법인세·소득세

공익법인이 외부전문가 세무확인을 받지 않으면 가산세는 얼마인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

공익법인은 사업연도 말 총자산이 5억원 이상이거나 그해 수입금액과 출연재산 합계가 3억원 이상이면 2명 이상의 외부전문가에게 세무확인을 받아 4개월 안에 보고해야 합니다. 빠뜨리면 수입금액과 그해 출연재산 합계의 0.07%(최저 100만원)가 가산세로 나오고, 출연자 친족처럼 배제 대상인 전문가에게 받은 세무확인도 문제 됩니다.

세무확인은 외부 회계감사와 비슷해 보여 한쪽만 하면 된다고 여기는 공익법인이 있습니다. 그러나 두 의무는 대상 기준과 판단 연도가 다르고, 회계감사를 받았더라도 세무확인은 따로 받아야 합니다. 누구에게 받느냐도 따져야 합니다. 출연자와 가까운 사람에게 받으면 세무확인을 받지 않은 것과 같이 취급될 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

장학재단 L은 2025 사업연도 말 총자산이 4억원이었지만, 그해 수입금액 1억원에 새로 출연받은 2억 5천만원이 더해졌습니다. 재단은 자산이 5억원이 안 되어 세무확인 대상이 아니라고 보고 보고서를 내지 않았습니다. 이전 해에는 이사장의 조카인 세무사와 그 동료 회계사에게 세무확인을 받아 왔습니다. 2026. 9. 24. 세무서에서 2025 사업연도 세무확인 결과 보고가 없다는 안내를 받은 사무국장은, 가산세가 얼마인지와 예전 세무확인도 문제가 되는지 물으셨습니다.

(상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 공익법인이 세무확인을 받아야 하나요?

공익법인은 사업연도마다 출연재산을 공익목적에 썼는지 등에 대해 2명 이상의 변호사·공인회계사·세무사에게 세무확인을 받아야 합니다. 다음 중 하나에 해당하면 받지 않아도 됩니다.

• 그 사업연도 말 총자산(부동산은 세법상 평가액이 크면 평가액)이 5억원 미만인 법인. 다만 그해 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계가 3억원 이상이면 대상입니다.
• 불특정 다수에게 출연받아 출연자 1명과 그 특수관계인 몫이 전체 출연재산의 5% 미만인 법인
• 국가·지방자치단체가 출연해 설립하고 그해 감사원 회계검사를 받는 법인

L재단은 총자산은 5억원 미만이지만 수입금액과 출연재산 합계가 3억 5천만원이라 세무확인 대상입니다. 기준은 회계감사처럼 직전 사업연도가 아니라 세무확인을 받아야 하는 그 사업연도의 숫자입니다. 국세청은 이 수입·출연 합계에 보조금 관리에 관한 법률에 따른 국고보조금은 넣지 않고, 총자산에는 넣는다고 봅니다.

세무확인 항목은 출연받은 재산을 공익목적에 썼는지, 운용소득·매각대금 사용 기준과 주식 보유 기준 같은 공익법인 의무를 지켰는지입니다. 외부전문가가 이 항목을 확인하면서 미사용 출연재산이나 사용 기준 미달을 발견하면, 보고서에 그대로 드러나 증여세 본세나 다른 가산세로 이어질 수 있습니다. 그래서 세무확인을 형식적인 서류로 보지 말고 그해 출연재산 사용 내역을 함께 점검하는 기회로 삼는 것이 좋습니다.

회계감사를 받았으면 세무확인은 안 해도 되나요?

아닙니다. 상속세 및 증여세법은 세무확인과 회계감사를 별개 조항으로 두고 각각의 가산세도 따로 정합니다. 회계감사를 받은 법인도 세무확인을 받아 보고해야 합니다. 학교법인은 소속 학교별로 따로 하는 것이 아니라 학교법인 단위로 세무확인을 보고한다는 것이 국세청 입장입니다.

누구에게 세무확인을 받아야 하나요?

외부전문가는 공익법인과 이해관계가 없어야 합니다. 다음 사람은 세무확인을 할 수 없습니다.

• 출연자(소액 출연자 제외)·설립자, 공익법인의 임직원과 퇴직 후 5년이 지나지 않은 사람
• 출연자·설립자의 친족이나 사용인 등 특수관계에 있는 사람
• 출연자·설립자 또는 그가 경영하는 회사와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람
• 공익법인과 채권·채무 관계에 있거나 그 밖에 공정한 직무 수행을 기대하기 어려운 사람, 위 관계에 있는 법인 소속 사람

L재단의 이전 세무확인은 이사장 조카인 세무사가 맡았으므로 출연자·설립자의 친족에 해당하는지 확인해야 합니다. 해당한다면 2명 이상의 적격 전문가에게 받았다고 보기 어려워 그 연도도 가산세 대상이 될 수 있습니다. 국세청은 공익법인의 세무대리를 맡은 사람과 같은 법인 소속 다른 전문가는 배제 대상이 아니라고 봅니다.

