업자의 사업자등록번호로 작성해 의원 공동사업자에게 발급합니다. 다른 층 임차인에게 발급하는 방식과 다르지 않습니다.

• 공급하는 자 - 가족 4명으로 구성된 임대 공동사업자(공동사업자로 등록한 사업자등록번호)
• 공급받는 자 - 부부가 운영하는 의원 공동사업자(의원의 사업자등록번호)
• 공급가액 - 실제로 받기로 한 월 임대료(보증금이 있으면 간주임대료 계산 대상)
• 작성일 - 임대료를 받기로 한 날 등 공급시기

의원은 의료보건 용역을 공급하는 면세사업자이므로 이 세금계산서의 매입세액을 공제받지는 못합니다. 그래도 임대 공동사업자의 세금계산서 발급 의무는 그대로 남습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 부부가 의료업과 임대업을 함께 하다가 건물 지분 일부를 자녀 2명에게 증여해 4명이 임대 공동사업자를 이룬 경우, 그 임대 공동사업자는 의료업 공동사업자(부부)와 그 밖의 임차인에게 세금계산서를 발급해야 한다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석부가-0132, 2015. 5. 27.).

검토 의견은 새 임대 공동사업자가 기존 부부 공동사업자와 별개의 사업자이므로, 부부에게 제공하는 임대용역도 과세대상이라고 보았습니다. 회신 근거인 부가가치세법 제11조와 제32조는 지금도 같은 내용이어서 결론은 달라지지 않았습니다. 다만 의원이 부부 공동사업이 아니라 구성원 한 사람의 단독 사업이거나, 임대료를 받지 않는 등 사실관계가 다르면 따로 따져야 합니다.

세금계산서를 발급하지 않았다면 어떻게 되나요?

구성원 사업장에 대한 임대료를 매출에서 빠뜨렸다면 부가가치세 본세와 함께 세금계산서 미발급 가산세가 붙을 수 있습니다. 세무서가 경정하기 전에 과세표준수정신고서를 내면 과소신고 가산세 감면을 검토할 수 있습니다.

임대료를 아예 받지 않았다면 특수관계인에게 부동산 임대용역을 무상으로 제공한 것으로 보아 시가로 과세될 수 있습니다. 임대차계약서를 실제로 쓰고 임대료를 주고받은 기록을 남겨 두는 편이 안전합니다.

공동사업자 구성원 임대 세금계산서 대응 순서

• 사업자 구분 확인 - 임대 공동사업자와 임차 사업장의 사업자등록증을 보고 구성원 구성이 서로 다른 사업자인지 확인합니다.
• 임대차계약서 정비 - 임대 공동사업자와 임차 사업장 사이에 임대료와 보증금을 정한 계약서를 작성합니다.
• 세금계산서 발급 - 공급시기마다 임대 공동사업자 명의 세금계산서를 발급하고 매출처별 세금계산서합계표에 넣습니다.
• 누락분 수정신고 - 지난 과세기간에 빠뜨린 임대료는 과세표준수정신고서로 바로잡습니다.
• 불복 검토 - 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사, 납부고지 뒤에는 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대 공동사업 약정에 구성원의 무상 사용 조건이 있거나 지분 증여 시점과 임대 개시 시점이 섞여 있으면 계약서와 등기를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공동사업 부동산 임대와 관련한 부가가치세 경정과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부부가 같이 하는 의원도 별도 사업자인가요?
  네. 부부가 공동사업 약정으로 운영하는 의원은 부부 공동사업자라는 하나의 사업자이고, 가족 4명의 임대 공동사업자와는 다른 사업자입니다. 구성원 일부가 겹쳐도 사업자 단위로 거래를 봅니다.
• 의원은 면세사업자인데 세금계산서를 받나요?
  네. 의원이 면세사업자여도 임대 공동사업자는 과세되는 임대용역을 공급하므로 세금계산서를 발급합니다. 의원은 받은 세금계산서의 매입세액을 공제받지 못할 뿐입니다. 공제받지 못한다는 이유로 발급을 생략하면 임대 공동사업자에게 미발급 가산세가 붙을 수 있습니다.
• 구성원에게 임대료를 안 받으면 과세되지 않나요?
  그렇지 않을 수 있습니다. 특수관계인에게 부동산 임대용역을 무상으로 제공하면 용역의 공급으로 보아 시가로 과세될 수 있습니다. 가족 사이 무상 사용이라면 임대료를 정하는 방안을 검토합니다.
• 지분을 자녀에게 증여하면 사업자등록도 바꾸나요?
  네. 공동사업 구성원이 바뀌면 사업자등록 정정신고나 새 공동사업자 등록이 필요합니다. 등록 구성이 실제 지분과 맞아야 세금계산서 명의도 정확해집니다. 변경 신고는 사유가 생기면 지체 없이 해야 합니다.
• 빠뜨린 세금계산서를 늦게 발급해도 되나요?
  공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 지연발급 가산세 1퍼센트가 붙고, 그 뒤에는 미발급으로 2퍼센트가 붙습니다. 누락 기간이 여러 과세기간에 걸치면 과세표준수정신고서로 본세와 함께 정리합니다.
• 세무서 과세 통지에 이의가 있으면요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받았다면 90일 이내 심판청구를 하고 임대차계약서와 사업자등록 구성 자료를 근거로 과세표준과 가산세가 맞는지 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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