가산세는 어떻게 계산하나요?

세무확인을 받지 않거나 결과를 보고하지 않으면, 그 사업연도 수입금액과 그해 출연받은 재산가액을 합친 금액의 0.07%를 상속세 또는 증여세로 징수합니다. 계산한 금액이 100만원 미만이면 100만원입니다. L재단은 3억 5천만원의 0.07%가 24만 5천원이라 100만원을 내야 합니다.

출연재산은 설립 때부터 받은 전체가 아니라 그 사업연도에 받은 금액만 넣습니다. 그해 출연이 없던 학교법인에 누적 출연재산을 넣어 계산한 처분을 그해 수입금액만으로 다시 계산하도록 한 결정이 있습니다(조세심판원(당시 국세심판원) 2004. 4. 20. 국심2003서3502). 이미 세무확인 보고를 마치고 계속 공익목적사업에 쓰는 출연재산도 기준 금액에서 뺍니다. 이 가산세는 의무 위반 종류별로 5천만원(중소기업이 아니면 1억원)이 한도이고, 고의로 위반하면 한도가 없습니다.

반대로 세무확인 대상이 아닌 법인, 즉 앞의 면제 기준에 해당하는 법인에는 이 가산세를 물리지 않습니다. 고지를 받았다면 그해 숫자로 면제 기준에 해당하는지부터 다시 계산해 보십시오.

세무확인 가산세 대응 순서

• 대상 연도 계산 - 그 사업연도 말 총자산과 수입금액·출연재산 합계를 국고보조금을 나눠 다시 계산합니다.
• 외부전문가 점검 - 지난 연도 세무확인을 맡은 전문가가 출연자와 친족·거래 관계가 없는지 확인합니다.
• 늦은 보고 - 누락이 확인되면 적격 전문가 2명에게 세무확인을 받아 바로 보고합니다.
• 기준 금액 확인 - 가산세 계산에 누적 출연재산이나 이미 보고한 출연재산이 들어갔는지 봅니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고통지를 받으면 30일 안에 대상 여부와 계산을 다툽니다.
• 심판청구 - 고지를 받았다면 90일 안에 조세심판원에 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 그해 수입금액과 출연재산의 성격, 외부전문가의 관계에 따라 세무확인 대상 여부와 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공익법인 세무확인 가산세의 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 총자산이 5억원이 안 되면 세무확인을 안 받아도 되나요?
  그 사업연도 말 총자산이 5억원 미만이어도 그해 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계가 3억원 이상이면 세무확인 대상입니다. 큰 출연을 받은 해에는 그 연도 말 기준으로 대상 여부를 다시 확인하십시오.
• 외부 회계감사를 받았는데 세무확인도 받아야 하나요?
  받아야 합니다. 세무확인과 회계감사는 별개 의무이고 가산세도 따로 정해져 있어, 회계감사를 받은 법인도 2명 이상의 외부전문가에게 세무확인을 받아 사업연도 종료일부터 4개월 안에 보고해야 합니다.
• 세무확인 가산세는 얼마인가요?
  그 사업연도 수입금액과 그해 출연받은 재산가액 합계의 0.07%이고, 계산한 금액이 100만원 미만이면 100만원입니다. 이미 보고를 마치고 계속 공익목적에 쓰는 출연재산은 기준 금액에서 뺍니다.
• 누적 출연재산 전체를 기준으로 계산하나요?
  아닙니다. 그 사업연도에 출연받은 재산만 넣습니다. 그해 출연이 없던 학교법인에 누적 출연재산을 넣어 계산한 처분을 그해 수입금액만으로 다시 계산하도록 한 국세심판원 결정이 있으니 고지서의 기준 금액을 확인하십시오.
• 이사장 친척인 세무사에게 세무확인을 받아도 되나요?
  출연자·설립자의 친족 등 특수관계인은 세무확인을 할 수 없습니다. 이런 전문가에게 받았다면 적격 전문가 2명의 세무확인을 받았다고 보기 어려워 그 연도도 가산세 대상이 될 수 있습니다.
• 세무확인 가산세에 한도가 있나요?
  의무 위반 종류별로 5천만원(중소기업이 아니면 1억원)이 한도입니다. 다만 의무를 고의로 위반한 경우에는 한도가 적용되지 않으므로, 누락을 알게 되었다면 그때라도 바로 세무확인을 받아 보고하는 편이 낫습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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